Zpět na hledáníSimulations of A-RNA Duplexes. The Effect of Sequence, Solute Force Field, Water Model, and Salt Concentration (2012)výskyt výsledku
| Identifikační kód | RIV/61989592:15310/12:33142844 |
|---|---|
| Název v anglickém jazyce | Simulations of A-RNA Duplexes. The Effect of Sequence, Solute Force Field, Water Model, and Salt Concentration |
| Druh | J - Recenzovaný odborný článek (Jimp, Jsc a Jost) |
| Poddruh | - |
| Jazyk | eng - angličtina |
| Obor - skupina | B - Fyzika a matematika |
| Obor | BO - Biofyzika |
| Rok uplatnění | 2012 |
| Kód důvěrnosti údajů | S - Úplné a pravdivé údaje o výsledku nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů. |
| Počet výskytů výsledku | 6 |
| Počet tvůrců celkem | 6 |
| Počet domácích tvůrců | 4 |
| Výčet všech uvedených jednotlivých tvůrců | Pavel Banáš (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 1878220) Pavlína Košinová (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 1567535) Petra Kührová (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 1157493) Michal Otyepka (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 3151948) Ivana Beššeová (státní příslušnost: CZ - Česká republika) Jiří Šponer (státní příslušnost: CZ - Česká republika) |
| Popis výsledku v anglickém jazyce | We have carried out an extended reference set of explicit solvent molecular dynamics simulations (63 simulations with 8.4 mu s of simulation data) of canonical A-RNA duplexes. Most of the simulations were done using the latest variant of the Cornell et al. AMBER RNA force field bsc0 chi(OL3), while several other RNA force fields have been tested. The calculations show that the A-RNA helix compactness, described mainly by geometrical parameters inclination, base pair roll, and helical rise, is sequencedependent. In the calculated set of structures, the inclination aries from 10 degrees to 24 degrees. On the basis of simulations with modified bases (inosine and 2,6-diaminopurine), we suggest that the sequencedependence of purely canonical A-RNA double helix is caused by the steric shape of the base pairs, i.e., the van der Waals interactions. The electrostatic part of stacking does not appear to affect the A-RNA shape. Especially visible is the role of the minor groove amino group of pur |
| Klíčová slova oddělená středníkem | loop-E; liquid water; base sequences; crystalostructures; B-DNA; nucleic-acids; metal-ion binding; particle mesh ewald; unique tetranucleotide sequences; molecular-dynamics simulations |
| Stránka www, na které se nachází výsledek | - |
| DOI výsledku | 10.1021/jp3014817 |
| Odkaz na údaje z výzkumu | - |
Údaje o výsledku v závislosti na druhu výsledku
| Název periodika | Journal of Physical Chemistry B |
|---|---|
| ISSN | 1520-6106 |
| e-ISSN | - |
| Svazek periodika | 116 |
| Číslo periodika v rámci uvedeného svazku | 33 |
| Stát vydavatele periodika | US - Spojené státy americké |
| Počet stran výsledku | 18 |
| Strana od-do | 9899-9916 |
| Kód UT WoS článku podle Web of Science | 000307749100003 |
| EID výsledku v databázi Scopus | - |
| Způsob publikování výsledku | - |
| Předpokládaný termín zveřejnění plného textu výsledku | - |
Ostatní informace o výsledku
| Předkladatel | Univerzita Palackého v Olomouci / Přírodovědecká fakulta |
|---|---|
| Dodavatel | GA0 - Grantová agentura České republiky (GA ČR) |
| Rok sběru | 2013 |
| Specifikace | RIV/61989592:15310/12:33142844!RIV13-GA0-15310___ |
| Datum poslední aktualizace výsledku | 04.09.2013 |
| Kontrolní číslo | 43419332 |
Informace o dalších výskytech výsledku dodaného stejným předkladatelem
| Dodáno MŠMT v roce 2013 | RIV/61989592:15310/12:33142844 v dodávce dat RIV13-MSM-15310___/02:2 |
|---|
Informace o dalších výskytech výsledku dodaného ostatními předkladateli
| Dodáno AV ČR v roce 2013 | RIV/68081707:_____/12:00384749 v dodávce dat RIV13-AV0-68081707/03:2 předkladatelem Biofyzikální ústav AV ČR, v. v. i. |
|---|---|
| Dodáno GA ČR v roce 2013 | RIV/68081707:_____/12:00384749 v dodávce dat RIV13-GA0-68081707/02:2 předkladatelem Biofyzikální ústav AV ČR, v. v. i. |
| Dodáno GA ČR v roce 2013 | RIV/00216224:14740/12:00057883 v dodávce dat RIV13-GA0-14740___/02:2 předkladatelem Masarykova univerzita / Středoevropský technologický institut |
| Dodáno MŠMT v roce 2013 | RIV/00216224:14740/12:00057883 v dodávce dat RIV13-MSM-14740___/01:1 předkladatelem Masarykova univerzita / Středoevropský technologický institut |
Odkazy na výzkumné aktivity, při jejichž řešení výsledek vznikl
| Projekt podporovaný MŠMT v programu ED | ED2.1.00/03.0058 - Regionální centrum pokročilých technologií a materiálů (2010 - 2014) |
|---|---|
| Projekt podporovaný MŠMT v programu EE | EE2.3.20.0017 - Rozvoj výzkumného týmu regionálního centra pokročilých technologií a materiálů a jeho zapojení do mezinárodníh sítí a projektů (2011 - 2014) |
| Projekt podporovaný GA ČR v programu GA | GAP208/12/1878 - Katalytická strategie RNA a RNP enzymů studovaná širokým spektrem výpočetních metod (2012 - 2016) |
| Projekt podporovaný GA ČR v programu GP | GPP301/11/P558 - Mechanismus katalytického samoštěpení dvou nekódujících RNA lidských patogenů (2011 - 2013) |