Zpět na hledání
| Identifikační kód | RIV/68378050:_____/22:00557844 |
|---|---|
| Název v anglickém jazyce | Semantic clustering analysis of E3-ubiquitin ligases in gastrointestinal tract defines genes ontology clusters with tissue expression patterns |
| Druh | J - Recenzovaný odborný článek (Jimp, Jsc a Jost) |
| Poddruh | J/A - Článek v odborném periodiku je obsažen v databázi Web of Science společností Thomson Reuters s příznakem „Article“, „Review“ nebo „Letter“ (Jimp) |
| Jazyk | eng - angličtina |
| Vědní obor | 30219 - Gastroenterology and hepatology |
| Rok uplatnění | 2022 |
| Kód důvěrnosti údajů | S - Úplné a pravdivé údaje o výsledku nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů. |
| Počet výskytů výsledku | 3 |
| Počet tvůrců celkem | 9 |
| Počet domácích tvůrců | 8 |
| Výčet všech uvedených jednotlivých tvůrců | Veronika Iatsiuk (státní příslušnost: UA - Ukrajina, domácí tvůrce: A) František Malinka (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 1644491) Vendula Novosadová (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 8664595) Markéta Pícková (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 1546448) Jan Procházka (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 9994262) Radislav Sedláček (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 5782694, researcherid: G-4408-2014) František Špoutil (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 5114950) Jolana Turečková (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 9914455, researcherid: G-6344-2014) J. Kléma (státní příslušnost: CZ - Česká republika) |
| Popis výsledku v anglickém jazyce | Background Ubiquitin ligases (Ub-ligases) are essential intracellular enzymes responsible for the regulation of proteome homeostasis, signaling pathway crosstalk, cell differentiation and stress responses. Individual Ub-ligases exhibit their unique functions based on the nature of their substrates. They create a complex regulatory network with alternative and feedback pathways to maintain cell homeostasis, being thus important players in many physiological and pathological conditions. However, the functional classification of Ub-ligases needs to be revised and extended. Methods In the current study, we used a novel semantic biclustering technique for expression profiling of Ub-ligases and ubiquitination-related genes in the murine gastrointestinal tract (GIT). We accommodated a general framework of the algorithm for finding tissue-specific gene expression clusters in GIT. In order to test identified clusters in a biological system, we used a model of epithelial regeneration. For this purpose, a dextran sulfate sodium (DSS) mouse model, following with in situ hybridization, was used to expose genes with possible compensatory features. To determine cell-type specific distribution of Ub-ligases and ubiquitination-related genes, principal component analysis (PCA) and Uniform Manifold Approximation and Projection technique (UMAP) were used to analyze the Tabula Muris scRNA-seq data of murine colon followed by comparison with our clustering results. Results Our established clustering protocol, that incorporates the semantic biclustering algorithm, demonstrated the potential to reveal interesting expression patterns. In this manner, we statistically defined gene clusters consisting of the same genes involved in distinct regulatory pathways vs distinct genes playing roles in functionally similar signaling pathways. This allowed us to uncover the potentially redundant features of GIT-specific Ub-ligases and ubiquitination-related genes. Testing the statistically obtained results on the mouse model showed that genes clustered to the same ontology group simultaneously alter their expression pattern after induced epithelial damage, illustrating their complementary role during tissue regeneration. Conclusions An optimized semantic clustering protocol demonstrates the potential to reveal a readable and unique pattern in the expression profiling of GIT-specific Ub-ligases, exposing ontologically relevant gene clusters with potentially redundant features. This extends our knowledge of ontological relationships among Ub-ligases and ubiquitination-related genes, providing an alternative and more functional gene classification. In a similar way, semantic cluster analysis could be used for studding of other enzyme families, tissues and systems. |
| Klíčová slova oddělená středníkem | Ub-ligase;git;Regeneration;Cluster analysis;Semantic biclustering;Gene redundancy |
| Stránka www, na které se nachází výsledek | https://bmcgastroenterol.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12876-022-02265-2 |
| DOI výsledku | 10.1186/s12876-022-02265-2 |
| Odkaz na údaje z výzkumu | - |
Údaje o výsledku v závislosti na druhu výsledku
| Název periodika | BMC Gastroenterology |
|---|---|
| ISSN | 1471-230X |
| e-ISSN | 1471-230X |
| Svazek periodika | 22 |
| Číslo periodika v rámci uvedeného svazku | 1 |
| Stát vydavatele periodika | GB - Spojené království Velké Británie a Severního Irska |
| Počet stran výsledku | 14 |
| Strana od-do | 186 |
| Kód UT WoS článku podle Web of Science | 000782182500004 |
| EID výsledku v databázi Scopus | - |
| Způsob publikování výsledku | A - Open Access |
| Předpokládaný termín zveřejnění plného textu výsledku | - |
Ostatní informace o výsledku
| Předkladatel | Ústav molekulární genetiky AV ČR, v. v. i. |
|---|---|
| Dodavatel | MSM - Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy (MŠMT) |
| Rok sběru | 2023 |
| Specifikace | RIV/68378050:_____/22:00557844!RIV23-MSM-68378050 |
| Datum poslední aktualizace výsledku | 17.05.2023 |
| Kontrolní číslo | 192457887 ( v1.0 ) |
Informace o dalších výskytech výsledku dodaného stejným předkladatelem
| Dodáno AV ČR v roce 2023 | RIV/68378050:_____/22:00557844 v dodávce dat RIV23-AV0-68378050 |
|---|
Informace o dalších výskytech výsledku dodaného ostatními předkladateli
| Dodáno MŠMT v roce 2023 | RIV/68407700:21230/22:00357852 v dodávce dat RIV23-MSM-21230___ předkladatelem České vysoké učení technické v Praze / Fakulta elektrotechnická |
|---|
Odkazy na výzkumné aktivity, při jejichž řešení výsledek vznikl
| Projekt podporovaný MŠMT v programu ED | ED1.1.00/02.0109 - Biotechnologické a biomedicínské centrum Akademie věd a Univerzity Karlovy (2012 - 2015) |
|---|---|
| Projekt podporovaný MŠMT v programu ED | ED2.1.00/19.0395 - Vyšší kvalita a kapacita chovů transgenních modelů (2015 - 2015) |
| Projekt podporovaný MŠMT v programu EF | EF16_013/0001789 - Upgrade Českého centra fenogenomiky: vývoj k translačnímu výzkumu (2017 - 2020) |
| Projekt podporovaný MŠMT v programu LM | LM2015040 - České centrum pro fenogenomiku (2016 - 2017) |
| Projekt podporovaný MŠMT v programu LM | LM2018126 - České centrum pro fenogenomiku (2020 - 2022) |
| Projekt podporovaný MŠMT v programu LQ | LQ1604 - BIOCEV - od základního k aplikovanému výzkumu (2016 - 2020) |