Zpět na hledáníRepeat Composition of CenH3-chromatin and H3K9me2-marked heterochromatin in Sugar Beet (Beta vulgaris) (2016)výskyt výsledku
| Identifikační kód | RIV/60077344:_____/16:00460268 |
|---|---|
| Název v anglickém jazyce | Repeat Composition of CenH3-chromatin and H3K9me2-marked heterochromatin in Sugar Beet (Beta vulgaris) |
| Druh | J - Recenzovaný odborný článek (Jimp, Jsc a Jost) |
| Poddruh | - |
| Jazyk | eng - angličtina |
| Obor - skupina | E - Biovědy |
| Obor | EB - Genetika a molekulární biologie |
| Rok uplatnění | 2016 |
| Kód důvěrnosti údajů | S - Úplné a pravdivé údaje o výsledku nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů. |
| Počet výskytů výsledku | 2 |
| Počet tvůrců celkem | 7 |
| Počet domácích tvůrců | 2 |
| Výčet všech uvedených jednotlivých tvůrců | Andrea Koblížková (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 6024742) Jiří Macas (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 5717817) T. Kowar (státní příslušnost: DE - Spolková republika Německo) T. Schmidt (státní příslušnost: DE - Spolková republika Německo) P. Viehoever (státní příslušnost: DE - Spolková republika Německo) B. Weisshaar (státní příslušnost: DE - Spolková republika Německo) F. Zakrzewski (státní příslušnost: DE - Spolková republika Německo) |
| Popis výsledku v anglickém jazyce | Sugar beet (Beta vulgaris) is an important crop of temperate climate zones, which provides nearly 30 % of the world's annual sugar needs. From the total genome size of 758 Mb, only 567 Mb were incorporated in the recently published genome sequence, due to the fact that regions with high repetitive DNA contents (e.g. satellite DNAs) are only partially included. Therefore, to fill these gaps and to gain information about the repeat composition of centromeres and heterochromatic regions, we performed chromatin immunoprecipitation followed by sequencing (ChIP-Seq) using antibodies against the centromere-specific histone H3 variant of sugar beet (CenH3) and the heterochromatic mark of dimethylated lysine 9 of histone H3 (H3K9me2). nChIP-Seq analysis revealed that active centromeres containing CenH3 consist of the satellite pBV and the Ty3-gypsy retrotransposon Beetle7, while heterochromatin marked by H3K9me2 exhibits heterogeneity in repeat composition. H3K9me2 was mainly associated with the satellite family pEV, the Ty1-copia retrotransposon family Cotzilla and the DNA transposon superfamily of the En/Spm type. In members of the section Beta within the genus Beta, immunostaining using the CenH3 antibody was successful, indicating that orthologous CenH3 proteins are present in closely related species within this section.nThe identification of repetitive genome portions by ChIP-Seq experiments complemented the sugar beet reference sequence by providing insights into the repeat composition of poorly characterized CenH3-chromatin and H3K9me2-heterochromatin. Therefore, our work provides the basis for future research and application concerning the sugar beet centromere and repeat-rich heterochromatic regions characterized by the presence of H3K9me2.n |
| Klíčová slova oddělená středníkem | Centromere;CenH3;H3K9me2;Heterochromatin |
| Stránka www, na které se nachází výsledek | - |
| DOI výsledku | 10.1186/s12870-016-0805-5 |
| Odkaz na údaje z výzkumu | - |
Údaje o výsledku v závislosti na druhu výsledku
| Název periodika | BMC Plant Biology |
|---|---|
| ISSN | 1471-2229 |
| e-ISSN | - |
| Svazek periodika | 16 |
| Číslo periodika v rámci uvedeného svazku | 120 |
| Stát vydavatele periodika | GB - Spojené království Velké Británie a Severního Irska |
| Počet stran výsledku | 16 |
| Strana od-do | |
| Kód UT WoS článku podle Web of Science | 000377267300002 |
| EID výsledku v databázi Scopus | 2-s2.0-84969752674 |
| Způsob publikování výsledku | - |
| Předpokládaný termín zveřejnění plného textu výsledku | - |
Ostatní informace o výsledku
| Předkladatel | Biologické centrum AV ČR, v. v. i. |
|---|---|
| Dodavatel | GA0 - Grantová agentura České republiky (GA ČR) |
| Rok sběru | 2017 |
| Specifikace | RIV/60077344:_____/16:00460268!RIV17-GA0-60077344 |
| Datum poslední aktualizace výsledku | 09.05.2017 |
| Kontrolní číslo | 191877977 ( v1.0 ) |
Informace o dalších výskytech výsledku dodaného stejným předkladatelem
| Dodáno AV ČR v roce 2017 | RIV/60077344:_____/16:00460268 v dodávce dat RIV17-AV0-60077344/01:2 |
|---|
Odkazy na výzkumné aktivity, při jejichž řešení výsledek vznikl
| Projekt podporovaný GA ČR v programu GB | GBP501/12/G090 - Evoluce a funkce komplexních genomů rostlin (2012 - 2018) |
|---|