Zpět na hledáníCan We Accurately Describe the Structure of Adenine Tracts in B-DNA? Reference Quantum-Chemical Computations Reveal Overstabilization of Stacking by Molecular Mechanics (2012)výskyt výsledku
| Identifikační kód | RIV/61989592:15310/12:33142590 |
|---|---|
| Název v anglickém jazyce | Can We Accurately Describe the Structure of Adenine Tracts in B-DNA? Reference Quantum-Chemical Computations Reveal Overstabilization of Stacking by Molecular Mechanics |
| Druh | J - Recenzovaný odborný článek (Jimp, Jsc a Jost) |
| Poddruh | - |
| Jazyk | eng - angličtina |
| Obor - skupina | C - Chemie |
| Obor | CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie |
| Rok uplatnění | 2012 |
| Kód důvěrnosti údajů | S - Úplné a pravdivé údaje o výsledku nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů. |
| Počet výskytů výsledku | 8 |
| Počet tvůrců celkem | 8 |
| Počet domácích tvůrců | 4 |
| Výčet všech uvedených jednotlivých tvůrců | Pavel Banáš (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 1878220) Petr Jurečka (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 3843912) Michal Otyepka (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 3151948) Marie Zgarbová (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 7638000) Filip Lankaš (státní příslušnost: CZ - Česká republika) Arnošt Mládek (státní příslušnost: CZ - Česká republika) Daniel Svozil (státní příslušnost: CZ - Česká republika) Jiří Šponer (státní příslušnost: CZ - Česká republika) |
| Popis výsledku v anglickém jazyce | Sequence-dependent local variations of helical parameters, structure, and flexibility are crucial for molecular recognition processes involving B-DNA. A-tracts, i.e., stretches of several consecutive adenines in one strand that are in phase with the DNAhelical repeat, mediate significant DNA bending. During the past few decades, there have been intense efforts to understand the sequence dependence of helical parameters in DNA. Molecular dynamics (MD) simulations can provide valuable insights into the molecular mechanism behind the relationship between sequence and structure. However, although recent improvements in empirical force fields have helped to capture many sequence-dependent B-DNA properties, several problems remain, such as underestimation of the helical twist and suspected underestimation of the propeller twist in A-tracts. Here, we employ reference quantum mechanical (QM) calculations, explicit solvent MD, and bioinformatics to analyze the underestimation of propeller twis |
| Klíčová slova oddělená středníkem | dynamics simulations; base-pair steps; basis-set convergence; nucleic-acid structures; separate total energies; unique dinucleotide steps; empirical dispersion term; limit interaction energies; amber force-field; plesset perturbation-theory |
| Stránka www, na které se nachází výsledek | - |
| DOI výsledku | 10.1021/ct3001238 |
| Odkaz na údaje z výzkumu | - |
Údaje o výsledku v závislosti na druhu výsledku
| Název periodika | Journal of Chemical Theory and Computation |
|---|---|
| ISSN | 1549-9618 |
| e-ISSN | - |
| Svazek periodika | 8 |
| Číslo periodika v rámci uvedeného svazku | 7 |
| Stát vydavatele periodika | US - Spojené státy americké |
| Počet stran výsledku | 13 |
| Strana od-do | 2448-2460 |
| Kód UT WoS článku podle Web of Science | 000306245900030 |
| EID výsledku v databázi Scopus | - |
| Způsob publikování výsledku | - |
| Předpokládaný termín zveřejnění plného textu výsledku | - |
Ostatní informace o výsledku
| Předkladatel | Univerzita Palackého v Olomouci / Přírodovědecká fakulta |
|---|---|
| Dodavatel | MSM - Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy (MŠMT) |
| Rok sběru | 2013 |
| Specifikace | RIV/61989592:15310/12:33142590!RIV13-MSM-15310___ |
| Datum poslední aktualizace výsledku | 07.03.2014 |
| Kontrolní číslo | 43206236 |
Informace o dalších výskytech výsledku dodaného stejným předkladatelem
| Dodáno GA ČR v roce 2013 | RIV/61989592:15310/12:33142590 v dodávce dat RIV13-GA0-15310___/02:3 |
|---|
Informace o dalších výskytech výsledku dodaného ostatními předkladateli
| Dodáno AV ČR v roce 2013 | RIV/68081707:_____/12:00379848 v dodávce dat RIV13-AV0-68081707/03:2 předkladatelem Biofyzikální ústav AV ČR, v. v. i. |
|---|---|
| Dodáno AV ČR v roce 2013 | RIV/61388963:_____/12:00379848 v dodávce dat RIV13-AV0-61388963/03:2 předkladatelem Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i. |
| Dodáno GA ČR v roce 2013 | RIV/68081707:_____/12:00379848 v dodávce dat RIV13-GA0-68081707/02:2 předkladatelem Biofyzikální ústav AV ČR, v. v. i. |
| Dodáno GA ČR v roce 2013 | RIV/00216224:14740/12:00057521 v dodávce dat RIV13-GA0-14740___/02:2 předkladatelem Masarykova univerzita / Středoevropský technologický institut |
| Dodáno MŠMT v roce 2013 | RIV/00216224:14740/12:00057521 v dodávce dat RIV13-MSM-14740___/01:1 předkladatelem Masarykova univerzita / Středoevropský technologický institut |
| Dodáno MŠMT v roce 2013 | RIV/60461373:22310/12:43894387 v dodávce dat RIV13-MSM-22310___/02:2 předkladatelem Vysoká škola chemicko-technologická v Praze / Fakulta chemické technologie |
Odkazy na výzkumné aktivity, při jejichž řešení výsledek vznikl
| Projekt podporovaný MŠMT v programu ED | ED2.1.00/03.0058 - Regionální centrum pokročilých technologií a materiálů (2010 - 2014) |
|---|---|
| Projekt podporovaný MŠMT v programu EE | EE2.3.20.0017 - Rozvoj výzkumného týmu regionálního centra pokročilých technologií a materiálů a jeho zapojení do mezinárodníh sítí a projektů (2011 - 2014) |
| Projekt podporovaný GA ČR v programu GA | GAP208/10/1742 - Molekuly na površích uhlíkových nanostruktur (2010 - 2013) |
| Projekt podporovaný GA ČR v programu GP | GPP301/11/P558 - Mechanismus katalytického samoštěpení dvou nekódujících RNA lidských patogenů (2011 - 2013) |