Zpět na hledáníSatellite DNA and Transposable Elements in Seabuckthorn (Hippophae rhamnoides), a Dioecious Plant with Small Y and Large X Chromosomes (2017)výskyt výsledku
| Identifikační kód | RIV/61389030:_____/17:00475905 |
|---|---|
| Název v anglickém jazyce | Satellite DNA and Transposable Elements in Seabuckthorn (Hippophae rhamnoides), a Dioecious Plant with Small Y and Large X Chromosomes |
| Druh | J - Recenzovaný odborný článek (Jimp, Jsc a Jost) |
| Poddruh | J/A - Článek v odborném periodiku je obsažen v databázi Web of Science společností Thomson Reuters s příznakem „Article“, „Review“ nebo „Letter“ (Jimp) |
| Jazyk | eng - angličtina |
| Vědní obor | 10611 - Plant sciences, botany |
| Rok uplatnění | 2017 |
| Kód důvěrnosti údajů | S - Úplné a pravdivé údaje o výsledku nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů. |
| Počet výskytů výsledku | 5 |
| Počet tvůrců celkem | 9 |
| Počet domácích tvůrců | 1 |
| Výčet všech uvedených jednotlivých tvůrců | Roman Hobza (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 8725616, researcherid: G-3119-2014) O. Alexandrov (státní příslušnost: RU - Ruská federace) M. Divashuk (státní příslušnost: RU - Ruská federace) G. Karlov (státní příslušnost: RU - Ruská federace) E. Kejnovský (státní příslušnost: CZ - Česká republika) Z. Kubát (státní příslušnost: CZ - Česká republika) T. Martínek (státní příslušnost: CZ - Česká republika) J. Puterová (státní příslušnost: CZ - Česká republika) O. Razumova (státní příslušnost: RU - Ruská federace) |
| Popis výsledku v anglickém jazyce | Seabuckthorn (Hippophae rhamnoides) is a dioecious shrub commonly used in the pharmaceutical, cosmetic, and environmental industry as a source of oil, minerals and vitamins. In this study, we analyzed the transposable elements and satellites in its genome. We carried out Illumina DNA sequencing and reconstructed the main repetitive DNA sequences. For data analysis, we developed a new bioinformatics approach for advanced satellite DNA analysis and showed that about 25% of the genome consists of satellite DNA and about 24% is formed of transposable elements, dominated by Ty3/Gypsy and Ty1/Copia LTR retrotransposons. FISH mapping revealed X chromosome-accumulated, Y chromosome-specific or both sex chromosomes-accumulated satellites but most satellites were found on autosomes. Transposable elements were located mostly in the subtelomeres of all chromosomes. The 5S rDNA and 45S rDNA were localized on one autosomal locus each. Although we demonstrated the small size of the Y chromosome of the seabuckthorn and accumulated satellite DNA there, we were unable to estimate the age and extent of the Y chromosome degeneration. Analysis of dioecious relatives such as Shepherdia would shed more light on the evolution of these sex chromosomes. |
| Klíčová slova oddělená středníkem | sex-chromosomes;repetitive sequences;silene-latifolia;molecular cytogenetics;arabidopsis-thaliana;genome size;evolution;organization;alignment;database;sex chromosomes;genome composition;chromosomal localization;repetitive DNA |
| Stránka www, na které se nachází výsledek | - |
| DOI výsledku | 10.1093/gbe/evw303 |
| Odkaz na údaje z výzkumu | - |
Údaje o výsledku v závislosti na druhu výsledku
| Název periodika | Genome Biology and Evolution |
|---|---|
| ISSN | 1759-6653 |
| e-ISSN | - |
| Svazek periodika | 9 |
| Číslo periodika v rámci uvedeného svazku | 1 |
| Stát vydavatele periodika | GB - Spojené království Velké Británie a Severního Irska |
| Počet stran výsledku | 16 |
| Strana od-do | 197-212 |
| Kód UT WoS článku podle Web of Science | 000396057400016 |
| EID výsledku v databázi Scopus | - |
| Způsob publikování výsledku | - |
| Předpokládaný termín zveřejnění plného textu výsledku | - |
Ostatní informace o výsledku
| Předkladatel | Ústav experimentální botaniky AV ČR, v. v. i. |
|---|---|
| Dodavatel | AV0 - Akademie věd České republiky (AV ČR ) |
| Rok sběru | 2018 |
| Specifikace | RIV/61389030:_____/17:00475905!RIV18-AV0-61389030 |
| Datum poslední aktualizace výsledku | 04.05.2018 |
| Kontrolní číslo | 191975332 ( v1.0 ) |
Informace o dalších výskytech výsledku dodaného stejným předkladatelem
| Dodáno GA ČR v roce 2018 | RIV/61389030:_____/17:00475905 v dodávce dat RIV18-GA0-61389030/01:1 |
|---|
Informace o dalších výskytech výsledku dodaného ostatními předkladateli
| Dodáno AV ČR v roce 2018 | RIV/68081707:_____/17:00485763 v dodávce dat RIV18-AV0-68081707/01:1 předkladatelem Biofyzikální ústav AV ČR, v. v. i. |
|---|---|
| Dodáno GA ČR v roce 2018 | RIV/68081707:_____/17:00485763 v dodávce dat RIV18-GA0-68081707/01:1 předkladatelem Biofyzikální ústav AV ČR, v. v. i. |
| Dodáno MŠMT v roce 2018 | RIV/00216305:26230/17:PU126403 v dodávce dat RIV18-MSM-26230___/02:2 předkladatelem Vysoké učení technické v Brně / Fakulta informačních technologií |
Odkazy na výzkumné aktivity, při jejichž řešení výsledek vznikl
| Podpora / návaznosti | Institucionální podpora na rozvoj výzkumné organizace |
|---|