Zpět na hledáníNoncanonical hydrogen bonding in nucleic acids. Benchmark evaluation of key base-phosphate interactions in folded RNA molecules using quantum-chemical calculations and molecular dynamics simulations (2011)výskyt výsledku
| Identifikační kód | RIV/68081707:_____/11:00370405 |
|---|---|
| Název v anglickém jazyce | Noncanonical hydrogen bonding in nucleic acids. Benchmark evaluation of key base-phosphate interactions in folded RNA molecules using quantum-chemical calculations and molecular dynamics simulations |
| Druh | J - Recenzovaný odborný článek (Jimp, Jsc a Jost) |
| Poddruh | - |
| Jazyk | eng - angličtina |
| Obor - skupina | B - Fyzika a matematika |
| Obor | BO - Biofyzika |
| Rok uplatnění | 2011 |
| Kód důvěrnosti údajů | S - Úplné a pravdivé údaje o výsledku nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů. |
| Počet výskytů výsledku | 8 |
| Počet tvůrců celkem | 8 |
| Počet domácích tvůrců | 2 |
| Výčet všech uvedených jednotlivých tvůrců | Jiří Šponer (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 3223779) Judit E. Šponer (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 5279909) P. Banáš (státní příslušnost: CZ - Česká republika) P. Jurečka (státní příslušnost: CZ - Česká republika) N. B. Leontis (státní příslušnost: US - Spojené státy americké) M. Otyepka (státní příslušnost: CZ - Česká republika) M. Zgarbová (státní příslušnost: CZ - Česká republika) C. L. Zirbel (státní příslušnost: US - Spojené státy americké) |
| Popis výsledku v anglickém jazyce | RNA molecules are stabilized by a wide range of noncanonical interactions that are not present in DNA. Among them, the recently classified base phosphate (BPh) interactions belong to the most important ones. Twelve percent of nucleotides in the ribosomalcrystal structures are involved in BPh interactions. Here we provide assessment of the energetics of BPh interactions using MP2 computations extrapolated to the complete basis set of atomic orbitals and corrected for higher-order electron correlation effects. |
| Klíčová slova oddělená středníkem | density-functional theory; large ribosomal-subunit; gaussian-basis sets |
| Stránka www, na které se nachází výsledek | - |
| DOI výsledku | 10.1021/jp204820b |
| Odkaz na údaje z výzkumu | - |
Údaje o výsledku v závislosti na druhu výsledku
| Název periodika | Journal of Physical Chemistry A |
|---|---|
| ISSN | 1089-5639 |
| e-ISSN | - |
| Svazek periodika | 115 |
| Číslo periodika v rámci uvedeného svazku | 41 |
| Stát vydavatele periodika | US - Spojené státy americké |
| Počet stran výsledku | 16 |
| Strana od-do | 11277-11292 |
| Kód UT WoS článku podle Web of Science | 000295700600019 |
| EID výsledku v databázi Scopus | - |
| Způsob publikování výsledku | - |
| Předpokládaný termín zveřejnění plného textu výsledku | - |
Ostatní informace o výsledku
| Předkladatel | Biofyzikální ústav AV ČR, v. v. i. |
|---|---|
| Dodavatel | AV0 - Akademie věd České republiky (AV ČR ) |
| Rok sběru | 2012 |
| Specifikace | RIV/68081707:_____/11:00370405!RIV12-AV0-68081707 |
| Datum poslední aktualizace výsledku | 29.05.2012 |
| Kontrolní číslo | 13407089 |
Informace o dalších výskytech výsledku dodaného stejným předkladatelem
| Dodáno GA ČR v roce 2012 | RIV/68081707:_____/11:00370405 v dodávce dat RIV12-GA0-68081707/01:1 |
|---|---|
| Dodáno MŠMT v roce 2012 | RIV/68081707:_____/11:00370405 v dodávce dat RIV12-MSM-68081707/01:1 |
Informace o dalších výskytech výsledku dodaného ostatními předkladateli
| Dodáno AV ČR v roce 2012 | RIV/61989592:15310/11:10224679 v dodávce dat RIV12-AV0-15310___/01:1 předkladatelem Univerzita Palackého v Olomouci / Přírodovědecká fakulta |
|---|---|
| Dodáno GA ČR v roce 2012 | RIV/00216224:14740/11:00050559 v dodávce dat RIV12-GA0-14740___/02:1 předkladatelem Masarykova univerzita / Středoevropský technologický institut |
| Dodáno GA ČR v roce 2012 | RIV/61989592:15310/11:10224679 v dodávce dat RIV12-GA0-15310___/01:1 předkladatelem Univerzita Palackého v Olomouci / Přírodovědecká fakulta |
| Dodáno MŠMT v roce 2012 | RIV/00216224:14740/11:00050559 v dodávce dat RIV12-MSM-14740___/01:1 předkladatelem Masarykova univerzita / Středoevropský technologický institut |
| Dodáno MŠMT v roce 2012 | RIV/61989592:15310/11:10224679 v dodávce dat RIV12-MSM-15310___/01:1 předkladatelem Univerzita Palackého v Olomouci / Přírodovědecká fakulta |
Odkazy na výzkumné aktivity, při jejichž řešení výsledek vznikl
| Projekt podporovaný AV ČR v programu IA | IAA400040802 - Struktura, dynamika a reakční mechanismus katalytické RNA (2008 - 2011) |
|---|---|
| Výzkumný záměr podporovaný AV ČR | AV0Z50040507 - Biofyzika dynamických struktur a funkcí biologických systémů (2005 - 2010) |
| Výzkumný záměr podporovaný AV ČR | AV0Z50040702 - Genom a epigenom: 1D a 3D struktura, dynamika, interakce s proteiny a funkce (2007 - 2013) |