Zpět na hledáníEffects of restrained sampling space and nonplanar amino groups on free-energy predictions for RNA with imino and sheared tandem GA base pairs flanked by GC, CG, iGiC or iCiG base pairs (2009)výskyt výsledku
| Identifikační kód | RIV/68081707:_____/09:00328538 |
|---|---|
| Název v anglickém jazyce | Effects of restrained sampling space and nonplanar amino groups on free-energy predictions for RNA with imino and sheared tandem GA base pairs flanked by GC, CG, iGiC or iCiG base pairs |
| Druh | J - Recenzovaný odborný článek (Jimp, Jsc a Jost) |
| Poddruh | - |
| Jazyk | eng - angličtina |
| Obor - skupina | B - Fyzika a matematika |
| Obor | BO - Biofyzika |
| Rok uplatnění | 2009 |
| Kód důvěrnosti údajů | S - Úplné a pravdivé údaje o výsledku nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů. |
| Počet výskytů výsledku | 3 |
| Počet tvůrců celkem | 5 |
| Počet domácích tvůrců | 2 |
| Výčet všech uvedených jednotlivých tvůrců | Naděžda Špačková (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 7167830) Jiří Šponer (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 3223779) H. A. Stern (státní příslušnost: US - Spojené státy americké) D. H. Turner (státní příslušnost: US - Spojené státy americké) I. Yildirim (státní příslušnost: US - Spojené státy americké) |
| Popis výsledku v anglickém jazyce | Guanine-adenine (GA) base pairs play important roles in determining the structure, dynamics, and stability of RNA. Calculations reported here test the thermodynamic integration (TI) approach with the amber99 force field by comparing computational predictions of free energy differences with the free energy differences expected on the basis of NMR determined structures of the RNA motifs. |
| Klíčová slova oddělená středníkem | base pairs; NMR; amber force field |
| Stránka www, na které se nachází výsledek | - |
| Odkaz na údaje z výzkumu | - |
Údaje o výsledku v závislosti na druhu výsledku
| Název periodika | Journal of Chemical Theory and Computation |
|---|---|
| ISSN | 1549-9618 |
| e-ISSN | - |
| Svazek periodika | 5 |
| Číslo periodika v rámci uvedeného svazku | 8 |
| Stát vydavatele periodika | US - Spojené státy americké |
| Počet stran výsledku | 13 |
| Strana od-do | |
| Kód UT WoS článku podle Web of Science | 000268720100013 |
| EID výsledku v databázi Scopus | - |
| Způsob publikování výsledku | - |
| Předpokládaný termín zveřejnění plného textu výsledku | - |
Ostatní informace o výsledku
| Předkladatel | Biofyzikální ústav AV ČR, v. v. i. |
|---|---|
| Dodavatel | AV0 - Akademie věd České republiky (AV ČR ) |
| Rok sběru | 2010 |
| Specifikace | RIV/68081707:_____/09:00328538!RIV10-AV0-68081707 |
| Datum poslední aktualizace výsledku | 26.05.2010 |
| Kontrolní číslo | 12237980 |
Informace o dalších výskytech výsledku dodaného stejným předkladatelem
| Dodáno MŠMT v roce 2010 | RIV/68081707:_____/09:00328538 v dodávce dat RIV10-MSM-68081707/01:1 |
|---|
Informace o dalších výskytech výsledku dodaného ostatními předkladateli
| Dodáno MŠMT v roce 2010 | RIV/00216224:14310/09:00038051 v dodávce dat RIV10-MSM-14310___/02:2 předkladatelem Masarykova univerzita / Přírodovědecká fakulta |
|---|
Odkazy na výzkumné aktivity, při jejichž řešení výsledek vznikl
| Projekt podporovaný AV ČR v programu IA | IAA400040802 - Struktura, dynamika a reakční mechanismus katalytické RNA (2008 - 2011) |
|---|---|
| Výzkumný záměr podporovaný AV ČR | AV0Z50040507 - Biofyzika dynamických struktur a funkcí biologických systémů (2005 - 2010) |
| Výzkumný záměr podporovaný AV ČR | AV0Z50040702 - Genom a epigenom: 1D a 3D struktura, dynamika, interakce s proteiny a funkce (2007 - 2013) |