Zpět na hledáníMOLE 2.0: advanced approach for analysis of biomacromolecular channels (2013)výskyt výsledku
| Identifikační kód | RIV/61989592:15310/13:33145679 |
|---|---|
| Název v anglickém jazyce | MOLE 2.0: advanced approach for analysis of biomacromolecular channels |
| Druh | J - Recenzovaný odborný článek (Jimp, Jsc a Jost) |
| Poddruh | - |
| Jazyk | eng - angličtina |
| Obor - skupina | C - Chemie |
| Obor | CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie |
| Rok uplatnění | 2013 |
| Kód důvěrnosti údajů | S - Úplné a pravdivé údaje o výsledku nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů. |
| Počet výskytů výsledku | 4 |
| Počet tvůrců celkem | 9 |
| Počet domácích tvůrců | 4 |
| Výčet všech uvedených jednotlivých tvůrců | Pavel Banáš (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 1878220) Karel Berka (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 4936094) Veronika Navrátilová (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 9727043) Michal Otyepka (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 3151948) Crina-Maria Ionescu (státní příslušnost: CZ - Česká republika) Jaroslav Koča (státní příslušnost: CZ - Česká republika) Lukáš Pravda (státní příslušnost: CZ - Česká republika) David Sehnal (státní příslušnost: CZ - Česká republika) Radka Vařeková (státní příslušnost: CZ - Česká republika) |
| Popis výsledku v anglickém jazyce | Background: Channels and pores in biomacromolecules (proteins, nucleic acids and their complexes) play significant biological roles, e. g., in molecular recognition and enzyme substrate specificity. Results: We present an advanced software tool entitledMOLE 2.0, which has been designed to analyze molecular channels and pores. Benchmark tests against other available software tools showed that MOLE 2.0 is by comparison quicker, more robust and more versatile. As a new feature, MOLE 2.0 estimates physicochemical properties of the identified channels, i.e., hydropathy, hydrophobicity, polarity, charge, and mutability. We also assessed the variability in physicochemical properties of eighty X-ray structures of two members of the cytochrome P450 superfamily. Conclusion: Estimated physicochemical properties of the identified channels in the selected biomacromolecules corresponded well with the known functions of the respective channels. Thus, the predicted physicochemical properties may prov |
| Klíčová slova oddělená středníkem | BM3; CAM; Cytochrome P450; Protein structures; Pores; Tunnels; Channels |
| Stránka www, na které se nachází výsledek | http://www.jcheminf.com/content/5/1/39 |
| DOI výsledku | 10.1186/1758-2946-5-39 |
| Odkaz na údaje z výzkumu | - |
Údaje o výsledku v závislosti na druhu výsledku
| Název periodika | Journal of Cheminformatics |
|---|---|
| ISSN | 1758-2946 |
| e-ISSN | - |
| Svazek periodika | 5 |
| Číslo periodika v rámci uvedeného svazku | AUG |
| Stát vydavatele periodika | GB - Spojené království Velké Británie a Severního Irska |
| Počet stran výsledku | 13 |
| Strana od-do | "39-1"-"39-13" |
| Kód UT WoS článku podle Web of Science | 000324125500001 |
| EID výsledku v databázi Scopus | - |
| Způsob publikování výsledku | - |
| Předpokládaný termín zveřejnění plného textu výsledku | - |
Ostatní informace o výsledku
| Předkladatel | Univerzita Palackého v Olomouci / Přírodovědecká fakulta |
|---|---|
| Dodavatel | GA0 - Grantová agentura České republiky (GA ČR) |
| Rok sběru | 2014 |
| Specifikace | RIV/61989592:15310/13:33145679!RIV14-GA0-15310___ |
| Datum poslední aktualizace výsledku | 16.05.2014 |
| Kontrolní číslo | 56566996 |
Informace o dalších výskytech výsledku dodaného stejným předkladatelem
| Dodáno MŠMT v roce 2014 | RIV/61989592:15310/13:33145679 v dodávce dat RIV14-MSM-15310___/01:1 |
|---|
Informace o dalších výskytech výsledku dodaného ostatními předkladateli
| Dodáno GA ČR v roce 2014 | RIV/00216224:14740/13:00066334 v dodávce dat RIV14-GA0-14740___/01:1 předkladatelem Masarykova univerzita / Středoevropský technologický institut |
|---|---|
| Dodáno MŠMT v roce 2014 | RIV/00216224:14740/13:00066334 v dodávce dat RIV14-MSM-14740___/01:1 předkladatelem Masarykova univerzita / Středoevropský technologický institut |
Odkazy na výzkumné aktivity, při jejichž řešení výsledek vznikl
| Projekt podporovaný GA ČR v programu GB | GBP208/12/G016 - Řízení struktury a funkce biomolekul na molekulové úrovni: souhra teorie a experimentu (2012 - 2018) |
|---|---|
| Projekt podporovaný GA ČR v programu GD | GD301/09/H004 - Molekulární a strukturní biologie vybraných cytostatik. Od mechanistických studií k chemoterapii rakoviny (2009 - 2012) |
| Projekt podporovaný GA ČR v programu GP | GPP303/12/P019 - Mechanismus vstupu a výstupu látek do/z aktivního místa mikrosomálních cytochromů P450 při metabolizmu léčiv (2012 - 2014) |
| Podpora / návaznosti | Specifický výzkum na vysokých školách, poskytovatel MŠMT |