Zpět na hledáníBenchmark quantum-chemical calculations on a complete set of rotameric families of the DNA sugar-phosphate backbone and their comparison with modern density functional theory (2013)výskyt výsledku
| Identifikační kód | RIV/68081707:_____/13:00392700 |
|---|---|
| Název v anglickém jazyce | Benchmark quantum-chemical calculations on a complete set of rotameric families of the DNA sugar-phosphate backbone and their comparison with modern density functional theory |
| Druh | J - Recenzovaný odborný článek (Jimp, Jsc a Jost) |
| Poddruh | - |
| Jazyk | eng - angličtina |
| Obor - skupina | B - Fyzika a matematika |
| Obor | BO - Biofyzika |
| Rok uplatnění | 2013 |
| Kód důvěrnosti údajů | S - Úplné a pravdivé údaje o výsledku nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů. |
| Počet výskytů výsledku | 6 |
| Počet tvůrců celkem | 9 |
| Počet domácích tvůrců | 4 |
| Výčet všech uvedených jednotlivých tvůrců | Miroslav Krepl (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 4999924) Arnošt Mládek (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 9739807) Daniel Svozil (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 5520991) Jiří Šponer (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 3223779) P. Banáš (státní příslušnost: CZ - Česká republika) P. Čech (státní příslušnost: CZ - Česká republika) P. Jurečka (státní příslušnost: CZ - Česká republika) M. Otyepka (státní příslušnost: CZ - Česká republika) M. Zgarbová (státní příslušnost: CZ - Česká republika) |
| Popis výsledku v anglickém jazyce | The DNA sugar-phosphate backbone has a substantial influence on the DNA structural dynamics. Structural biology and bioinformatics studies revealed that the DNA backbone in experimental structures samples a wide range of distinct conformational substates, known as rotameric DNA backbone conformational families. Their correct description is essential for methods used to model nucleic acids and is known to be the Achilles heel of force field computations. In this study we report the benchmark database ofMP2 calculations extrapolated to the complete basis set of atomic orbitals with aug-cc-pVTZ and aug-cc-pVQZ basis sets, MP2(T, Q), augmented by DCCSD(T)/aug-cc-pVDZ corrections. The calculations are performed in the gas phase as well as using a COSMO solvent model. This study includes a complete set of 18 established and biochemically most important families of DNA backbone conformations and several other salient conformations that we identified in experimental structures. We utilize an |
| Klíčová slova oddělená středníkem | GAUSSIAN-BASIS SETS; GENERALIZED GRADIENT APPROXIMATION; CORRELATED MOLECULAR CALCULATIONS |
| Stránka www, na které se nachází výsledek | - |
| DOI výsledku | 10.1039/c3cp44383c |
| Odkaz na údaje z výzkumu | - |
Údaje o výsledku v závislosti na druhu výsledku
| Název periodika | Physical Chemistry Chemical Physics |
|---|---|
| ISSN | 1463-9076 |
| e-ISSN | - |
| Svazek periodika | 15 |
| Číslo periodika v rámci uvedeného svazku | 19 |
| Stát vydavatele periodika | GB - Spojené království Velké Británie a Severního Irska |
| Počet stran výsledku | 6 |
| Strana od-do | 7295-7310 |
| Kód UT WoS článku podle Web of Science | 000317980600036 |
| EID výsledku v databázi Scopus | - |
| Způsob publikování výsledku | - |
| Předpokládaný termín zveřejnění plného textu výsledku | - |
Ostatní informace o výsledku
| Předkladatel | Biofyzikální ústav AV ČR, v. v. i. |
|---|---|
| Dodavatel | AV0 - Akademie věd České republiky (AV ČR ) |
| Rok sběru | 2014 |
| Specifikace | RIV/68081707:_____/13:00392700!RIV14-AV0-68081707 |
| Datum poslední aktualizace výsledku | 06.05.2014 |
| Kontrolní číslo | 56696703 |
Informace o dalších výskytech výsledku dodaného stejným předkladatelem
| Dodáno GA ČR v roce 2014 | RIV/68081707:_____/13:00392700 v dodávce dat RIV14-GA0-68081707/01:1 |
|---|
Informace o dalších výskytech výsledku dodaného ostatními předkladateli
| Dodáno MŠMT v roce 2014 | RIV/00216224:14740/13:00068739 v dodávce dat RIV14-MSM-14740___/01:1 předkladatelem Masarykova univerzita / Středoevropský technologický institut |
|---|---|
| Dodáno MŠMT v roce 2014 | RIV/61989592:15310/13:33148179 v dodávce dat RIV14-MSM-15310___/01:1 předkladatelem Univerzita Palackého v Olomouci / Přírodovědecká fakulta |
| Dodáno MŠMT v roce 2014 | RIV/60461373:22340/13:43895104 v dodávce dat RIV14-MSM-22340___/01:1 předkladatelem Vysoká škola chemicko-technologická v Praze / Fakulta chemicko-inženýrská |
| Dodáno MŠMT v roce 2014 | RIV/60461373:22310/13:43895104 v dodávce dat RIV14-MSM-22310___/02:2 předkladatelem Vysoká škola chemicko-technologická v Praze / Fakulta chemické technologie |
Odkazy na výzkumné aktivity, při jejichž řešení výsledek vznikl
| Výzkumný záměr podporovaný AV ČR | AV0Z50040702 - Genom a epigenom: 1D a 3D struktura, dynamika, interakce s proteiny a funkce (2007 - 2013) |
|---|---|
| Podpora / návaznosti | Institucionální podpora na rozvoj výzkumné organizace |