Zpět na hledání
| Identifikační kód | RIV/86652036:_____/23:00581603 |
|---|---|
| Název v anglickém jazyce | Development of a PNGase Rc Column for Online Deglycosylation of Complex Glycoproteins during HDX-MS |
| Druh | J - Recenzovaný odborný článek (Jimp, Jsc a Jost) |
| Poddruh | J/A - Článek v odborném periodiku je obsažen v databázi Web of Science společností Thomson Reuters s příznakem „Article“, „Review“ nebo „Letter“ (Jimp) |
| Jazyk | eng - angličtina |
| Vědní obor | 10608 - Biochemistry and molecular biology |
| Rok uplatnění | 2023 |
| Kód důvěrnosti údajů | S - Úplné a pravdivé údaje o výsledku nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů. |
| Počet výskytů výsledku | 4 |
| Počet tvůrců celkem | 14 |
| Počet domácích tvůrců | 1 |
| Výčet všech uvedených jednotlivých tvůrců | Petr Pompach (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 4576462) J. L. P. Benesch (státní příslušnost: GB - Spojené království Velké Británie a Severního Irska) D. Deng (státní příslušnost: DK - Dánské království) M. Gramlich (státní příslušnost: DE - Spolková republika Německo) Philipp D. Kaiser (státní příslušnost: DE - Spolková republika Německo) M. Koenig (státní příslušnost: DE - Spolková republika Německo) T. Lambert (státní příslušnost: DK - Dánské království) Petr Novák (státní příslušnost: CZ - Česká republika, orcid: 0000-0001-8688-529X, researcherid: F-9655-2014) K. D. Rand (státní příslušnost: DK - Dánské království) U. Rothbauer (státní příslušnost: DE - Spolková republika Německo) L. Smith (státní příslušnost: GB - Spojené království Velké Británie a Severního Irska) L. Stutzke (státní příslušnost: DK - Dánské království) C. Wagner (státní příslušnost: DE - Spolková republika Německo) A. Zeck (státní příslušnost: DE - Spolková republika Německo) |
| Popis výsledku v anglickém jazyce | Protein glycosylation is one of the most common PTMs and many cell surface receptors, extracellular proteins, and biopharmaceuticals are glycosylated. However, HDX-MS analysis of such important glycoproteins has so far been limited by difficulties in determining the HDX of the protein segments that contain glycans. We have developed a column containing immobilized PNGase Rc (from Rudaea cellulosilytica) that can readily be implemented into a conventional HDX-MS setup to allow improved analysis of glycoproteins. We show that HDX-MS with the PNGase Rc column enables efficient online removal of N-linked glycans and the determination of the HDX of glycosylated regions in several complex glycoproteins. Additionally, we use the PNGase Rc column to perform a comprehensive HDX-MS mapping of the binding epitope of a mAb to c-Met, a complex glycoprotein drug target. Importantly, the column retains high activity in the presence of common quench-buffer additives like TCEP and urea and performed consistent across 114 days of extensive use. Overall, our work shows that HDX-MS with the integrated PNGase Rc column can enable fast and efficient online deglycosylation at harsh quench conditions to provide comprehensive analysis of complex glycoproteins. |
| Klíčová slova oddělená středníkem | hydrogen/deuterium exchange;resolution;proteins |
| Stránka www, na které se nachází výsledek | https://pubs.acs.org/doi/10.1021/jasms.3c00268 |
| DOI výsledku | 10.1021/jasms.3c00268 |
| Odkaz na údaje z výzkumu | - |
Údaje o výsledku v závislosti na druhu výsledku
| Název periodika | Journal of the American Society for Mass Spectrometry |
|---|---|
| ISSN | 1044-0305 |
| e-ISSN | 1879-1123 |
| Svazek periodika | 34 |
| Číslo periodika v rámci uvedeného svazku | 11 |
| Stát vydavatele periodika | US - Spojené státy americké |
| Počet stran výsledku | 11 |
| Strana od-do | 2556-2566 |
| Kód UT WoS článku podle Web of Science | 001074666000001 |
| EID výsledku v databázi Scopus | 2-s2.0-85175202999 |
| Způsob publikování výsledku | A - Open Access |
| Předpokládaný termín zveřejnění plného textu výsledku | - |
Ostatní informace o výsledku
| Předkladatel | Biotechnologický ústav AV ČR, v. v. i. |
|---|---|
| Dodavatel | MSM - Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy (MŠMT) |
| Rok sběru | 2024 |
| Specifikace | RIV/86652036:_____/23:00581603!RIV24-MSM-86652036 |
| Datum poslední aktualizace výsledku | 28.05.2024 |
| Kontrolní číslo | 192532961 ( v1.0 ) |
Informace o dalších výskytech výsledku dodaného stejným předkladatelem
| Dodáno AV ČR v roce 2024 | RIV/86652036:_____/23:00581603 v dodávce dat RIV24-AV0-86652036 |
|---|
Informace o dalších výskytech výsledku dodaného ostatními předkladateli
| Dodáno AV ČR v roce 2024 | RIV/61388971:_____/23:00581603 v dodávce dat RIV24-AV0-61388971 předkladatelem Mikrobiologický ústav AV ČR, v. v. i. |
|---|---|
| Dodáno MŠMT v roce 2024 | RIV/61388971:_____/23:00581603 v dodávce dat RIV24-MSM-61388971 předkladatelem Mikrobiologický ústav AV ČR, v. v. i. |
Odkazy na výzkumné aktivity, při jejichž řešení výsledek vznikl
| Projekt podporovaný MŠMT v programu EF | EF18_046/0015974 - Modernizace České infrastruktury pro integrativní strukturní biologii (2020 - 2022) |
|---|---|
| Projekt podporovaný MŠMT v programu LM | LM2023042 - Česká infrastruktura pro integrativní strukturní biologii (2023 - 2026) |
| Velká výzkumná infrastruktura - VVI | 90242 - CIISB III (2023 - 2026) |