Zpět na hledáníMolecular Mechanism of preQ(1) Riboswitch Action: A Molecular Dynamics Study (2012)výskyt výsledku
| Identifikační kód | RIV/61989592:15310/12:33142847 |
|---|---|
| Název v anglickém jazyce | Molecular Mechanism of preQ(1) Riboswitch Action: A Molecular Dynamics Study |
| Druh | J - Recenzovaný odborný článek (Jimp, Jsc a Jost) |
| Poddruh | - |
| Jazyk | eng - angličtina |
| Obor - skupina | B - Fyzika a matematika |
| Obor | BO - Biofyzika |
| Rok uplatnění | 2012 |
| Kód důvěrnosti údajů | S - Úplné a pravdivé údaje o výsledku nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů. |
| Počet výskytů výsledku | 5 |
| Počet tvůrců celkem | 5 |
| Počet domácích tvůrců | 3 |
| Výčet všech uvedených jednotlivých tvůrců | Pavel Banáš (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 1878220) Michal Otyepka (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 3151948) Petr Sklenovský (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 2876035) Jiří Šponer (státní příslušnost: CZ - Česká republika) Joseph Wedekind (státní příslušnost: US - Spojené státy americké) |
| Popis výsledku v anglickém jazyce | Riboswitches often occur in the 5'-untranslated regions of bacterial mRNA where they regulate gene expression. The preQ(1) riboswitch controls the biosynthesis of a hyper-modified nucleoside queuosine in response to binding the queuosine metabolic intermediate. Structures of the ligand-bound and ligand-free states of the preQ(1) riboswitch from Thermoanaerobacter tengcongensis were determined recently by Xray crystallography. We used multiple, microsecond-long molecular dynamics simulations (29 mu s intotal) to characterize the structural dynamics of preQ(1) riboswitches in both states. We observed different stabilities of the stem in the bound and free states, resulting in different accessibilities of the ribosomebinding site. These differences are related to different stacking interactions between nucleotides of the stem and the associated loop, which itself adopts different conformations in the bound and free states. We suggest that the loop not only serves to bind preQ, but also t |
| Klíčová slova oddělená středníkem | NUC; force-field; ligand-binding; ADD A-riboswitch; SAM-II riboswitch; particle mesh ewald; hepatitis-delta virus |
| Stránka www, na které se nachází výsledek | - |
| DOI výsledku | 10.1021/jp309230v |
| Odkaz na údaje z výzkumu | - |
Údaje o výsledku v závislosti na druhu výsledku
| Název periodika | Journal of Physical Chemistry B |
|---|---|
| ISSN | 1520-6106 |
| e-ISSN | - |
| Svazek periodika | 116 |
| Číslo periodika v rámci uvedeného svazku | 42 |
| Stát vydavatele periodika | US - Spojené státy americké |
| Počet stran výsledku | 14 |
| Strana od-do | 12721-12734 |
| Kód UT WoS článku podle Web of Science | 000310120900010 |
| EID výsledku v databázi Scopus | - |
| Způsob publikování výsledku | - |
| Předpokládaný termín zveřejnění plného textu výsledku | - |
Ostatní informace o výsledku
| Předkladatel | Univerzita Palackého v Olomouci / Přírodovědecká fakulta |
|---|---|
| Dodavatel | GA0 - Grantová agentura České republiky (GA ČR) |
| Rok sběru | 2013 |
| Specifikace | RIV/61989592:15310/12:33142847!RIV13-GA0-15310___ |
| Datum poslední aktualizace výsledku | 04.09.2013 |
| Kontrolní číslo | 43419347 |
Informace o dalších výskytech výsledku dodaného stejným předkladatelem
| Dodáno MŠMT v roce 2013 | RIV/61989592:15310/12:33142847 v dodávce dat RIV13-MSM-15310___/02:2 |
|---|
Informace o dalších výskytech výsledku dodaného ostatními předkladateli
| Dodáno AV ČR v roce 2013 | RIV/68081707:_____/12:00389524 v dodávce dat RIV13-AV0-68081707/03:2 předkladatelem Biofyzikální ústav AV ČR, v. v. i. |
|---|---|
| Dodáno GA ČR v roce 2013 | RIV/68081707:_____/12:00389524 v dodávce dat RIV13-GA0-68081707/02:2 předkladatelem Biofyzikální ústav AV ČR, v. v. i. |
| Dodáno MŠMT v roce 2013 | RIV/00216224:14740/12:00063769 v dodávce dat RIV13-MSM-14740___/01:1 předkladatelem Masarykova univerzita / Středoevropský technologický institut |
Odkazy na výzkumné aktivity, při jejichž řešení výsledek vznikl
| Projekt podporovaný MŠMT v programu ED | ED2.1.00/03.0058 - Regionální centrum pokročilých technologií a materiálů (2010 - 2014) |
|---|---|
| Projekt podporovaný MŠMT v programu EE | EE2.3.20.0017 - Rozvoj výzkumného týmu regionálního centra pokročilých technologií a materiálů a jeho zapojení do mezinárodníh sítí a projektů (2011 - 2014) |
| Projekt podporovaný GA ČR v programu GA | GAP208/12/1878 - Katalytická strategie RNA a RNP enzymů studovaná širokým spektrem výpočetních metod (2012 - 2016) |
| Projekt podporovaný GA ČR v programu GB | GBP208/12/G016 - Řízení struktury a funkce biomolekul na molekulové úrovni: souhra teorie a experimentu (2012 - 2018) |
| Projekt podporovaný GA ČR v programu GD | GD203/09/H046 - Biochemie na rozcestí mezi in silico a in vitro (2009 - 2012) |
| Projekt podporovaný GA ČR v programu GP | GPP301/11/P558 - Mechanismus katalytického samoštěpení dvou nekódujících RNA lidských patogenů (2011 - 2013) |