Zpět na hledáníDating the Species Network: Allopolyploidy and Repetitive DNA Evolution in American Daisies (Melampodium sect. Melampodium, Asteraceae) (2018)výskyt výsledku
| Identifikační kód | RIV/60077344:_____/18:00496111 |
|---|---|
| Název v anglickém jazyce | Dating the Species Network: Allopolyploidy and Repetitive DNA Evolution in American Daisies (Melampodium sect. Melampodium, Asteraceae) |
| Druh | J - Recenzovaný odborný článek (Jimp, Jsc a Jost) |
| Poddruh | J/A - Článek v odborném periodiku je obsažen v databázi Web of Science společností Thomson Reuters s příznakem „Article“, „Review“ nebo „Letter“ (Jimp) |
| Jazyk | eng - angličtina |
| Vědní obor | 10602 - Biology (theoretical, mathematical, thermal, cryobiology, biological rhythm), Evolutionary biology |
| Rok uplatnění | 2018 |
| Kód důvěrnosti údajů | S - Úplné a pravdivé údaje o výsledku nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů. |
| Počet výskytů výsledku | 2 |
| Počet tvůrců celkem | 9 |
| Počet domácích tvůrců | 2 |
| Výčet všech uvedených jednotlivých tvůrců | Jiří Macas (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 5717817, orcid: 0000-0003-0829-1570, scopusid: 7003387962, researcherid: G-8618-2014) Petr Novák (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 8813728, orcid: 0000-0002-5068-9681, researcherid: A-3059-2013) T.S. Jang (státní příslušnost: AT - Rakouská republika) N. J. Matzke (státní příslušnost: AU - Austrálie) J. McCann (státní příslušnost: AT - Rakouská republika) G. M. Schneeweiss (státní příslušnost: AT - Rakouská republika) T.F. Stuessy (státní příslušnost: AT - Rakouská republika) J.L. Villasenor (státní příslušnost: MX - Spojené státy mexické) H. Weiss-Schneeweiss (státní příslušnost: AT - Rakouská republika) |
| Popis výsledku v anglickém jazyce | Allopolyploidy has played an important role in the evolution of the flowering plants. Genome mergers are often accompanied by significant and rapid alterations of genome size and structure via chromosomal rearrangements and altered dynamics of tandem and dispersed repetitive DNA families. Recent developments in sequencing technologies and bioinformatic methods allow for a comprehensive investigation of the repetitive component of plant genomes. Interpretation of evolutionary dynamics following allopolyploidization requires both the knowledge of parentage and the age of origin of an allopolyploid. Whereas parentage is typically inferred from cytogenetic and phylogenetic data, age inference is hampered by the reticulate nature of the phylogenetic relationships. Treating subgenomes of allopolyploids as if they belonged to different species (i.e., no recombination among subgenomes) and applying cross-bracing (i.e., putting a constraint on the age difference of nodes pertaining to the same event), we can infer the age of allopolyploids within the framework of the multispecies coalescent within BEAST2. Together with a comprehensive characterization of the repetitive DNA fraction using the RepeatExplorer pipeline, we apply the dating approach in a group of closely related allopolyploids and their progenitor species in the plant genus Melampodium (Asteraceae). We dated the origin of both the allotetraploid, Melampodium strigosum, and its two allohexaploid derivatives, Melampodium pringlei and Melampodium sericeum, which share both parentage and the direction of the cross, to the Pleistocene ($<$1.4 Ma). Thus, Pleistocene climatic fluctuations may have triggered formation of allopolyploids possibly in short intervals, contributing to difficulties in inferring the precise temporal order of allopolyploid species divergence of M. sericeum and M. pringlei. The relatively recent origin of the allopolyploids likely played a role in the near-absence of major changes in the repetitive fraction of the polyploids' genomes. The repetitive elements most affected by the postpolyploidization changes represented retrotransposons of the Ty1-copia lineage Maximus and, to a lesser extent, also Athila elements of Ty3-gypsy family. |
| Klíčová slova oddělená středníkem | Allopolyploidy;repetitive DNA;Melampodium;Asteraceae |
| Stránka www, na které se nachází výsledek | - |
| DOI výsledku | 10.1093/sysbio/syy024 |
| Odkaz na údaje z výzkumu | - |
Údaje o výsledku v závislosti na druhu výsledku
| Název periodika | Systematic Biology |
|---|---|
| ISSN | 1063-5157 |
| e-ISSN | - |
| Svazek periodika | 67 |
| Číslo periodika v rámci uvedeného svazku | 6 |
| Stát vydavatele periodika | GB - Spojené království Velké Británie a Severního Irska |
| Počet stran výsledku | 15 |
| Strana od-do | 1010-1024 |
| Kód UT WoS článku podle Web of Science | 000456691200006 |
| EID výsledku v databázi Scopus | 2-s2.0-85055075660 |
| Způsob publikování výsledku | - |
| Předpokládaný termín zveřejnění plného textu výsledku | - |
Ostatní informace o výsledku
| Předkladatel | Biologické centrum AV ČR, v. v. i. |
|---|---|
| Dodavatel | GA0 - Grantová agentura České republiky (GA ČR) |
| Rok sběru | 2019 |
| Specifikace | RIV/60077344:_____/18:00496111!RIV19-GA0-60077344 |
| Datum poslední aktualizace výsledku | 10.05.2019 |
| Kontrolní číslo | 192081932 ( v1.0 ) |
Informace o dalších výskytech výsledku dodaného stejným předkladatelem
| Dodáno AV ČR v roce 2019 | RIV/60077344:_____/18:00496111 v dodávce dat RIV19-AV0-60077344/01:1 |
|---|
Odkazy na výzkumné aktivity, při jejichž řešení výsledek vznikl
| Projekt podporovaný GA ČR v programu GB | GBP501/12/G090 - Evoluce a funkce komplexních genomů rostlin (2012 - 2018) |
|---|