Zpět na hledáníQM/MM Studies of Hairpin Ribozyme Self-Cleavage Suggest the Feasibility of Multiple Competing Reaction Mechanisms (2011)výskyt výsledku
| Identifikační kód | RIV/68081707:_____/11:00440900 |
|---|---|
| Název v anglickém jazyce | QM/MM Studies of Hairpin Ribozyme Self-Cleavage Suggest the Feasibility of Multiple Competing Reaction Mechanisms |
| Druh | J - Recenzovaný odborný článek (Jimp, Jsc a Jost) |
| Poddruh | - |
| Jazyk | eng - angličtina |
| Obor - skupina | B - Fyzika a matematika |
| Obor | BO - Biofyzika |
| Rok uplatnění | 2011 |
| Kód důvěrnosti údajů | S - Úplné a pravdivé údaje o výsledku nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů. |
| Počet výskytů výsledku | 7 |
| Počet tvůrců celkem | 5 |
| Počet domácích tvůrců | 1 |
| Výčet všech uvedených jednotlivých tvůrců | Jiří Šponer (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 3223779) P. Banáš (státní příslušnost: CZ - Česká republika) V. Mlýnský (státní příslušnost: CZ - Česká republika) M. Otyepka (státní příslušnost: CZ - Česká republika) N. G. Walter (státní příslušnost: US - Spojené státy americké) |
| Popis výsledku v anglickém jazyce | The hairpin ribozyme is a prominent member of small ribozymes since it does not require metal ions to achieve catalysis. Guanine 8 (G8) and adenine 38 (A38) have been identified as key participants in self-cleavage and -ligation. We have carried out hybrid quantum-mechanical/molecular mechanical (QM/MM) calculations to evaluate the energy along several putative reaction pathways. The error of our DFT description of the QM region was tested and shown to be similar to 1 kcal/mol. We find that self-cleavage of the hairpin ribozyme may follow several competing microscopic reaction mechanisms, all with calculated activation barriers in good agreement with those from experiment (20-21 kcal/mol). The initial nucleophilic attack of the A-1(2'-OH) group on thescissile phosphate is predicted to be rate-limiting in all these mechanisms. An unprotonated G8(-) (together with A38H(+)) yields a feasible activation barrier (20.4 kcal/mol). Proton transfer to a nonbridging phosphate oxygen also leads |
| Klíčová slova oddělená středníkem | TRANSITION-STATE STABILIZATION; BASE-PHOSPHATE INTERACTIONS; DENSITY-FUNCTIONAL THEORY |
| Stránka www, na které se nachází výsledek | - |
| DOI výsledku | 10.1021/jp206963g |
| Odkaz na údaje z výzkumu | - |
Údaje o výsledku v závislosti na druhu výsledku
| Název periodika | Journal of Physical Chemistry B |
|---|---|
| ISSN | 1520-6106 |
| e-ISSN | - |
| Svazek periodika | 115 |
| Číslo periodika v rámci uvedeného svazku | 47 |
| Stát vydavatele periodika | US - Spojené státy americké |
| Počet stran výsledku | 14 |
| Strana od-do | 13911-13924 |
| Kód UT WoS článku podle Web of Science | 000297195400014 |
| EID výsledku v databázi Scopus | - |
| Způsob publikování výsledku | - |
| Předpokládaný termín zveřejnění plného textu výsledku | - |
Ostatní informace o výsledku
| Předkladatel | Biofyzikální ústav AV ČR, v. v. i. |
|---|---|
| Dodavatel | GA0 - Grantová agentura České republiky (GA ČR) |
| Rok sběru | 2015 |
| Specifikace | RIV/68081707:_____/11:00440900!RIV15-GA0-68081707 |
| Datum poslední aktualizace výsledku | 20.05.2015 |
| Kontrolní číslo | 152505818 |
Informace o dalších výskytech výsledku dodaného stejným předkladatelem
| Dodáno AV ČR v roce 2015 | RIV/68081707:_____/11:00440900 v dodávce dat RIV15-AV0-68081707/01:1 |
|---|
Informace o dalších výskytech výsledku dodaného ostatními předkladateli
| Dodáno AV ČR v roce 2012 | RIV/61989592:15310/11:33118089 v dodávce dat RIV12-AV0-15310___/01:1 předkladatelem Univerzita Palackého v Olomouci / Přírodovědecká fakulta |
|---|---|
| Dodáno GA ČR v roce 2012 | RIV/00216224:14740/11:00050558 v dodávce dat RIV12-GA0-14740___/02:1 předkladatelem Masarykova univerzita / Středoevropský technologický institut |
| Dodáno GA ČR v roce 2012 | RIV/61989592:15310/11:33118089 v dodávce dat RIV12-GA0-15310___/01:1 předkladatelem Univerzita Palackého v Olomouci / Přírodovědecká fakulta |
| Dodáno MŠMT v roce 2012 | RIV/00216224:14740/11:00050558 v dodávce dat RIV12-MSM-14740___/01:1 předkladatelem Masarykova univerzita / Středoevropský technologický institut |
| Dodáno MŠMT v roce 2012 | RIV/61989592:15310/11:33118089 v dodávce dat RIV12-MSM-15310___/01:1 předkladatelem Univerzita Palackého v Olomouci / Přírodovědecká fakulta |
Odkazy na výzkumné aktivity, při jejichž řešení výsledek vznikl
| Projekt podporovaný GA ČR v programu GA | GA203/09/1476 - Strukturní dynamika, molekulové interakce a funkce klíčových motivů RNA (2009 - 2012) |
|---|---|
| Projekt podporovaný GA ČR v programu GA | GAP208/10/2302 - Teoretické a experimentální studie v prebiotické chemii nukleových kyselin (2010 - 2013) |
| Projekt podporovaný GA ČR v programu GA | GAP208/11/1822 - Struktura a dynamika DNA. Pokročilé počítačové studie (2011 - 2015) |