| Identifikační kód |
RIV/86652036:_____/14:00452202 |
| Název v anglickém jazyce |
Atlas of Protein Hydration |
| Druh |
R - Software |
| Jazyk |
eng - angličtina |
| Obor - skupina |
B - Fyzika a matematika |
| Obor |
BO - Biofyzika |
| Rok uplatnění |
2014 |
| Kód důvěrnosti údajů |
S - Úplné a pravdivé údaje o výsledku nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů. |
| Počet výskytů výsledku |
3 |
| Počet tvůrců celkem |
3 |
| Počet domácích tvůrců |
3 |
| Výčet všech uvedených jednotlivých tvůrců |
Lada Biedermannová (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 2785056)
Jiří Černý (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 5461162)
Bohdan Schneider (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 5185599) |
| Popis výsledku v anglickém jazyce |
The website provides information on the hydration of amino acid residues in different conformational states in X-ray crystal structures and their visualization in a Jmol applet. The positions and probabilities of the hydration sites were derived from theanalysis of of a non-redundant set of 2818 high resolution protein crystal structures from the Protein Data Bank, as described in Biedermannova et al, Acta Cryst. D 2015. For each hydration site the interaction energy was also calculated at the level ofDFT-D (RI-TPSS/TZVP augmented with empirical dispersion term) with the solvation effects described using COSMO. |
| Klíčová slova oddělená středníkem |
protein hydration; structural biology; X-ray crystallography; Interaction energy; quantum chemistry |
| Stránka www, na které se nachází výsledek |
http://www.dnatco.org/atlas |
| Odkaz na údaje z výzkumu |
- |