Zpět na hledáníSatellite DNA in Vicia faba is characterized by remarkable diversity in its sequence composition, association with centromeres, and replication timing (2018)výskyt výsledku
| Identifikační kód | RIV/60077344:_____/18:00495072 |
|---|---|
| Název v anglickém jazyce | Satellite DNA in Vicia faba is characterized by remarkable diversity in its sequence composition, association with centromeres, and replication timing |
| Druh | J - Recenzovaný odborný článek (Jimp, Jsc a Jost) |
| Poddruh | J/A - Článek v odborném periodiku je obsažen v databázi Web of Science společností Thomson Reuters s příznakem „Article“, „Review“ nebo „Letter“ (Jimp) |
| Jazyk | eng - angličtina |
| Vědní obor | 10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3) |
| Rok uplatnění | 2018 |
| Kód důvěrnosti údajů | S - Úplné a pravdivé údaje o výsledku nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů. |
| Počet výskytů výsledku | 4 |
| Počet tvůrců celkem | 8 |
| Počet domácích tvůrců | 6 |
| Výčet všech uvedených jednotlivých tvůrců | Andrea Koblížková (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 6024742) Jiří Macas (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 5717817, orcid: 0000-0003-0829-1570, scopusid: 7003387962, researcherid: G-8618-2014) Pavel Neumann (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 1274031, orcid: 0000-0001-6711-6639, researcherid: H-7345-2013) Petr Novák (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 8813728, orcid: 0000-0002-5068-9681, researcherid: A-3059-2013) Laura Avila Robledillo (státní příslušnost: ES - Španělské království, domácí tvůrce: A) Iva Vrbová (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 1397249, orcid: 0000-0002-2472-0665, researcherid: G-9415-2014) K. Bottinger (státní příslušnost: AT - Rakouská republika) I. Schubert (státní příslušnost: DE - Spolková republika Německo) |
| Popis výsledku v anglickém jazyce | Satellite DNA, a class of repetitive sequences forming long arrays of tandemly repeated units, represents substantial portions of many plant genomes yet remains poorly characterized due to various methodological obstacles. Here we show that the genome of the field bean (Vicia faba, 2n = 12), a long-established model for cytogenetic studies in plants, contains a diverse set of satellite repeats, most of which remained concealed until their present investigation. Using next-generation sequencing combined with novel bioinformatics tools, we reconstructed consensus sequences of 23 novel satellite repeats representing 0.008-2.700% of the genome and mapped their distribution on chromosomes. We found that in addition to typical satellites with monomers hundreds of nucleotides long, V. faba contains a large number of satellite repeats with unusually long monomers (687-2033 bp), which are predominantly localized in pericentromeric regions. Using chromatin immunoprecipitation with CenH3 antibody, we revealed an extraordinary diversity of centromeric satellites, consisting of seven repeats with chromosome-specific distribution. We also found that in spite of their different nucleotide sequences, all centromeric repeats are replicated during mid-S phase, while most other satellites are replicated in the first part of late S phase, followed by a single family of FokI repeats representing the latest replicating chromatin. |
| Klíčová slova oddělená středníkem | in-situ hybridization;cytogenetic characterization;genome |
| Stránka www, na které se nachází výsledek | - |
| DOI výsledku | 10.1038/s41598-018-24196-3 |
| Odkaz na údaje z výzkumu | - |
Údaje o výsledku v závislosti na druhu výsledku
| Název periodika | Scientific Reports |
|---|---|
| ISSN | 2045-2322 |
| e-ISSN | - |
| Svazek periodika | 8 |
| Číslo periodika v rámci uvedeného svazku | April 11 |
| Stát vydavatele periodika | GB - Spojené království Velké Británie a Severního Irska |
| Počet stran výsledku | 11 |
| Strana od-do | |
| Kód UT WoS článku podle Web of Science | 000429684000047 |
| EID výsledku v databázi Scopus | 2-s2.0-85045403912 |
| Způsob publikování výsledku | - |
| Předpokládaný termín zveřejnění plného textu výsledku | - |
Ostatní informace o výsledku
| Předkladatel | Biologické centrum AV ČR, v. v. i. |
|---|---|
| Dodavatel | GA0 - Grantová agentura České republiky (GA ČR) |
| Rok sběru | 2019 |
| Specifikace | RIV/60077344:_____/18:00495072!RIV19-GA0-60077344 |
| Datum poslední aktualizace výsledku | 10.05.2019 |
| Kontrolní číslo | 192081915 ( v1.0 ) |
Informace o dalších výskytech výsledku dodaného stejným předkladatelem
| Dodáno MŠMT v roce 2019 | RIV/60077344:_____/18:00495072 v dodávce dat RIV19-MSM-60077344/01:1 |
|---|---|
| Dodáno AV ČR v roce 2019 | RIV/60077344:_____/18:00495072 v dodávce dat RIV19-AV0-60077344/01:1 |
Informace o dalších výskytech výsledku dodaného ostatními předkladateli
| Dodáno MŠMT v roce 2019 | RIV/60076658:12310/18:43897573 v dodávce dat RIV19-MSM-12310___/01:1 předkladatelem Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích / Přírodovědecká fakulta |
|---|
Odkazy na výzkumné aktivity, při jejichž řešení výsledek vznikl
| Projekt podporovaný GA ČR v programu GB | GBP501/12/G090 - Evoluce a funkce komplexních genomů rostlin (2012 - 2018) |
|---|