Zpět na hledání
| Identifikační kód | RIV/68081707:_____/21:00555382 |
|---|---|
| Název v anglickém jazyce | SARS-CoV-2 hot-spot mutations are significantly enriched within inverted repeats and CpG island loci |
| Druh | J - Recenzovaný odborný článek (Jimp, Jsc a Jost) |
| Poddruh | J/A - Článek v odborném periodiku je obsažen v databázi Web of Science společností Thomson Reuters s příznakem „Article“, „Review“ nebo „Letter“ (Jimp) |
| Jazyk | eng - angličtina |
| Vědní obor | 10608 - Biochemistry and molecular biology |
| Rok uplatnění | 2021 |
| Kód důvěrnosti údajů | S - Úplné a pravdivé údaje o výsledku nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů. |
| Počet výskytů výsledku | 5 |
| Počet tvůrců celkem | 11 |
| Počet domácích tvůrců | 4 |
| Výčet všech uvedených jednotlivých tvůrců | Natalia Bohalova (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 9799949, orcid: 0000-0003-3898-7229) Václav Brázda (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 5700612, orcid: 0000-0003-2837-4226, researcherid: F-9582-2011) Miroslav Fojta (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 4171373, orcid: 0000-0003-1854-6506, researcherid: D-6971-2012) Pratik Goswami (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 5058905) M. Bartas (státní příslušnost: CZ - Česká republika) J. Cerven (státní příslušnost: CZ - Česká republika) V. Cervenova (státní příslušnost: CZ - Česká republika) M. Lexa (státní příslušnost: CZ - Česká republika) P. Pečinka (státní příslušnost: CZ - Česká republika) V. Špunda (státní příslušnost: CZ - Česká republika) A. Volna (státní příslušnost: CZ - Česká republika) |
| Popis výsledku v anglickém jazyce | SARS-CoV-2 is an intensively investigated virus from the order Nidovirales (Coronaviridae family) that causes COVID-19 disease in humans. Through enormous scientific effort, thousands of viral strains have been sequenced to date, thereby creating a strong background for deep bioinformatics studies of the SARS-CoV-2 genome. In this study, we inspected high-frequency mutations of SARS-CoV-2 and carried out systematic analyses of their overlay with inverted repeat (IR) loci and CpG islands. The main conclusion of our study is that SARS-CoV-2 hot-spot mutations are significantly enriched within both IRs and CpG island loci. This points to their role in genomic instability and may predict further mutational drive of the SARS-CoV-2 genome. Moreover, CpG islands are strongly enriched upstream from viral ORFs and thus could play important roles in transcription and the viral life cycle. We hypothesize that hypermethylation of these loci will decrease the transcription of viral ORFs and could therefore limit the progression of the disease. |
| Klíčová slova oddělená středníkem | dna;rna;methylation;genotype;protein;search |
| Stránka www, na které se nachází výsledek | https://academic.oup.com/bib/article/22/2/1338/6042389 |
| DOI výsledku | https://doi.org/10.1093/bib/bbaa385 |
| Odkaz na údaje z výzkumu | - |
Údaje o výsledku v závislosti na druhu výsledku
| Název periodika | Briefings in Bioinformatics |
|---|---|
| ISSN | 1467-5463 |
| e-ISSN | 1477-4054 |
| Svazek periodika | 22 |
| Číslo periodika v rámci uvedeného svazku | 2 |
| Stát vydavatele periodika | GB - Spojené království Velké Británie a Severního Irska |
| Počet stran výsledku | 8 |
| Strana od-do | 1338-1345 |
| Kód UT WoS článku podle Web of Science | 000642298000058 |
| EID výsledku v databázi Scopus | 2-s2.0-85103474633 |
| Způsob publikování výsledku | A - Open Access |
| Předpokládaný termín zveřejnění plného textu výsledku | - |
Ostatní informace o výsledku
| Předkladatel | Biofyzikální ústav AV ČR, v. v. i. |
|---|---|
| Dodavatel | GA0 - Grantová agentura České republiky (GA ČR) |
| Rok sběru | 2022 |
| Specifikace | RIV/68081707:_____/21:00555382!RIV22-GA0-68081707 |
| Datum poslední aktualizace výsledku | 04.05.2022 |
| Kontrolní číslo | 192356736 ( v1.0 ) |
Informace o dalších výskytech výsledku dodaného stejným předkladatelem
| Dodáno MŠMT v roce 2022 | RIV/68081707:_____/21:00555382 v dodávce dat RIV22-MSM-68081707 |
|---|---|
| Dodáno AV ČR v roce 2022 | RIV/68081707:_____/21:00555382 v dodávce dat RIV22-AV0-68081707 |
Informace o dalších výskytech výsledku dodaného ostatními předkladateli
| Dodáno GA ČR v roce 2022 | RIV/61988987:17310/21:A22029UR v dodávce dat RIV22-GA0-17310___ předkladatelem Ostravská univerzita / Přírodovědecká fakulta |
|---|---|
| Dodáno MŠMT v roce 2022 | RIV/00216224:14310/21:00121025 v dodávce dat RIV22-MSM-14310___ předkladatelem Masarykova univerzita / Přírodovědecká fakulta |
Odkazy na výzkumné aktivity, při jejichž řešení výsledek vznikl
| Projekt podporovaný GA ČR v programu GA | GA18-15548S - Srovnávací studie DNA interakčních vlastností izoforem nádorového supresoru proteinu p53 (2018 - 2020) |
|---|