Zpět na hledáníAn RNA molecular switch: Intrinsic flexibility of 23S rRNA helices 40 and 68 5?-UAA/5?-GAN internal loops studied by molecular dynamics methods (2010)výskyt výsledku
| Identifikační kód | RIV/68081707:_____/10:00340907 |
|---|---|
| Název v anglickém jazyce | An RNA molecular switch: Intrinsic flexibility of 23S rRNA helices 40 and 68 5?-UAA/5?-GAN internal loops studied by molecular dynamics methods |
| Druh | J - Recenzovaný odborný článek (Jimp, Jsc a Jost) |
| Poddruh | - |
| Jazyk | eng - angličtina |
| Obor - skupina | A - Společenské vědy |
| Obor | AQ - Bezpečnost a ochrana zdraví, člověk – stroj |
| Rok uplatnění | 2010 |
| Kód důvěrnosti údajů | S - Úplné a pravdivé údaje o výsledku nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů. |
| Počet výskytů výsledku | 2 |
| Počet tvůrců celkem | 9 |
| Počet domácích tvůrců | 3 |
| Výčet všech uvedených jednotlivých tvůrců | Ivana Beššeová (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 6620450) Kamila Réblová (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 9031510) Jiří Šponer (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 3223779) P. Kulhánek (státní příslušnost: CZ - Česká republika) D. H. Mathews (státní příslušnost: US - Spojené státy americké) Z. Střelcová (státní příslušnost: CZ - Česká republika) D. H. Turner (státní příslušnost: US - Spojené státy americké) K. Van Nostrand (státní příslušnost: US - Spojené státy americké) I. Yildirim (státní příslušnost: US - Spojené státy americké) |
| Popis výsledku v anglickém jazyce | Functional RNA molecules such as ribosomal RNAs (rRNAs) frequently contain highly conserved internal loops with a 5'-UAA/5'-GAN (UAA/GAN) consensus sequence. We performed 3.1 us of explicit solvent molecular dynamics (MD) simulations of the X-ray and NMRUAA/GAN structures, supplemented by molecular mechanics, Poisson-Boltzmann, and surface area free energy calculations; locally enhanced sampling (LES) runs; targeted MD (TMD); and nudged elastic band (NEB) analysis. We compared parm99 and parmbsc0 forcefields and net-neutralizing Na+ versus excess salt KCl ion environments. |
| Klíčová slova oddělená středníkem | RNA; internal loop; molecular dynamics |
| Stránka www, na které se nachází výsledek | - |
| Odkaz na údaje z výzkumu | - |
Údaje o výsledku v závislosti na druhu výsledku
| Název periodika | Journal of Chemical Theory and Computation |
|---|---|
| ISSN | 1549-9618 |
| e-ISSN | - |
| Svazek periodika | 6 |
| Číslo periodika v rámci uvedeného svazku | 3 |
| Stát vydavatele periodika | US - Spojené státy americké |
| Počet stran výsledku | 20 |
| Strana od-do | |
| Kód UT WoS článku podle Web of Science | 000275189400029 |
| EID výsledku v databázi Scopus | - |
| Způsob publikování výsledku | - |
| Předpokládaný termín zveřejnění plného textu výsledku | - |
Ostatní informace o výsledku
| Předkladatel | Biofyzikální ústav AV ČR, v. v. i. |
|---|---|
| Dodavatel | AV0 - Akademie věd České republiky (AV ČR ) |
| Rok sběru | 2010 |
| Specifikace | RIV/68081707:_____/10:00340907!RIV10-AV0-68081707 |
| Datum poslední aktualizace výsledku | 26.05.2010 |
| Kontrolní číslo | 12239301 |
Informace o dalších výskytech výsledku dodaného ostatními předkladateli
| Dodáno MŠMT v roce 2011 | RIV/00216224:14310/10:00043541 v dodávce dat RIV11-MSM-14310___/01:1 předkladatelem Masarykova univerzita / Přírodovědecká fakulta |
|---|
Odkazy na výzkumné aktivity, při jejichž řešení výsledek vznikl
| Projekt podporovaný AV ČR v programu 1Q | 1QS500040581 - Metalofarmaka, vývoj a mechanismus působení (2005 - 2009) |
|---|---|
| Projekt podporovaný AV ČR v programu IA | IAA400040802 - Struktura, dynamika a reakční mechanismus katalytické RNA (2008 - 2011) |
| Projekt podporovaný AV ČR v programu KJ | KJB400040901 - Počítačová studie RNA multiple junction lokalizovaných ve funkčně významných místech ribozomu (2009 - 2011) |
| Výzkumný záměr podporovaný AV ČR | AV0Z50040507 - Biofyzika dynamických struktur a funkcí biologických systémů (2005 - 2010) |
| Výzkumný záměr podporovaný AV ČR | AV0Z50040702 - Genom a epigenom: 1D a 3D struktura, dynamika, interakce s proteiny a funkce (2007 - 2013) |