| Identifikační kód |
RIV/61989592:15310/09:00010142 |
| Název v anglickém jazyce |
Theoretical studies of RNA catalysis: Hybrid QM/MM methods and their comparison with MD and QM |
| Druh |
J - Recenzovaný odborný článek (Jimp, Jsc a Jost) |
| Poddruh |
- |
| Jazyk |
eng - angličtina |
| Obor - skupina |
C - Chemie |
| Obor |
CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie |
| Rok uplatnění |
2009 |
| Kód důvěrnosti údajů |
S - Úplné a pravdivé údaje o výsledku nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů. |
| Počet výskytů výsledku |
3 |
| Počet tvůrců celkem |
5 |
| Počet domácích tvůrců |
4 |
| Výčet všech uvedených jednotlivých tvůrců |
Pavel Banáš (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 1878220)
Petr Jurečka (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 3843912)
Michal Otyepka (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 3151948)
Jiří Šponer (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 3223779)
Nils Walter (státní příslušnost: US - Spojené státy americké) |
| Popis výsledku v anglickém jazyce |
Hybrid QM/MM methods combine the rigor of quantum mechanical (QM) calculations with the low computational cost of empirical molecular mechanical (MM) treatment allowing to capture dynamic properties to probe critical atomistic details of enzyme reactions. Catalysis by RNA enzymes (ribozymes) has only recently begun to be addressed with QM/MM approaches and is thus still a field under development. This review surveys methodology as well as recent advances in QM/MM applications to RNA mechanisms, including those of the HDV, hairpin, and hammerhead ribozymes, as well as the ribosome. We compare and correlate QM/MM results with those from QM and/or molecular dynamics (MD) simulations, and discuss scope and limitations with a critical eye on current shortcomings in available methodologies and computer resources. We thus hope to foster mutual appreciation and facilitate collaboration between experimentalists and theorists to jointly advance our understanding of RNA catalysis at an atomistic |
| Klíčová slova oddělená středníkem |
Ab initio; DFT; Transition state; Barrier height; ONIOM; Potential of mean force; EVB; Phosphoryl transfer; Ribozyme; RNA self-cleavage |
| Stránka www, na které se nachází výsledek |
- |
| Odkaz na údaje z výzkumu |
- |