| Identifikační kód |
RIV/61989592:15310/13:33148177 |
| Název v anglickém jazyce |
Toward Improved Description of DNA Backbone: Revisiting Epsilon and Zeta Torsion Force Field Parameters |
| Druh |
J - Recenzovaný odborný článek (Jimp, Jsc a Jost) |
| Poddruh |
- |
| Jazyk |
eng - angličtina |
| Obor - skupina |
C - Chemie |
| Obor |
CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie |
| Rok uplatnění |
2013 |
| Kód důvěrnosti údajů |
S - Úplné a pravdivé údaje o výsledku nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů. |
| Počet výskytů výsledku |
4 |
| Počet tvůrců celkem |
6 |
| Počet domácích tvůrců |
3 |
| Výčet všech uvedených jednotlivých tvůrců |
Petr Jurečka (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 3843912)
Michal Otyepka (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 3151948)
Marie Zgarbová (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 7638000)
Thomas E Iii Cheatham (státní příslušnost: US - Spojené státy americké)
Javier E. Luque (státní příslušnost: ES - Španělské království)
Jiří Šponer (státní příslušnost: CZ - Česká republika) |
| Popis výsledku v anglickém jazyce |
We present a refinement of the backbone torsion parameters epsilon and zeta of the Cornell et al. AMBER force field for DNA simulations. The new parameters, denoted as epsilon zeta(OL1), were derived from quantum-mechanical calculations with inclusion ofconformation-dependent solvation effects according to the recently reported methodology (J. Chem. Theory Comput. 2012, 7 (9), 2886-2902). The performance of the refined parameters was analyzed by means of extended molecular dynamics (MD) simulations forseveral representative systems. The results showed that the epsilon zeta(OL1) refinement improves the backbone description of B-DNA double helices and the G-DNA stem. In B-DNA simulations, we observed an average increase of the helical twist and narrowing of the major groove, thus achieving better agreement with X-ray and solution NMR data. The balance between populations of BI and BII backbone substates was shifted toward the BII state, in better agreement with ensemble-refined solutio |
| Klíčová slova oddělená středníkem |
relative flexibility; conformational properties; A-tract; crystal-structures; B-II transitions; basis-set convergence; nucleic-acid structures; sugar-phosphate backbone; phosphorus chemical-shifts; molecular-dynamics simulations |
| Stránka www, na které se nachází výsledek |
http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/ct400154j |
| DOI výsledku |
10.1021/ct400154j |
| Odkaz na údaje z výzkumu |
- |