Zpět na hledáníIn Depth Characterization of Repetitive DNA in 23 Plant Genomes Reveals Sources of Genome Size Variation in the Legume Tribe Fabeae (2015)výskyt výsledku
| Identifikační kód | RIV/61389030:_____/15:00454545 |
|---|---|
| Název v anglickém jazyce | In Depth Characterization of Repetitive DNA in 23 Plant Genomes Reveals Sources of Genome Size Variation in the Legume Tribe Fabeae |
| Druh | J - Recenzovaný odborný článek (Jimp, Jsc a Jost) |
| Poddruh | - |
| Jazyk | eng - angličtina |
| Obor - skupina | E - Biovědy |
| Obor | EB - Genetika a molekulární biologie |
| Rok uplatnění | 2015 |
| Kód důvěrnosti údajů | S - Úplné a pravdivé údaje o výsledku nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů. |
| Počet výskytů výsledku | 5 |
| Počet tvůrců celkem | 10 |
| Počet domácích tvůrců | 2 |
| Výčet všech uvedených jednotlivých tvůrců | Jana Čížková (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 3400670) Jaroslav Doležel (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 1800477) Iva Fuková (státní příslušnost: CZ - Česká republika) L. J. Kelly (státní příslušnost: GB - Spojené království Velké Británie a Severního Irska) Andrea Koblížková (státní příslušnost: CZ - Česká republika) I. J. Leitch (státní příslušnost: GB - Spojené království Velké Británie a Severního Irska) Jiří Macas (státní příslušnost: CZ - Česká republika) Pavel Neumann (státní příslušnost: CZ - Česká republika) Petr Novák (státní příslušnost: CZ - Česká republika) J. Pellicer (státní příslušnost: GB - Spojené království Velké Británie a Severního Irska) |
| Popis výsledku v anglickém jazyce | The differential accumulation and elimination of repetitive DNA are key drivers of genome size variation in flowering plants, yet there have been few studies which have analysed how different types of repeats in related species contribute to genome sizeevolution within a phylogenetic context. This question is addressed here by conducting large-scale comparative analysis of repeats in 23 species from four genera of the monophyletic legume tribe Fabeae, representing a 7.6-fold variation in genome size. Phylogenetic analysis and genome size reconstruction revealed that this diversity arose from genome size expansions and contractions in different lineages during the evolution of Fabeae. Employing a combination of low-pass genome sequencing with novel bioinformatic approaches resulted in identification and quantification of repeats making up 55-83% of the investigated genomes. In turn, this enabled an analysis of how each major repeat type contributed to the genome size variation encounte |
| Klíčová slova oddělená středníkem | Generation sequencing reveals; transposable elements; satellite repeats; retrotransposons |
| Stránka www, na které se nachází výsledek | - |
| DOI výsledku | 10.1371/journal.pone.0143424 |
| Odkaz na údaje z výzkumu | - |
Údaje o výsledku v závislosti na druhu výsledku
| Název periodika | PLoS ONE |
|---|---|
| ISSN | 1932-6203 |
| e-ISSN | - |
| Svazek periodika | 10 |
| Číslo periodika v rámci uvedeného svazku | 11 |
| Stát vydavatele periodika | US - Spojené státy americké |
| Počet stran výsledku | 23 |
| Strana od-do | |
| Kód UT WoS článku podle Web of Science | 000365865300065 |
| EID výsledku v databázi Scopus | - |
| Způsob publikování výsledku | - |
| Předpokládaný termín zveřejnění plného textu výsledku | - |
Ostatní informace o výsledku
| Předkladatel | Ústav experimentální botaniky AV ČR, v. v. i. |
|---|---|
| Dodavatel | GA0 - Grantová agentura České republiky (GA ČR) |
| Rok sběru | 2016 |
| Specifikace | RIV/61389030:_____/15:00454545!RIV16-GA0-61389030 |
| Datum poslední aktualizace výsledku | 19.05.2016 |
| Kontrolní číslo | 191736238 ( v1.0 ) |
Informace o dalších výskytech výsledku dodaného stejným předkladatelem
| Dodáno AV ČR v roce 2016 | RIV/61389030:_____/15:00454545 v dodávce dat RIV16-AV0-61389030/01:1 |
|---|---|
| Dodáno MŠMT v roce 2016 | RIV/61389030:_____/15:00454545 v dodávce dat RIV16-MSM-61389030/01:1 |
Informace o dalších výskytech výsledku dodaného ostatními předkladateli
| Dodáno AV ČR v roce 2016 | RIV/60077344:_____/15:00454545 v dodávce dat RIV16-AV0-60077344/01:1 předkladatelem Biologické centrum AV ČR, v. v. i. |
|---|---|
| Dodáno GA ČR v roce 2016 | RIV/60077344:_____/15:00454545 v dodávce dat RIV16-GA0-60077344/01:1 předkladatelem Biologické centrum AV ČR, v. v. i. |
Odkazy na výzkumné aktivity, při jejichž řešení výsledek vznikl
| Projekt podporovaný GA ČR v programu GB | GBP501/12/G090 - Evoluce a funkce komplexních genomů rostlin (2012 - 2018) |
|---|