Zpět na hledáníComparison of intrinsic stacking energies of ten unique dinucleotide steps in A-RNA and B-DNA duplexes. Can we determine correct order of stability by quantum-chemical calculations? (2010)výskyt výsledku
| Identifikační kód | RIV/68081707:_____/10:00338172 |
|---|---|
| Název v anglickém jazyce | Comparison of intrinsic stacking energies of ten unique dinucleotide steps in A-RNA and B-DNA duplexes. Can we determine correct order of stability by quantum-chemical calculations? |
| Druh | J - Recenzovaný odborný článek (Jimp, Jsc a Jost) |
| Poddruh | - |
| Jazyk | eng - angličtina |
| Obor - skupina | B - Fyzika a matematika |
| Obor | BO - Biofyzika |
| Rok uplatnění | 2010 |
| Kód důvěrnosti údajů | S - Úplné a pravdivé údaje o výsledku nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů. |
| Počet výskytů výsledku | 4 |
| Počet tvůrců celkem | 3 |
| Počet domácích tvůrců | 1 |
| Výčet všech uvedených jednotlivých tvůrců | Jiří Šponer (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 3223779) Pavel Hobza (státní příslušnost: CZ - Česká republika, vedidk: 2932016) D. Svozil (státní příslušnost: CZ - Česká republika) |
| Popis výsledku v anglickém jazyce | High level ab initio methods have been used to study stacking interactions in ten unique base pair steps both in A-RNA and in B-DNA duplexes. The protocol for selection of geometries based on molecular dynamics (MD) simulations is proposed, and its suitability is demonstrated by comparison with stacking in steps at fiber diffraction geometries. |
| Klíčová slova oddělená středníkem | molecular dynamics; quantum chemistry; base pair step |
| Stránka www, na které se nachází výsledek | - |
| Odkaz na údaje z výzkumu | - |
Údaje o výsledku v závislosti na druhu výsledku
| Název periodika | Journal of Physical Chemistry B |
|---|---|
| ISSN | 1520-6106 |
| e-ISSN | - |
| Svazek periodika | 114 |
| Číslo periodika v rámci uvedeného svazku | 2 |
| Stát vydavatele periodika | US - Spojené státy americké |
| Počet stran výsledku | 13 |
| Strana od-do | |
| Kód UT WoS článku podle Web of Science | 000273405000061 |
| EID výsledku v databázi Scopus | - |
| Způsob publikování výsledku | - |
| Předpokládaný termín zveřejnění plného textu výsledku | - |
Ostatní informace o výsledku
| Předkladatel | Biofyzikální ústav AV ČR, v. v. i. |
|---|---|
| Dodavatel | AV0 - Akademie věd České republiky (AV ČR ) |
| Rok sběru | 2010 |
| Specifikace | RIV/68081707:_____/10:00338172!RIV10-AV0-68081707 |
| Datum poslední aktualizace výsledku | 26.05.2010 |
| Kontrolní číslo | 12238854 |
Informace o dalších výskytech výsledku dodaného stejným předkladatelem
| Dodáno MŠMT v roce 2010 | RIV/68081707:_____/10:00338172 v dodávce dat RIV10-MSM-68081707/01:1 |
|---|
Informace o dalších výskytech výsledku dodaného ostatními předkladateli
| Dodáno AV ČR v roce 2010 | RIV/61388963:_____/10:00338172 v dodávce dat RIV10-AV0-61388963/01:1 předkladatelem Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i. |
|---|---|
| Dodáno MŠMT v roce 2010 | RIV/61388963:_____/10:00338172 v dodávce dat RIV10-MSM-61388963/01:1 předkladatelem Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i. |
Odkazy na výzkumné aktivity, při jejichž řešení výsledek vznikl
| Projekt podporovaný AV ČR v programu IA | IAA400040802 - Struktura, dynamika a reakční mechanismus katalytické RNA (2008 - 2011) |
|---|---|
| Výzkumný záměr podporovaný AV ČR | AV0Z40550506 - Regulace biologických procesů: Chemické modulátory vybraných systémů významných pro medicínu a zemědělství (2005 - 2010) |
| Výzkumný záměr podporovaný AV ČR | AV0Z50040507 - Biofyzika dynamických struktur a funkcí biologických systémů (2005 - 2010) |
| Výzkumný záměr podporovaný AV ČR | AV0Z50040702 - Genom a epigenom: 1D a 3D struktura, dynamika, interakce s proteiny a funkce (2007 - 2013) |