Zpět na hledáníMetagenomic evidence for the presence of phototrophic Gemmatimonadetes bacteria in diverse environments (2016)detail výsledku
| Identifikační kód | RIV/61388971:_____/16:00463649 |
|---|---|
| Název v anglickém jazyce | Metagenomic evidence for the presence of phototrophic Gemmatimonadetes bacteria in diverse environments |
| Druh | J - Recenzovaný odborný článek (Jimp, Jsc a Jost) |
| Poddruh | - |
| Jazyk | eng - angličtina |
| Obor - skupina | E - Biovědy |
| Obor | EE - Mikrobiologie, virologie |
| Rok uplatnění | 2016 |
| Kód důvěrnosti údajů | S - Úplné a pravdivé údaje o výsledku nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů. |
| Počet výskytů výsledku | 2 |
| Popis výsledku v anglickém jazyce | Gemmatimonadetes represents a poorly understood bacterial phylum with only a handful of cultured species. Recently, one of its few representatives, Gemmatimonas phototrophica, was found to contain purple bacterial photosynthetic reaction centres. However, almost nothing is known about the environmental distribution of phototrophic Gemmatimonadetes bacteria. To fill this gap, we took advantage of fast-growing public metagenomic databases and performed an extensive survey of metagenomes deposited into the NCBI's WGS database, the JGI's IMG webserver and the MG-RAST webserver. By employing Mg protoporphyrin IX monomethyl ester oxidative cyclase (AcsF) as a marker gene, we identified 291 AcsF fragments (24-361 amino acids long) that are closely related to G.phototrophica from 161 metagenomes originating from various habitats, including air, river waters/sediment, estuarine waters, lake waters, biofilms, plant surfaces, intertidal sediment, soils, springs and wastewater treatment plants, but none from marine waters or sediment. |
| Klíčová slova oddělená středníkem | PHOTOSYNTHESIS GENE CLUSTERS;SP-NOV;GENOME SEQUENCES |
| Stránka www, na které se nachází výsledek | - |
| DOI výsledku | 10.1111/1758-2229.12363 |
| Odkaz na údaje z výzkumu | - |
Údaje o výsledku v závislosti na druhu výsledku
| Název periodika | Environmental Microbiology Reports |
|---|---|
| ISSN | 1758-2229 |
| e-ISSN | - |
| Svazek periodika | 8 |
| Číslo periodika v rámci uvedeného svazku | 1 |
| Stát vydavatele periodika | GB - Spojené království Velké Británie a Severního Irska |
| Počet stran výsledku | 11 |
| Strana od-do | 139-149 |
| Kód UT WoS článku podle Web of Science | 000371481100018 |
| EID výsledku v databázi Scopus | 2-s2.0-84958912741 |
| Způsob publikování výsledku | - |
| Předpokládaný termín zveřejnění plného textu výsledku | - |
Informace o všech výskytech výsledku v rámci detailu výsledku
| Dodáno AV ČR v roce 2017 | RIV/61388971:_____/16:00463649 v dodávce dat RIV17-AV0-61388971/01:2 předkladatelem Mikrobiologický ústav AV ČR, v. v. i. |
|---|---|
| Dodáno MŠMT v roce 2017 | RIV/61388971:_____/16:00463649 v dodávce dat RIV17-MSM-61388971/01:2 předkladatelem Mikrobiologický ústav AV ČR, v. v. i. |
Odkazy na výzkumné aktivity, při jejichž řešení výsledek vznikl
| Projekt podporovaný MŠMT v programu LO | LO1416 - Algatech plus (2015 - 2019) |
|---|---|
| Podpora / návaznosti | Institucionální podpora na rozvoj výzkumné organizace |