Zpět na hledáníPerformance of molecular mechanics force fields for RNA simulations: Stability of UUCG and GNRA hairpins (2010)výskyt výsledku
| Identifikační kód | RIV/68081707:_____/10:00353763 |
|---|---|
| Název v anglickém jazyce | Performance of molecular mechanics force fields for RNA simulations: Stability of UUCG and GNRA hairpins |
| Druh | J - Recenzovaný odborný článek (Jimp, Jsc a Jost) |
| Poddruh | - |
| Jazyk | eng - angličtina |
| Obor - skupina | B - Fyzika a matematika |
| Obor | BO - Biofyzika |
| Rok uplatnění | 2010 |
| Kód důvěrnosti údajů | S - Úplné a pravdivé údaje o výsledku nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů. |
| Počet výskytů výsledku | 7 |
| Počet tvůrců celkem | 8 |
| Počet domácích tvůrců | 1 |
| Výčet všech uvedených jednotlivých tvůrců | Jiří Šponer (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 3223779) P. Banáš (státní příslušnost: CZ - Česká republika) D. Hollas (státní příslušnost: CZ - Česká republika) T. E. Cheatham III (státní příslušnost: US - Spojené státy americké) P. Jurečka (státní příslušnost: CZ - Česká republika) M. Orozco (státní příslušnost: ES - Španělské království) M. Otyepka (státní příslušnost: CZ - Česká republika) M. Zgarbová (státní příslušnost: CZ - Česká republika) |
| Popis výsledku v anglickém jazyce | The RNA hairpin loops represent important RNA topologies with indispensable biological functions in RNA folding and tertiary interactions. Explicit solvent molecular dynamics (MD) simulation is a computational technique which can efficiently complement the experimental data and provide unique structural dynamics information on the atomic scale. Nevertheless, outcome of simulations is often compromised by imperfections in parameterization of simplified pair-wise additive empirical potentials referred also as force fields. We have pointed out in several recent studies that force field description of single stranded hairpin segments of nucleic acids may be particularly challenging for the force fields. In this paper, we report a critical assessment of a broad set of MD simulations of UUCG, GAGA, and GAAA tetraloops using various force fields. |
| Klíčová slova oddělená středníkem | molecular dynamics; force fields; RNA; tetraloops |
| Stránka www, na které se nachází výsledek | - |
| Odkaz na údaje z výzkumu | - |
Údaje o výsledku v závislosti na druhu výsledku
| Název periodika | Journal of Chemical Theory and Computation |
|---|---|
| ISSN | 1549-9618 |
| e-ISSN | - |
| Svazek periodika | 6 |
| Číslo periodika v rámci uvedeného svazku | 12 |
| Stát vydavatele periodika | US - Spojené státy americké |
| Počet stran výsledku | 14 |
| Strana od-do | |
| Kód UT WoS článku podle Web of Science | 000285217000019 |
| EID výsledku v databázi Scopus | - |
| Způsob publikování výsledku | - |
| Předpokládaný termín zveřejnění plného textu výsledku | - |
Ostatní informace o výsledku
| Předkladatel | Biofyzikální ústav AV ČR, v. v. i. |
|---|---|
| Dodavatel | AV0 - Akademie věd České republiky (AV ČR ) |
| Rok sběru | 2011 |
| Specifikace | RIV/68081707:_____/10:00353763!RIV11-AV0-68081707 |
| Datum poslední aktualizace výsledku | 30.05.2011 |
| Kontrolní číslo | 12797499 |
Informace o dalších výskytech výsledku dodaného stejným předkladatelem
| Dodáno GA ČR v roce 2011 | RIV/68081707:_____/10:00353763 v dodávce dat RIV11-GA0-68081707/01:1 |
|---|
Informace o dalších výskytech výsledku dodaného ostatními předkladateli
| Dodáno AV ČR v roce 2011 | RIV/61989592:15310/10:10215348 v dodávce dat RIV11-AV0-15310___/01:1 předkladatelem Univerzita Palackého v Olomouci / Přírodovědecká fakulta |
|---|---|
| Dodáno GA ČR v roce 2011 | RIV/61989592:15310/10:10215348 v dodávce dat RIV11-GA0-15310___/01:1 předkladatelem Univerzita Palackého v Olomouci / Přírodovědecká fakulta |
| Dodáno MŠMT v roce 2011 | RIV/61989592:15310/10:10215348 v dodávce dat RIV11-MSM-15310___/01:1 předkladatelem Univerzita Palackého v Olomouci / Přírodovědecká fakulta |
Odkazy na výzkumné aktivity, při jejichž řešení výsledek vznikl
| Projekt podporovaný AV ČR v programu IA | IAA400040802 - Struktura, dynamika a reakční mechanismus katalytické RNA (2008 - 2011) |
|---|---|
| Výzkumný záměr podporovaný AV ČR | AV0Z50040507 - Biofyzika dynamických struktur a funkcí biologických systémů (2005 - 2010) |
| Výzkumný záměr podporovaný AV ČR | AV0Z50040702 - Genom a epigenom: 1D a 3D struktura, dynamika, interakce s proteiny a funkce (2007 - 2013) |