Zpět na hledáníNoncanonical hydrogen bonding in nucleic acids. Benchmark evaluation of key base-phosphate interactions in folded RNA molecules using quantum-chemical calculations and molecular dynamics simulations. (2011)výskyt výsledku
| Identifikační kód | RIV/61989592:15310/11:10224679 |
|---|---|
| Název v anglickém jazyce | Noncanonical hydrogen bonding in nucleic acids. Benchmark evaluation of key base-phosphate interactions in folded RNA molecules using quantum-chemical calculations and molecular dynamics simulations. |
| Druh | J - Recenzovaný odborný článek (Jimp, Jsc a Jost) |
| Poddruh | - |
| Jazyk | eng - angličtina |
| Obor - skupina | C - Chemie |
| Obor | CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie |
| Rok uplatnění | 2011 |
| Kód důvěrnosti údajů | S - Úplné a pravdivé údaje o výsledku nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů. |
| Počet výskytů výsledku | 8 |
| Počet tvůrců celkem | 8 |
| Počet domácích tvůrců | 4 |
| Výčet všech uvedených jednotlivých tvůrců | Pavel Banáš (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 1878220) Petr Jurečka (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 3843912) Michal Otyepka (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 3151948) Marie Zgarbová (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 7638000) Neocles B. Leontis (státní příslušnost: CZ - Česká republika) Jiří Šponer (státní příslušnost: CZ - Česká republika) Judit E. Šponer (státní příslušnost: CZ - Česká republika) Craig L. Zirbel (státní příslušnost: CZ - Česká republika) |
| Popis výsledku v anglickém jazyce | RNA molecules are stabilized by a wide range of noncanonical interactions that are not present in DNA. Among them, the recently classified basephosphate (BPh) interactions belong to the most important ones. Twelve percent of nucleotides in the ribosomalcrystal structures are involved in BPh interactions. Here we provide assessment of the energetics of BPh interactions using MP2 computations extrapolated to the complete basis set of atomic orbitals and corrected for higher-order electron correlation effects. The reference computations are compared with DFT-D and DFT-D3 approaches, the SAPT method, and the molecular mechanics force field. The computations, besides providing the basic benchmark for the BPh interactions, allow some refinements of the original classification, including identification of some potential doubly bonded BPh patterns. The reference computations are followed by analysis of some larger RNA fragments that consider the context of the BPh interactions. |
| Klíčová slova oddělená středníkem | TERTIARY INTERACTIONS; HAIRPIN RIBOZYME; WATSON-CRICK; ACTIVE-SITE; AB-INITIO CALCULATIONS; TRANSITION-STATE STABILIZATION; INTERMOLECULAR INTERACTION ENERGIES; GAUSSIAN-BASIS SETS; LARGE RIBOSOMAL-SUBUNIT; DENSITY-FUNCTIONAL THEORY |
| Stránka www, na které se nachází výsledek | - |
| DOI výsledku | 10.1021/jp204820b |
| Odkaz na údaje z výzkumu | - |
Údaje o výsledku v závislosti na druhu výsledku
| Název periodika | Journal of Physical Chemistry A |
|---|---|
| ISSN | 1089-5639 |
| e-ISSN | - |
| Svazek periodika | 115 |
| Číslo periodika v rámci uvedeného svazku | 41 |
| Stát vydavatele periodika | US - Spojené státy americké |
| Počet stran výsledku | 16 |
| Strana od-do | 11277-11292 |
| Kód UT WoS článku podle Web of Science | 000295700600019 |
| EID výsledku v databázi Scopus | - |
| Způsob publikování výsledku | - |
| Předpokládaný termín zveřejnění plného textu výsledku | - |
Ostatní informace o výsledku
| Předkladatel | Univerzita Palackého v Olomouci / Přírodovědecká fakulta |
|---|---|
| Dodavatel | AV0 - Akademie věd České republiky (AV ČR ) |
| Rok sběru | 2012 |
| Specifikace | RIV/61989592:15310/11:10224679!RIV12-AV0-15310___ |
| Datum poslední aktualizace výsledku | 17.05.2012 |
| Kontrolní číslo | 13425078 |
Informace o dalších výskytech výsledku dodaného stejným předkladatelem
| Dodáno MŠMT v roce 2012 | RIV/61989592:15310/11:10224679 v dodávce dat RIV12-MSM-15310___/01:1 |
|---|---|
| Dodáno GA ČR v roce 2012 | RIV/61989592:15310/11:10224679 v dodávce dat RIV12-GA0-15310___/01:1 |
Informace o dalších výskytech výsledku dodaného ostatními předkladateli
| Dodáno AV ČR v roce 2012 | RIV/68081707:_____/11:00370405 v dodávce dat RIV12-AV0-68081707/01:1 předkladatelem Biofyzikální ústav AV ČR, v. v. i. |
|---|---|
| Dodáno GA ČR v roce 2012 | RIV/68081707:_____/11:00370405 v dodávce dat RIV12-GA0-68081707/01:1 předkladatelem Biofyzikální ústav AV ČR, v. v. i. |
| Dodáno GA ČR v roce 2012 | RIV/00216224:14740/11:00050559 v dodávce dat RIV12-GA0-14740___/02:1 předkladatelem Masarykova univerzita / Středoevropský technologický institut |
| Dodáno MŠMT v roce 2012 | RIV/68081707:_____/11:00370405 v dodávce dat RIV12-MSM-68081707/01:1 předkladatelem Biofyzikální ústav AV ČR, v. v. i. |
| Dodáno MŠMT v roce 2012 | RIV/00216224:14740/11:00050559 v dodávce dat RIV12-MSM-14740___/01:1 předkladatelem Masarykova univerzita / Středoevropský technologický institut |
Odkazy na výzkumné aktivity, při jejichž řešení výsledek vznikl
| Projekt podporovaný MŠMT v programu ED | ED2.1.00/03.0058 - Regionální centrum pokročilých technologií a materiálů (2010 - 2014) |
|---|---|
| Projekt podporovaný MŠMT v programu EE | EE2.3.20.0017 - Rozvoj výzkumného týmu regionálního centra pokročilých technologií a materiálů a jeho zapojení do mezinárodníh sítí a projektů (2011 - 2014) |
| Projekt podporovaný GA ČR v programu GA | GAP208/10/1742 - Molekuly na površích uhlíkových nanostruktur (2010 - 2013) |
| Projekt podporovaný GA ČR v programu GD | GD203/09/H046 - Biochemie na rozcestí mezi in silico a in vitro (2009 - 2012) |
| Projekt podporovaný GA ČR v programu GP | GPP301/11/P558 - Mechanismus katalytického samoštěpení dvou nekódujících RNA lidských patogenů (2011 - 2013) |
| Projekt podporovaný AV ČR v programu IA | IAA400040802 - Struktura, dynamika a reakční mechanismus katalytické RNA (2008 - 2011) |
| Podpora / návaznosti | Specifický výzkum na vysokých školách, poskytovatel MŠMT |