| Identifikační kód |
RIV/61988987:17310/18:A1901WIB |
| Název v anglickém jazyce |
Complex Analyses of Short Inverted Repeats in All Sequenced Chloroplast DNAs |
| Druh |
J - Recenzovaný odborný článek (Jimp, Jsc a Jost) |
| Poddruh |
J/A - Článek v odborném periodiku je obsažen v databázi Web of Science společností Thomson Reuters s příznakem „Article“, „Review“ nebo „Letter“ (Jimp) |
| Jazyk |
eng - angličtina |
| Vědní obor |
10600 - 1.6 Biological sciences |
| Rok uplatnění |
2018 |
| Kód důvěrnosti údajů |
S - Úplné a pravdivé údaje o výsledku nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů. |
| Počet výskytů výsledku |
5 |
| Počet tvůrců celkem |
4 |
| Počet domácích tvůrců |
1 |
| Výčet všech uvedených jednotlivých tvůrců |
Martin Bartas (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 6768135, orcid: 0000-0002-4415-2220, scopusid: 57201406851, researcherid: P-3302-2018)
Václav Brázda (státní příslušnost: CZ - Česká republika)
Miroslav Fojta (státní příslušnost: CZ - Česká republika)
Jiří Lýsek (státní příslušnost: CZ - Česká republika) |
| Popis výsledku v anglickém jazyce |
Chloroplasts are key organelles in the management of oxygen in algae and plants and are therefore crucial for all living beingsthat consume oxygen. Chloroplasts typically contain a circular DNA molecule with nucleus-independent replication and heredity.Using ?palindrome analyser? we performed complete analyses of short inverted repeats (S-IRs) in all chloroplast DNAs (cpDNAs)available fromthe NCBI genome database. Our results provide basic parameters of cpDNAs including comparative information onlocalization, frequency, and differences in S-IR presence. In a total of 2,565 cpDNA sequences available, the average frequency ofS-IRs in cpDNA genomes is 45 S-IRs/per kbp, significantly higher than that found in mitochondrialDNA sequences.The frequencyof S-IRs in cpDNAs generally decreased with S-IR length, but not for S-IRs 15, 22, 24, or 27 bp long, which are significantly moreabundant than S-IRs with other lengths. These results point to the importance of specific S-IRs in cpDNA genomes. Moreover,comparison by Levenshtein distance of S-IR similarities showed that a limited number of S-IR sequences are shared in the majorityof cpDNAs. S-IRs are not located randomly in cpDNAs, but are length-dependently enriched in specific locations, including therepeat region, stem, introns, and tRNA regions. The highest enrichment was found for 12 bp and longer S-IRs in the stem-loopregion followed by 12 bp and longer S-IRs located before the repeat region. On the other hand, S-IRs are relatively rare in rRNAsequences and around introns.These data show nonrandom and conserved arrangements of S-IRs in chloroplast genomes. |
| Klíčová slova oddělená středníkem |
inverted repeats;chloroplast;DNA;bioinformatics |
| Stránka www, na které se nachází výsledek |
https://www.hindawi.com/journals/bmri/2018/1097018/ |
| DOI výsledku |
https://doi.org/10.1155/2018/1097018 |
| Odkaz na údaje z výzkumu |
- |