Zpět na hledáníMetabarcoding analysis of strongylid nematode diversity in two sympatric primate species (2018)výskyt výsledku
| Identifikační kód | RIV/62157124:16810/18:43876290 |
|---|---|
| Název v anglickém jazyce | Metabarcoding analysis of strongylid nematode diversity in two sympatric primate species |
| Druh | J - Recenzovaný odborný článek (Jimp, Jsc a Jost) |
| Poddruh | J/A - Článek v odborném periodiku je obsažen v databázi Web of Science společností Thomson Reuters s příznakem „Article“, „Review“ nebo „Letter“ (Jimp) |
| Jazyk | eng - angličtina |
| Vědní obor | 40301 - Veterinary science |
| Rok uplatnění | 2018 |
| Kód důvěrnosti údajů | S - Úplné a pravdivé údaje o výsledku nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů. |
| Počet výskytů výsledku | 8 |
| Počet tvůrců celkem | 9 |
| Počet domácích tvůrců | 1 |
| Výčet všech uvedených jednotlivých tvůrců | David Modrý (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 7286384) Dagmar Ćížková (státní příslušnost: CZ - Česká republika) Hideo Hasegawa (státní příslušnost: JP - Japonsko) Jakub Kreisinger (státní příslušnost: CZ - Česká republika) Barbora Pafčo (státní příslušnost: CZ - Česká republika) Klára Judita Petrželková (státní příslušnost: CZ - Česká republika) Kathryn Shutt (státní příslušnost: GB - Spojené království Velké Británie a Severního Irska) Angelique Todd (státní příslušnost: CF - Středoafrická republika) Peter Vallo (státní příslušnost: CZ - Česká republika) |
| Popis výsledku v anglickém jazyce | Strongylid nematodes in large terrestrial herbivores such as great apes, equids, elephants, and humans tend to occur in complex communities. However, identification of all species within strongylid communities using traditional methods based on coproscopy or single nematode amplification and sequencing is virtually impossible. High-throughput sequencing (HTS) technologies provide opportunities to generate large amounts of sequence data and enable analyses of samples containing a mixture of DNA from multiple species/genotypes. We designed and tested an HTS approach for strain-level identification of gastrointestinal strongylids using ITS-2 metabarcoding at the MiSeq Illumina platform in samples from two free-ranging non-human primate species inhabiting the same environment, but differing significantly in their host traits and ecology. Although we observed overlapping of particular haplotypes, overall the studied primate species differed in their strongylid nematode community composition. Using HTS, we revealed hidden diversity in the strongylid nematode communities in non-human primates, more than one haplotype was found in more than 90% of samples and coinfections of more than one putative species occurred in 80% of samples. In conclusion, the HTS approach on strongylid nematodes, preferably using fecal samples, represents a time and cost-efficient way of studying strongylid communities and provides a resolution superior to traditional approaches. |
| Klíčová slova oddělená středníkem | SMALL RUMINANTS;NONHUMAN-PRIMATES;ANCYLOSTOMA-DUODENALE;EPIDEMIOLOGIC IMPLICATIONS;GASTROINTESTINAL PARASITES;GUT MICROBIOME;NECATOR-AMERICANUS;INTERNAL TRANSCRIBED SPACER;OESOPHAGOSTOMUM-BIFURCUM NEMATODA;WESTERN LOWLAND GORILLAS |
| Stránka www, na které se nachází výsledek | - |
| DOI výsledku | 10.1038/s41598-018-24126-3 |
| Odkaz na údaje z výzkumu | - |
Údaje o výsledku v závislosti na druhu výsledku
| Název periodika | Scientific Reports |
|---|---|
| ISSN | 2045-2322 |
| e-ISSN | - |
| Svazek periodika | 8 |
| Číslo periodika v rámci uvedeného svazku | APR |
| Stát vydavatele periodika | GB - Spojené království Velké Británie a Severního Irska |
| Počet stran výsledku | 11 |
| Strana od-do | |
| Kód UT WoS článku podle Web of Science | 000429785900073 |
| EID výsledku v databázi Scopus | 2-s2.0-85045440671 |
| Způsob publikování výsledku | - |
| Předpokládaný termín zveřejnění plného textu výsledku | - |
Ostatní informace o výsledku
| Předkladatel | Veterinární a farmaceutická univerzita Brno / Rektorát |
|---|---|
| Dodavatel | MSM - Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy (MŠMT) |
| Rok sběru | 2019 |
| Specifikace | RIV/62157124:16810/18:43876290!RIV19-MSM-16810___ |
| Datum poslední aktualizace výsledku | 13.05.2019 |
| Kontrolní číslo | 192089564 ( v1.0 ) |
Informace o dalších výskytech výsledku dodaného stejným předkladatelem
| Dodáno GA ČR v roce 2019 | RIV/62157124:16810/18:43876290 v dodávce dat RIV19-GA0-16810___/01:1 |
|---|
Informace o dalších výskytech výsledku dodaného ostatními předkladateli
| Dodáno AV ČR v roce 2018 | RIV/68081766:_____/18:00489268 v dodávce dat RIV18-AV0-68081766/02:1 předkladatelem Ústav biologie obratlovců AV ČR, v. v. i. |
|---|---|
| Dodáno GA ČR v roce 2018 | RIV/68081766:_____/18:00489268 v dodávce dat RIV18-GA0-68081766/02:1 předkladatelem Ústav biologie obratlovců AV ČR, v. v. i. |
| Dodáno AV ČR v roce 2019 | RIV/60077344:_____/18:00498784 v dodávce dat RIV19-AV0-60077344/01:1 předkladatelem Biologické centrum AV ČR, v. v. i. |
| Dodáno MŠMT v roce 2019 | RIV/00216208:11310/18:10382047 v dodávce dat RIV19-MSM-11310___/01:1 předkladatelem Univerzita Karlova / Přírodovědecká fakulta |
Odkazy na výzkumné aktivity, při jejichž řešení výsledek vznikl
| Projekt podporovaný MŠMT v programu ED | ED1.1.00/02.0068 - CEITEC - central european institute of technology (2011 - 2015) |
|---|---|
| Projekt podporovaný MŠMT v programu EE | EE2.3.20.0300 - Rozvoj vědeckého týmu a laboratoře pro infekční onemocnění společná člověku a lidoopům (2012 - 2015) |
| Podpora / návaznosti | Institucionální podpora na rozvoj výzkumné organizace Specifický výzkum na vysokých školách, poskytovatel MŠMT |