Zpět na hledání
| Identifikační kód | RIV/68081707:_____/23:00583620 |
|---|---|
| Název v anglickém jazyce | Variability of Inverted Repeats in All Available Genomes of Bacteria |
| Druh | J - Recenzovaný odborný článek (Jimp, Jsc a Jost) |
| Poddruh | J/A - Článek v odborném periodiku je obsažen v databázi Web of Science společností Thomson Reuters s příznakem „Article“, „Review“ nebo „Letter“ (Jimp) |
| Jazyk | eng - angličtina |
| Vědní obor | 10606 - Microbiology |
| Rok uplatnění | 2023 |
| Kód důvěrnosti údajů | S - Úplné a pravdivé údaje o výsledku nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů. |
| Počet výskytů výsledku | 6 |
| Popis výsledku v anglickém jazyce | Noncanonical secondary structures in nucleic acids have been studied intensively in recent years. Important biological roles of cruciform structures formed by inverted repeats (IRs) have been demonstrated in diverse organisms, including humans. Using Palindrome analyser, we analyzed IRs in all accessible bacterial genome sequences to determine their frequencies, lengths, and localizations. IR sequences were identified in all species, but their frequencies differed significantly across various evolutionary groups. We detected 242,373,717 IRs in all 1,565 bacterial genomes. The highest mean IR frequency was detected in the Tenericutes (61.89 IRs/kbp) and the lowest mean frequency was found in the Alphaproteobacteria (27.08 IRs/kbp). IRs were abundant near genes and around regulatory, tRNA, transfer-messenger RNA (tmRNA), and rRNA regions, pointing to the importance of IRs in such basic cellular processes as genome maintenance, DNA replication, and transcription. Moreover, we found that organisms with high IR frequencies were more likely to be endosymbiotic, antibiotic producing, or pathogenic. On the other hand, those with low IR frequencies were far more likely to be thermophilic. This first comprehensive analysis of IRs in all available bacterial genomes demonstrates their genomic ubiquity, nonrandom distribution, and enrichment in genomic regulatory regions.IMPORTANCE Our manuscript reports for the first time a complete analysis of inverted repeats in all fully sequenced bacterial genomes. Thanks to the availability of unique computational resources, we were able to statistically evaluate the presence and localization of these important regulatory sequences in bacterial genomes. This work revealed a strong abundance of these sequences in regulatory regions and provides researchers with a valuable tool for their manipulation. |
| Klíčová slova oddělená středníkem | dna-structure;sticky dna;sp-nov.;evolution;stability;binding;server;gene;rnas |
| Stránka www, na které se nachází výsledek | https://journals.asm.org/doi/epub/10.1128/spectrum.01648-23 |
| DOI výsledku | https://doi.org/10.1128/spectrum.01648-23 |
| Odkaz na údaje z výzkumu | - |
Údaje o výsledku v závislosti na druhu výsledku
| Název periodika | Microbiology Spectrum |
|---|---|
| ISSN | 2165-0497 |
| e-ISSN | 2165-0497 |
| Svazek periodika | 11 |
| Číslo periodika v rámci uvedeného svazku | 4 |
| Stát vydavatele periodika | US - Spojené státy americké |
| Počet stran výsledku | 11 |
| Strana od-do | |
| Kód UT WoS článku podle Web of Science | 001016285500001 |
| EID výsledku v databázi Scopus | 2-s2.0-85171994866 |
| Způsob publikování výsledku | A - Open Access |
| Předpokládaný termín zveřejnění plného textu výsledku | - |
Informace o všech výskytech výsledku v rámci detailu výsledku
| Dodáno AV ČR v roce 2024 | RIV/68081707:_____/23:00583620 v dodávce dat RIV24-AV0-68081707 předkladatelem Biofyzikální ústav AV ČR, v. v. i. |
|---|---|
| Dodáno GA ČR v roce 2024 | RIV/68081707:_____/23:00583620 v dodávce dat RIV24-GA0-68081707 předkladatelem Biofyzikální ústav AV ČR, v. v. i. |
| Dodáno MŠMT v roce 2024 | RIV/68081707:_____/23:00583620 v dodávce dat RIV24-MSM-68081707 předkladatelem Biofyzikální ústav AV ČR, v. v. i. |
| Dodáno MŠMT v roce 2024 | RIV/00216224:14310/23:00131464 v dodávce dat RIV24-MSM-14310___ předkladatelem Masarykova univerzita / Přírodovědecká fakulta |
| Dodáno MŠMT v roce 2024 | RIV/62156489:43110/23:43923663 v dodávce dat RIV24-MSM-43110___ předkladatelem Mendelova univerzita v Brně / Provozně ekonomická fakulta |
| Dodáno MŠMT v roce 2024 | RIV/00216305:26210/23:PU148961 v dodávce dat RIV24-MSM-26210___ předkladatelem Vysoké učení technické v Brně / Fakulta strojního inženýrství |
Odkazy na výzkumné aktivity, při jejichž řešení výsledek vznikl
| Projekt podporovaný MŠMT v programu EF | EF15_003/0000477 - Strukturní gymnastika nukleových kyselin: od molekulárních principů přes biologické funkce k terapeutickým cílům. (2016 - 2022) |
|---|---|
| Projekt podporovaný GA ČR v programu GA | GA22-21903S - Lokální struktury DNA a jejich role ve funkci mutantního proteinu p53 z lidských nádorů (2022 - 2024) |
| Podpora / návaznosti | Institucionální podpora na rozvoj výzkumné organizace |