| Identifikační kód |
RIV/68081707:_____/13:00422256 |
| Název v anglickém jazyce |
Crystal structures of B-DNA dodecamer containing the epigenetic modifications 5-hydroxymethylcytosine or 5-methylcytosine |
| Druh |
J - Recenzovaný odborný článek (Jimp, Jsc a Jost) |
| Poddruh |
- |
| Jazyk |
eng - angličtina |
| Obor - skupina |
B - Fyzika a matematika |
| Obor |
BO - Biofyzika |
| Rok uplatnění |
2013 |
| Kód důvěrnosti údajů |
S - Úplné a pravdivé údaje o výsledku nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů. |
| Počet výskytů výsledku |
3 |
| Počet tvůrců celkem |
4 |
| Počet domácích tvůrců |
2 |
| Výčet všech uvedených jednotlivých tvůrců |
Daniel Renčiuk (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 6876455)
Michaela Vorlíčková (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 6871569)
O. Blacque (státní příslušnost: CH - Švýcarská konfederace)
B. Spingler (státní příslušnost: CH - Švýcarská konfederace) |
| Popis výsledku v anglickém jazyce |
5-Hydroxymethylcytosine (5-hmC) was recently identified as a relatively frequent base in eukaryotic genomes. Its physiological function is still unclear, but it is supposed to serve as an intermediate in DNA de novo demethylation. Using X-ray diffraction, we solved five structures of four variants of the d(CGCGAATTCGCG) dodecamer, containing either 5-hmC or 5-methylcytosine (5-mC) at position 3 or at position 9. The observed resolutions were between 1.42 and 1.99 A. Cytosine modification in all cases influences neither the whole B-DNA double helix structure nor the modified base pair geometry. The additional hydroxyl group of 5-hmC with rotational freedom along the C5-C5A bond is preferentially oriented in the 3' direction. A comparison of thermodynamic properties of the dodecamers shows no effect of 5-mC modification and a sequence-dependent only slight destabilizing effect of 5-hmC modification. Also taking into account the results of a previous functional study [Munzel et al. (2011) |
| Klíčová slova oddělená středníkem |
NUCLEIC-ACID STRUCTURES; CIRCULAR-DICHROISM; DEOXYRIBONUCLEIC-ACID |
| Stránka www, na které se nachází výsledek |
- |
| DOI výsledku |
10.1093/nar/gkt738 |
| Odkaz na údaje z výzkumu |
- |