| Identifikační kód |
RIV/61389030:_____/15:00454969 |
| Název v anglickém jazyce |
Multiple displacement amplification of the DNA from single flow?sorted plant chromosome |
| Druh |
J - Recenzovaný odborný článek (Jimp, Jsc a Jost) |
| Poddruh |
- |
| Jazyk |
eng - angličtina |
| Obor - skupina |
E - Biovědy |
| Obor |
EB - Genetika a molekulární biologie |
| Rok uplatnění |
2015 |
| Kód důvěrnosti údajů |
S - Úplné a pravdivé údaje o výsledku nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů. |
| Počet výskytů výsledku |
3 |
| Počet tvůrců celkem |
5 |
| Počet domácích tvůrců |
5 |
| Výčet všech uvedených jednotlivých tvůrců |
Nicolas Blavet (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 8771332)
Petr Cápal (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 9825622)
Jaroslav Doležel (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 1800477)
Marie Kubaláková (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 5256593)
Jan Vrána (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 9606599) |
| Popis výsledku v anglickém jazyce |
A protocol is described for production of micrograms of DNA from single copies of flow-sorted plant chromosomes. Of 183 single copies of wheat chromosome 3B, 118 (64%) were successfully amplified. Sequencing DNA amplification products using an Illumina HiSeq 2000 system to 10 coverage and merging sequences from three separate amplifications resulted in 60% coverage of the chromosome 3B reference, entirely covering 30% of its genes. The merged sequences permitted de novo assembly of 19% of chromosome 3Bgenes, with 10% of genes contained in a single contig, and 39% of genes covered for at least 80% of their length. The chromosome-derived sequences allowed identification of missing genic sequences in the chromosome 3B reference and short sequences similar to 3B in survey sequences of other wheat chromosomes. These observations indicate that single-chromosome sequencing is suitable to identify genic sequences on particular chromosomes, to develop chromosome-specific DNA markers, to verify |
| Klíčová slova oddělená středníkem |
whole-genome amplification; single-chromosome genomics; next-generation sequencing |
| Stránka www, na které se nachází výsledek |
- |
| DOI výsledku |
10.1111/tpj.13035 |
| Odkaz na údaje z výzkumu |
- |