Zpět na hledáníCommon Wheat Chromosome 5B Composition Analysis Using Low-Coverage 454 Sequencing (2014)výskyt výsledku
| Identifikační kód | RIV/61389030:_____/14:00433557 |
|---|---|
| Název v anglickém jazyce | Common Wheat Chromosome 5B Composition Analysis Using Low-Coverage 454 Sequencing |
| Druh | J - Recenzovaný odborný článek (Jimp, Jsc a Jost) |
| Poddruh | - |
| Jazyk | eng - angličtina |
| Obor - skupina | E - Biovědy |
| Obor | EB - Genetika a molekulární biologie |
| Rok uplatnění | 2014 |
| Kód důvěrnosti údajů | S - Úplné a pravdivé údaje o výsledku nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů. |
| Počet výskytů výsledku | 3 |
| Počet tvůrců celkem | 12 |
| Počet domácích tvůrců | 3 |
| Výčet všech uvedených jednotlivých tvůrců | Jaroslav Doležel (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 1800477) Marie Kubaláková (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 5256593) Jan Vrána (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 9606599) D. A. Afonnikov (státní příslušnost: RU - Ruská federace) C. Feuillet (státní příslušnost: US - Spojené státy americké) V. D. Gusev (státní příslušnost: RU - Ruská federace) M. K. Koltunova (státní příslušnost: RU - Ruská federace) L. A. Miroshnichenko (státní příslušnost: RU - Ruská federace) C. Poncet (státní příslušnost: FR - Francouzská republika) E. A. Salina (státní příslušnost: CU - Kubánská republika) E. M. Sergeeva (státní příslušnost: RU - Ruská federace) P. Sourdille (státní příslušnost: FR - Francouzská republika) |
| Popis výsledku v anglickém jazyce | The sequencing of individual chromosomes of common wheat is in progress. The molecular size of wheat chromosome 5B is nearly 870 Mb (5BL = 580 Mb and 5BS = 290 Mb). We produced the first low coverage 454-sequencing of the long and short arms of wheat chromosome 5B (110,793 and 39,695 reads, which compose 8 and 6% of total 5BL and 5BS length, respectively) and calculated the ratios of the different families of repetitive sequences, including transposable elements (TEs), satellite repeats (Afa, pSc119.2,5S rDNA and 45S rDNA), and microsatellites, as well as direct and inverted repeat motifs. The TEs accounted for 70% of the total analyzed nucleotide sequences. The content of the Cereba retrotransposon family differed between the two arms of chromosome 5B. Comparing the reads of chromosome 5B with the data from chromosome 5A, we found the retrotransposons Fatima and Sakura and DNA transposon Jorge were prevalent in 5B. The hypothetical coding sequences accounted for 2.0% of the short arm |
| Klíčová slova oddělená středníkem | GENOME SHOTGUN SEQUENCES; IN-SITU HYBRIDIZATION; HEXAPLOID WHEAT |
| Stránka www, na které se nachází výsledek | - |
| DOI výsledku | 10.3835/plantgenome2013.10.0031 |
| Odkaz na údaje z výzkumu | - |
Údaje o výsledku v závislosti na druhu výsledku
| Název periodika | Plant Genome |
|---|---|
| ISSN | 1940-3372 |
| e-ISSN | - |
| Svazek periodika | 7 |
| Číslo periodika v rámci uvedeného svazku | 2 |
| Stát vydavatele periodika | US - Spojené státy americké |
| Počet stran výsledku | 16 |
| Strana od-do | |
| Kód UT WoS článku podle Web of Science | 000338834700002 |
| EID výsledku v databázi Scopus | - |
| Způsob publikování výsledku | - |
| Předpokládaný termín zveřejnění plného textu výsledku | - |
Ostatní informace o výsledku
| Předkladatel | Ústav experimentální botaniky AV ČR, v. v. i. |
|---|---|
| Dodavatel | GA0 - Grantová agentura České republiky (GA ČR) |
| Rok sběru | 2015 |
| Specifikace | RIV/61389030:_____/14:00433557!RIV15-GA0-61389030 |
| Datum poslední aktualizace výsledku | 20.05.2015 |
| Kontrolní číslo | 152525337 |
Informace o dalších výskytech výsledku dodaného stejným předkladatelem
| Dodáno AV ČR v roce 2015 | RIV/61389030:_____/14:00433557 v dodávce dat RIV15-AV0-61389030/01:1 |
|---|---|
| Dodáno MŠMT v roce 2015 | RIV/61389030:_____/14:00433557 v dodávce dat RIV15-MSM-61389030/01:1 |
Odkazy na výzkumné aktivity, při jejichž řešení výsledek vznikl
| Projekt podporovaný GA ČR v programu GB | GBP501/12/G090 - Evoluce a funkce komplexních genomů rostlin (2012 - 2018) |
|---|