Zpět na hledání
| Identifikační kód | RIV/61388971:_____/21:00541594 |
|---|---|
| Název v anglickém jazyce | Kinetic Modeling and Meta-Analysis of the Bacillus subtilis SigB Regulon during Spore Germination and Outgrowth |
| Druh | J - Recenzovaný odborný článek (Jimp, Jsc a Jost) |
| Poddruh | J/A - Článek v odborném periodiku je obsažen v databázi Web of Science společností Thomson Reuters s příznakem „Article“, „Review“ nebo „Letter“ (Jimp) |
| Jazyk | eng - angličtina |
| Vědní obor | 10602 - Biology (theoretical, mathematical, thermal, cryobiology, biological rhythm), Evolutionary biology |
| Rok uplatnění | 2021 |
| Kód důvěrnosti údajů | S - Úplné a pravdivé údaje o výsledku nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů. |
| Počet výskytů výsledku | 3 |
| Počet tvůrců celkem | 7 |
| Počet domácích tvůrců | 7 |
| Výčet všech uvedených jednotlivých tvůrců | Libor Krásný (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 9443282, orcid: 0000-0002-4120-4347, researcherid: H-2429-2014) Olga Ramaniuk (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 4406508, orcid: 0000-0002-9420-1553) Olatz Ruiz-Larrabeiti (státní příslušnost: ES - Španělské království, domácí tvůrce: A, orcid: 0000-0002-7617-2285) Marek Schwarz (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 4060329, orcid: 0000-0002-3300-6260) Hana Šanderová (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 5840600, orcid: 0000-0002-5436-7583, researcherid: I-1731-2014) Viola Vaňková Hausnerová (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 8864519, orcid: 0000-0002-9261-4768) Jiří Vohradský (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 7810342, orcid: 0000-0003-2299-2496, researcherid: H-4121-2014) |
| Popis výsledku v anglickém jazyce | The exponential increase in the number of conducted studies combined with the development of sequencing methods have led to an enormous accumulation of partially processed experimental data in the past two decades. Here, we present an approach using literature-mined data complemented with gene expression kinetic modeling and promoter sequence analysis. This approach allowed us to identify the regulon of Bacillus subtilis sigma factor SigB of RNA polymerase (RNAP) specifically expressed during germination and outgrowth. SigB is critical for the cell's response to general stress but is also expressed during spore germination and outgrowth, and this specific regulon is not known. This approach allowed us to (i) define a subset of the known SigB regulon controlled by SigB specifically during spore germination and outgrowth, (ii) identify the influence of the promoter sequence binding motif organization on the expression of the SigB-regulated genes, and (iii) suggest additional sigma factors co-controlling other SigB-dependent genes. Experiments then validated promoter sequence characteristics necessary for direct RNAP-SigB binding. In summary, this work documents the potential of computational approaches to unravel new information even for a well-studied system, moreover, the study specifically identifies the subset of the SigB regulon, which is activated during germination and outgrowth. |
| Klíčová slova oddělená středníkem | Bacillus subtilis;SigB;gene regulatory networks;computational modeling;promoter sequence analysis |
| Stránka www, na které se nachází výsledek | https://www.mdpi.com/2076-2607/9/1/112 |
| DOI výsledku | 10.3390/microorganisms9010112 |
| Odkaz na údaje z výzkumu | - |
Údaje o výsledku v závislosti na druhu výsledku
| Název periodika | Microorganisms |
|---|---|
| ISSN | 2076-2607 |
| e-ISSN | 2076-2607 |
| Svazek periodika | 9 |
| Číslo periodika v rámci uvedeného svazku | 1 |
| Stát vydavatele periodika | CH - Švýcarská konfederace |
| Počet stran výsledku | 13 |
| Strana od-do | |
| Kód UT WoS článku podle Web of Science | 000610609500001 |
| EID výsledku v databázi Scopus | 2-s2.0-85099229673 |
| Způsob publikování výsledku | A - Open Access |
| Předpokládaný termín zveřejnění plného textu výsledku | - |
Ostatní informace o výsledku
| Předkladatel | Mikrobiologický ústav AV ČR, v. v. i. |
|---|---|
| Dodavatel | MSM - Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy (MŠMT) |
| Rok sběru | 2022 |
| Specifikace | RIV/61388971:_____/21:00541594!RIV22-MSM-61388971 |
| Datum poslední aktualizace výsledku | 26.04.2022 |
| Kontrolní číslo | 192331611 ( v1.0 ) |
Informace o dalších výskytech výsledku dodaného stejným předkladatelem
| Dodáno GA ČR v roce 2022 | RIV/61388971:_____/21:00541594 v dodávce dat RIV22-GA0-61388971 |
|---|---|
| Dodáno AV ČR v roce 2022 | RIV/61388971:_____/21:00541594 v dodávce dat RIV22-AV0-61388971 |
Odkazy na výzkumné aktivity, při jejichž řešení výsledek vznikl
| Projekt podporovaný MŠMT v programu EF | EF16_013/0001777 - ELIXIR-CZ: Budování kapacit (2017 - 2021) |
|---|---|
| Projekt podporovaný MŠMT v programu LM | LM2018131 - Česká národní infrastruktura pro biologická data (2020 - 2022) |