Zpět na hledání
| Identifikační kód | RIV/61388963:_____/22:00565346 |
|---|---|
| Název v anglickém jazyce | Fully automated virtual screening pipeline of FDA-approved drugs using Caver Web |
| Druh | J - Recenzovaný odborný článek (Jimp, Jsc a Jost) |
| Poddruh | J/A - Článek v odborném periodiku je obsažen v databázi Web of Science společností Thomson Reuters s příznakem „Article“, „Review“ nebo „Letter“ (Jimp) |
| Jazyk | eng - angličtina |
| Vědní obor | 10201 - Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8) |
| Rok uplatnění | 2022 |
| Kód důvěrnosti údajů | S - Úplné a pravdivé údaje o výsledku nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů. |
| Počet výskytů výsledku | 8 |
| Počet tvůrců celkem | 9 |
| Počet domácích tvůrců | 2 |
| Výčet všech uvedených jednotlivých tvůrců | Jakub Galgonek (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 9856684, orcid: 0000-0002-7038-544X) Jiří Vondrášek (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 7358946, orcid: 0000-0002-6066-973X, researcherid: A-4244-2008) D. Bednář (státní příslušnost: CZ - Česká republika) J. Damborský (státní příslušnost: CZ - Česká republika) S.M. Eyrilmez (státní příslušnost: CZ - Česká republika) M. Jankujova (státní příslušnost: CZ - Česká republika) A. Jezik (státní příslušnost: CZ - Česká republika) M. Musil (státní příslušnost: CZ - Česká republika) J. Stourac (státní příslušnost: CZ - Česká republika) |
| Popis výsledku v anglickém jazyce | Protein tunnels are essential in transporting small molecules into the active sites of enzymes. Tunnels' geometrical and physico-chemical properties influence the transport process. The tunnels are attractive hot spots for protein engineering and drug development. However, studying the ligand binding and unbinding using experimental techniques is challenging, while in silico methods come with their limitations, especially in the case of resource-demanding virtual screening pipelines. Caver Web 1.2 is a new version of the web server combining the capabilities for the detection of protein tunnels with the calculation of the ligand trajectories. The new version of the Caver Web server was expanded with the ability to fetch novel ligands from the Integrated Database of Small Molecules and with the fully automated virtual screening pipeline allowing for the fast evaluation of the predefined set of over 4,300 currently approved drugs. The virtual screening pipeline is accompanied by a comprehensive user interface, making it a viable service for the broader spectrum of companies and the academic user community. The web server is freely available for academic use at https://loschmidt.chemi.muni.cz/caverweb. |
| Klíčová slova oddělená středníkem | caver;caverdock;channel;FDA-approved drug;tunnel;virtual screening;web |
| Stránka www, na které se nachází výsledek | https://doi.org/10.1016/j.csbj.2022.11.031 |
| DOI výsledku | 10.1016/j.csbj.2022.11.031 |
| Odkaz na údaje z výzkumu | - |
Údaje o výsledku v závislosti na druhu výsledku
| Název periodika | Computational and Structural Biotechnology Journal |
|---|---|
| ISSN | 2001-0370 |
| e-ISSN | 2001-0370 |
| Svazek periodika | 20 |
| Číslo periodika v rámci uvedeného svazku | January |
| Stát vydavatele periodika | SE - Švédské království |
| Počet stran výsledku | 7 |
| Strana od-do | 6512-6518 |
| Kód UT WoS článku podle Web of Science | 000913258100011 |
| EID výsledku v databázi Scopus | 2-s2.0-85142724459 |
| Způsob publikování výsledku | A - Open Access |
| Předpokládaný termín zveřejnění plného textu výsledku | - |
Ostatní informace o výsledku
| Předkladatel | Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i. |
|---|---|
| Dodavatel | MSM - Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy (MŠMT) |
| Rok sběru | 2023 |
| Specifikace | RIV/61388963:_____/22:00565346!RIV23-MSM-61388963 |
| Datum poslední aktualizace výsledku | 17.05.2023 |
| Kontrolní číslo | 192459482 ( v1.0 ) |
Informace o dalších výskytech výsledku dodaného stejným předkladatelem
| Dodáno AV ČR v roce 2023 | RIV/61388963:_____/22:00565346 v dodávce dat RIV23-AV0-61388963 |
|---|
Informace o dalších výskytech výsledku dodaného ostatními předkladateli
| Dodáno GA ČR v roce 2023 | RIV/00216224:14310/22:00127528 v dodávce dat RIV23-GA0-14310___ předkladatelem Masarykova univerzita / Přírodovědecká fakulta |
|---|---|
| Dodáno MŠMT v roce 2023 | RIV/00159816:_____/22:00077766 v dodávce dat RIV23-MSM-00159816 předkladatelem Fakultní nemocnice u sv. Anny v Brně |
| Dodáno MŠMT v roce 2023 | RIV/00216224:14310/22:00127528 v dodávce dat RIV23-MSM-14310___ předkladatelem Masarykova univerzita / Přírodovědecká fakulta |
| Dodáno MŠMT v roce 2023 | RIV/00216305:26230/22:PU146769 v dodávce dat RIV23-MSM-26230___ předkladatelem Vysoké učení technické v Brně / Fakulta informačních technologií |
| Dodáno MZ v roce 2023 | RIV/00159816:_____/22:00077766 v dodávce dat RIV23-MZ0-00159816 předkladatelem Fakultní nemocnice u sv. Anny v Brně |
| Dodáno TA ČR v roce 2023 | RIV/00216224:14310/22:00127528 v dodávce dat RIV23-TA0-14310___ předkladatelem Masarykova univerzita / Přírodovědecká fakulta |
Odkazy na výzkumné aktivity, při jejichž řešení výsledek vznikl
| Projekt podporovaný MŠMT v programu LM | LM2018131 - Česká národní infrastruktura pro biologická data (2020 - 2022) |
|---|---|
| Projekt podporovaný MŠMT v programu LX | LX22NPO5102 - Národní ústav pro výzkum rakoviny (2022 - 2025) |