| Identifikační kód |
RIV/60077344:_____/17:00479687 |
| Název v anglickém jazyce |
TAREAN: a computational tool for identification and characterization of satellite DNA from unassembled short reads |
| Druh |
J - Recenzovaný odborný článek (Jimp, Jsc a Jost) |
| Poddruh |
J/A - Článek v odborném periodiku je obsažen v databázi Web of Science společností Thomson Reuters s příznakem „Article“, „Review“ nebo „Letter“ (Jimp) |
| Jazyk |
eng - angličtina |
| Vědní obor |
10201 - Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8) |
| Rok uplatnění |
2017 |
| Kód důvěrnosti údajů |
S - Úplné a pravdivé údaje o výsledku nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů. |
| Počet výskytů výsledku |
3 |
| Počet tvůrců celkem |
6 |
| Počet domácích tvůrců |
6 |
| Výčet všech uvedených jednotlivých tvůrců |
Laura Ávila Robledillo (státní příslušnost: ES - Španělské království, domácí tvůrce: A)
Andrea Koblížková (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 6024742)
Jiří Macas (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 5717817, orcid: 0000-0003-0829-1570, scopusid: 7003387962, researcherid: G-8618-2014)
Pavel Neumann (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 1274031, orcid: 0000-0001-6711-6639, researcherid: H-7345-2013)
Petr Novák (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 8813728, orcid: 0000-0002-5068-9681, researcherid: A-3059-2013)
Iva Vrbová (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 1397249, orcid: 0000-0002-2472-0665, researcherid: G-9415-2014) |
| Popis výsledku v anglickém jazyce |
Satellite DNA is one of the major classes of repetitive DNA, characterized by tandemly arranged repeat copies that form contiguous arrays up to megabases in length. This type of genomic organization makes satellite DNA difficult to assemble, which hampers characterization of satellite sequences by computational analysis of genomic contigs. Here, we present tandem repeat analyzer (TAREAN), a novel computational pipeline that circumvents this problem by detecting satellite repeats directly from unassembled short reads. The pipeline first employs graph-based sequence clustering to identify groups of reads that represent repetitive elements. Putative satellite repeats are subsequently detected by the presence of circular structures in their cluster graphs. Consensus sequences of repeat monomers are then reconstructed from the most frequent k-mers obtained by decomposing read sequences from corresponding clusters. The pipeline performance was successfully validated by analyzing low-pass genome sequencing data from five plant species where satellite DNA was previously experimentally characterized. Moreover, novel satellite repeats were predicted for the genome of Vicia faba and three of these repeats were verified by detecting their sequences on metaphase chromosomes using fluorescence in situ hybridization. |
| Klíčová slova oddělená středníkem |
in-situ hybridization;repetitive sequences;tandem repeats;vicia-faba |
| Stránka www, na které se nachází výsledek |
- |
| DOI výsledku |
10.1093/nar/gkx257 |
| Odkaz na údaje z výzkumu |
- |