Zpět na hledáníRefinement of the Cornell et al. Nucleic Acids Force Field Based on Reference Quantum Chemical Calculations of Glycosidic Torsion Profiles. (2011)výskyt výsledku
| Identifikační kód | RIV/61989592:15310/11:10224678 |
|---|---|
| Název v anglickém jazyce | Refinement of the Cornell et al. Nucleic Acids Force Field Based on Reference Quantum Chemical Calculations of Glycosidic Torsion Profiles. |
| Druh | J - Recenzovaný odborný článek (Jimp, Jsc a Jost) |
| Poddruh | - |
| Jazyk | eng - angličtina |
| Obor - skupina | C - Chemie |
| Obor | CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie |
| Rok uplatnění | 2011 |
| Kód důvěrnosti údajů | S - Úplné a pravdivé údaje o výsledku nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů. |
| Počet výskytů výsledku | 5 |
| Počet tvůrců celkem | 7 |
| Počet domácích tvůrců | 4 |
| Výčet všech uvedených jednotlivých tvůrců | Pavel Banáš (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 1878220) Petr Jurečka (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 3843912) Michal Otyepka (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 3151948) Marie Zgarbová (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 7638000) Thomas E., Iii Cheatham (státní příslušnost: CZ - Česká republika) Arnošt Mládek (státní příslušnost: CZ - Česká republika) Jiří Šponer (státní příslušnost: CZ - Česká republika) |
| Popis výsledku v anglickém jazyce | We report a reparameterization of the glycosidic torsion chi of the Cornell et al. AMBER force field for RNA, chi(OL). The parameters remove destabilization of the anti region found in the ff99 force field and thus prevent formation of spurious ladder-like structural distortions in RNA simulations. They also improve the description of the syn region and the syn/anti balance as well as enhance MD simulations of various RNA structures. Our parametrization is based on high-level QM calculations and differsfrom conventional parametrization approaches in that it incorporates some previously neglected solvation related effects (which appear to be essential for obtaining correct anti/high-anti balance). |
| Klíčová slova oddělená středníkem | TIME-SCALE; ORBITAL METHODS; CONFORMATIONAL PROPERTIES; A-DNA; B-DNA; GAUSSIAN-BASIS SETS; SET SUPERPOSITION ERRORS; SUGAR-PHOSPHATE BACKBONE; DENSITY-FUNCTIONAL THEORY; MOLECULAR-DYNAMICS SIMULATIONS |
| Stránka www, na které se nachází výsledek | - |
| DOI výsledku | 10.1021/ct200162x |
| Odkaz na údaje z výzkumu | - |
Údaje o výsledku v závislosti na druhu výsledku
| Název periodika | Journal of Chemical Theory and Computation |
|---|---|
| ISSN | 1549-9618 |
| e-ISSN | - |
| Svazek periodika | 7 |
| Číslo periodika v rámci uvedeného svazku | 9 |
| Stát vydavatele periodika | US - Spojené státy americké |
| Počet stran výsledku | 7 |
| Strana od-do | 2886-2902 |
| Kód UT WoS článku podle Web of Science | 000294790400025 |
| EID výsledku v databázi Scopus | - |
| Způsob publikování výsledku | - |
| Předpokládaný termín zveřejnění plného textu výsledku | - |
Ostatní informace o výsledku
| Předkladatel | Univerzita Palackého v Olomouci / Přírodovědecká fakulta |
|---|---|
| Dodavatel | MSM - Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy (MŠMT) |
| Rok sběru | 2012 |
| Specifikace | RIV/61989592:15310/11:10224678!RIV12-MSM-15310___ |
| Datum poslední aktualizace výsledku | 29.05.2012 |
| Kontrolní číslo | 13061704 |
Informace o dalších výskytech výsledku dodaného stejným předkladatelem
| Dodáno GA ČR v roce 2012 | RIV/61989592:15310/11:10224678 v dodávce dat RIV12-GA0-15310___/01:1 |
|---|---|
| Dodáno AV ČR v roce 2012 | RIV/61989592:15310/11:10224678 v dodávce dat RIV12-AV0-15310___/01:1 |
Informace o dalších výskytech výsledku dodaného ostatními předkladateli
| Dodáno AV ČR v roce 2012 | RIV/68081707:_____/11:00370426 v dodávce dat RIV12-AV0-68081707/01:1 předkladatelem Biofyzikální ústav AV ČR, v. v. i. |
|---|---|
| Dodáno GA ČR v roce 2012 | RIV/68081707:_____/11:00370426 v dodávce dat RIV12-GA0-68081707/01:1 předkladatelem Biofyzikální ústav AV ČR, v. v. i. |
Odkazy na výzkumné aktivity, při jejichž řešení výsledek vznikl
| Projekt podporovaný MŠMT v programu ED | ED2.1.00/03.0058 - Regionální centrum pokročilých technologií a materiálů (2010 - 2014) |
|---|---|
| Projekt podporovaný MŠMT v programu EE | EE2.3.20.0017 - Rozvoj výzkumného týmu regionálního centra pokročilých technologií a materiálů a jeho zapojení do mezinárodníh sítí a projektů (2011 - 2014) |
| Projekt podporovaný GA ČR v programu GA | GAP208/10/1742 - Molekuly na površích uhlíkových nanostruktur (2010 - 2013) |
| Projekt podporovaný GA ČR v programu GD | GD203/09/H046 - Biochemie na rozcestí mezi in silico a in vitro (2009 - 2012) |
| Projekt podporovaný GA ČR v programu GP | GPP301/11/P558 - Mechanismus katalytického samoštěpení dvou nekódujících RNA lidských patogenů (2011 - 2013) |
| Projekt podporovaný AV ČR v programu IA | IAA400040802 - Struktura, dynamika a reakční mechanismus katalytické RNA (2008 - 2011) |
| Podpora / návaznosti | Specifický výzkum na vysokých školách, poskytovatel MŠMT |