| Identifikační kód |
RIV/68081707:_____/13:00422254 |
| Název v anglickém jazyce |
Evaluation of DNA bending models in their capacity to predict electrophoretic migration anomalies of satellite DNA sequences |
| Druh |
J - Recenzovaný odborný článek (Jimp, Jsc a Jost) |
| Poddruh |
- |
| Jazyk |
eng - angličtina |
| Obor - skupina |
B - Fyzika a matematika |
| Obor |
BO - Biofyzika |
| Rok uplatnění |
2013 |
| Kód důvěrnosti údajů |
S - Úplné a pravdivé údaje o výsledku nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů. |
| Počet výskytů výsledku |
2 |
| Popis výsledku v anglickém jazyce |
DNA containing a sequence that generates a local curvature exhibits a pronounced retardation in electrophoretic mobility. Various theoretical models have been proposed to explain relationship between DNA structural features and migration anomaly. Here, we studied the capacity of 15 static wedge-bending models to predict electrophoretic behavior of 69 satellite monomers derived from four divergent families. All monomers exhibited retarded mobility in PAGE corresponding to retardation factors ranging 1.02-1.54. The curvature varied both within and across the groups and correlated with the number, position, and lengths of A-tracts. Two dinucleotide models provided strong correlation between gel mobility and curvature prediction; two trinucleotide models were satisfactory while remaining dinucleotide models provided intermediate results with reliable prediction for subsets of sequences only. In some cases, similarly shaped molecules exhibited relatively large differences in mobility and vi |
| Klíčová slova oddělená středníkem |
HIGHLY REPETITIVE DNA; DOUBLE-HELICAL DNA; CURVED DNA |
| Stránka www, na které se nachází výsledek |
- |
| DOI výsledku |
10.1002/elps.201300227 |
| Odkaz na údaje z výzkumu |
- |