Zpět na hledáníComplex Analyses of Short Inverted Repeats in All Sequenced Chloroplast DNAs (2018)detail výsledku
| Identifikační kód | RIV/68081707:_____/18:00502507 |
|---|---|
| Název v anglickém jazyce | Complex Analyses of Short Inverted Repeats in All Sequenced Chloroplast DNAs |
| Druh | J - Recenzovaný odborný článek (Jimp, Jsc a Jost) |
| Poddruh | J/A - Článek v odborném periodiku je obsažen v databázi Web of Science společností Thomson Reuters s příznakem „Article“, „Review“ nebo „Letter“ (Jimp) |
| Jazyk | eng - angličtina |
| Vědní obor | 10606 - Microbiology |
| Rok uplatnění | 2018 |
| Kód důvěrnosti údajů | S - Úplné a pravdivé údaje o výsledku nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů. |
| Počet výskytů výsledku | 5 |
| Popis výsledku v anglickém jazyce | Chloroplasts are key organelles in the management of oxygen in algae and plants and are therefore crucial for all living beings that consume oxygen. Chloroplasts typically contain a circular DNA molecule with nucleus-independent replication and heredity. Using palindrome analyser we performed complete analyses of short inverted repeats (S-IRs) in all chloroplast DNAs (cpDNAs) available from the NCBI genome database. Our results provide basic parameters of cpDNAs including comparative information on localization, frequency, and differences in S-IR presence. In a total of 2,565 cpDNA sequences available, the average frequency of S-IRs in cpDNA genomes is 45 S-IRs/per kbp, significantly higher than that found in mitochondrial DNA sequences. The frequency of S-IRs in cpDNAs generally decreased with S-IR length, but not for S-IRs 15, 22, 24, or 27 bp long, which are significantly more abundant than S-IRs with other lengths. These results point to the importance of specific S-IRs in cpDNA genomes. Moreover, comparison by Levenshtein distance of S-IR similarities showed that a limited number of S-IR sequences are shared in the majority of cpDNAs. S-IRs are not located randomly in cpDNAs, but are length-dependently enriched in specific locations, including the repeat region, stem, introns, and tRNA regions. The highest enrichment was found for 12 bp and longer S-IRs in the stem-loop region followed by 12 bp and longer S-IRs located before the repeat region. On the other hand, S-IRs are relatively rare in rRNA sequences and around introns. These data show nonrandom and conserved arrangements of S-IRs in chloroplast genomes. |
| Klíčová slova oddělená středníkem | genome sequence;substitution rates;rearrangements;mitochondrial |
| Stránka www, na které se nachází výsledek | - |
| DOI výsledku | https://doi.org/10.1155/2018/1097018 |
| Odkaz na údaje z výzkumu | - |
Údaje o výsledku v závislosti na druhu výsledku
| Název periodika | BioMed Research International |
|---|---|
| ISSN | 2314-6133 |
| e-ISSN | - |
| Svazek periodika | 2018 |
| Číslo periodika v rámci uvedeného svazku | 2018 |
| Stát vydavatele periodika | US - Spojené státy americké |
| Počet stran výsledku | 11 |
| Strana od-do | |
| Kód UT WoS článku podle Web of Science | 000439627100001 |
| EID výsledku v databázi Scopus | - |
| Způsob publikování výsledku | - |
| Předpokládaný termín zveřejnění plného textu výsledku | - |
Informace o všech výskytech výsledku v rámci detailu výsledku
| Dodáno AV ČR v roce 2019 | RIV/68081707:_____/18:00502507 v dodávce dat RIV19-AV0-68081707/01:1 předkladatelem Biofyzikální ústav AV ČR, v. v. i. |
|---|---|
| Dodáno GA ČR v roce 2019 | RIV/68081707:_____/18:00502507 v dodávce dat RIV19-GA0-68081707/01:1 předkladatelem Biofyzikální ústav AV ČR, v. v. i. |
| Dodáno MŠMT v roce 2019 | RIV/68081707:_____/18:00502507 v dodávce dat RIV19-MSM-68081707/01:1 předkladatelem Biofyzikální ústav AV ČR, v. v. i. |
| Dodáno MŠMT v roce 2019 | RIV/62156489:43110/18:43913803 v dodávce dat RIV19-MSM-43110___/01:1 předkladatelem Mendelova univerzita v Brně / Provozně ekonomická fakulta |
| Dodáno MŠMT v roce 2019 | RIV/61988987:17310/18:A1901WIB v dodávce dat RIV19-MSM-17310___/01:1 předkladatelem Ostravská univerzita / Přírodovědecká fakulta |
Odkazy na výzkumné aktivity, při jejichž řešení výsledek vznikl
| Projekt podporovaný MŠMT v programu EF | EF15_003/0000477 - Strukturní gymnastika nukleových kyselin: od molekulárních principů přes biologické funkce k terapeutickým cílům. (2016 - 2022) |
|---|---|
| Projekt podporovaný GA ČR v programu GA | GA18-15548S - Srovnávací studie DNA interakčních vlastností izoforem nádorového supresoru proteinu p53 (2018 - 2020) |
| Podpora / návaznosti | Institucionální podpora na rozvoj výzkumné organizace |