| Identifikační kód |
RIV/68081707:_____/18:00502507 |
| Název v anglickém jazyce |
Complex Analyses of Short Inverted Repeats in All Sequenced Chloroplast DNAs |
| Druh |
J - Recenzovaný odborný článek (Jimp, Jsc a Jost) |
| Poddruh |
J/A - Článek v odborném periodiku je obsažen v databázi Web of Science společností Thomson Reuters s příznakem „Article“, „Review“ nebo „Letter“ (Jimp) |
| Jazyk |
eng - angličtina |
| Vědní obor |
10606 - Microbiology |
| Rok uplatnění |
2018 |
| Kód důvěrnosti údajů |
S - Úplné a pravdivé údaje o výsledku nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů. |
| Počet výskytů výsledku |
5 |
| Počet tvůrců celkem |
4 |
| Počet domácích tvůrců |
2 |
| Výčet všech uvedených jednotlivých tvůrců |
Václav Brázda (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 5700612, researcherid: F-9582-2011)
Miroslav Fojta (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 4171373, researcherid: D-6971-2012)
M. Bartas (státní příslušnost: CZ - Česká republika)
J. Lysek (státní příslušnost: CZ - Česká republika) |
| Popis výsledku v anglickém jazyce |
Chloroplasts are key organelles in the management of oxygen in algae and plants and are therefore crucial for all living beings that consume oxygen. Chloroplasts typically contain a circular DNA molecule with nucleus-independent replication and heredity. Using palindrome analyser we performed complete analyses of short inverted repeats (S-IRs) in all chloroplast DNAs (cpDNAs) available from the NCBI genome database. Our results provide basic parameters of cpDNAs including comparative information on localization, frequency, and differences in S-IR presence. In a total of 2,565 cpDNA sequences available, the average frequency of S-IRs in cpDNA genomes is 45 S-IRs/per kbp, significantly higher than that found in mitochondrial DNA sequences. The frequency of S-IRs in cpDNAs generally decreased with S-IR length, but not for S-IRs 15, 22, 24, or 27 bp long, which are significantly more abundant than S-IRs with other lengths. These results point to the importance of specific S-IRs in cpDNA genomes. Moreover, comparison by Levenshtein distance of S-IR similarities showed that a limited number of S-IR sequences are shared in the majority of cpDNAs. S-IRs are not located randomly in cpDNAs, but are length-dependently enriched in specific locations, including the repeat region, stem, introns, and tRNA regions. The highest enrichment was found for 12 bp and longer S-IRs in the stem-loop region followed by 12 bp and longer S-IRs located before the repeat region. On the other hand, S-IRs are relatively rare in rRNA sequences and around introns. These data show nonrandom and conserved arrangements of S-IRs in chloroplast genomes. |
| Klíčová slova oddělená středníkem |
genome sequence;substitution rates;rearrangements;mitochondrial |
| Stránka www, na které se nachází výsledek |
- |
| DOI výsledku |
https://doi.org/10.1155/2018/1097018 |
| Odkaz na údaje z výzkumu |
- |