Zpět na hledání
| Identifikační kód | RIV/00216305:26230/22:PU146770 |
|---|---|
| Název v anglickém jazyce | SoluProtMutDB: A manually curated database of protein solubility changes upon mutations |
| Druh | J - Recenzovaný odborný článek (Jimp, Jsc a Jost) |
| Poddruh | J/B - Článek v odborném periodiku je obsažen v databázi SCOPUS společnosti Elsevier s příznakem „Article“, „Review“ nebo „Letter“ (Jsc) |
| Jazyk | eng - angličtina |
| Vědní obor | 10201 - Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8) |
| Rok uplatnění | 2022 |
| Kód důvěrnosti údajů | S - Úplné a pravdivé údaje o výsledku nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů. |
| Počet výskytů výsledku | 6 |
| Počet tvůrců celkem | 7 |
| Počet domácích tvůrců | 2 |
| Výčet všech uvedených jednotlivých tvůrců | Miloš Musil (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 9197703) Jan Velecký (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 3257144) David Bednář (státní příslušnost: CZ - Česká republika) Jiří Damborský (státní příslušnost: CZ - Česká republika) Marie Hamšíková (státní příslušnost: CZ - Česká republika) Stanislav Mazurenko (státní příslušnost: CZ - Česká republika) Jan Štourač (státní příslušnost: CZ - Česká republika) |
| Popis výsledku v anglickém jazyce | Protein solubility is an attractive engineering target primarily due to its relation to yields in protein production and manufacturing. Moreover, better knowledge of the mutational effects on protein solubility could connect several serious human diseases with protein aggregation. However, we have limited understanding of the protein structural determinants of solubility, and the available data have mostly been scattered in the literature. Here, we present SoluProtMutDB the first database containing data on protein solubility changes upon mutations. Our database accommodates 33 000 measurements of 17 000 protein variants in 103 different proteins. The database can serve as an essential source of information for the researchers designing improved protein variants or those developing machine learning tools to predict the effects of mutations on solubility. The database comprises all the previously published solubility datasets and thousands of new data points from recent publications, including deep mutational scanning experiments. Moreover, it features many available experimental conditions known to affect protein solubility. The datasets have been manually curated with substantial corrections, improving suitability for machine learning applications. The database is available at loschmidt.chemi.muni.cz/soluprotmutdb. |
| Klíčová slova oddělená středníkem | Mutational database, Protein engineering, Protein yield, Machine learning, Protein aggregation |
| Stránka www, na které se nachází výsledek | https://reader.elsevier.com/reader/sd/pii/S2001037022005025?token=47A572AECBA6EE5C334462194E5EFC9034D184A71EC41EC7B29311B976C644C5FCFBB5B1B449E84DD1A99A04BCFA8708&originRegion=eu-west-1&originCreation=20230110080940 |
| DOI výsledku | 10.1016/j.csbj.2022.11.009 |
| Odkaz na údaje z výzkumu | - |
Údaje o výsledku v závislosti na druhu výsledku
| Název periodika | Computational and Structural Biotechnology Journal |
|---|---|
| ISSN | 2001-0370 |
| e-ISSN | - |
| Svazek periodika | 20 |
| Číslo periodika v rámci uvedeného svazku | 1 |
| Stát vydavatele periodika | SE - Švédské království |
| Počet stran výsledku | 9 |
| Strana od-do | 6339-6347 |
| Kód UT WoS článku podle Web of Science | - |
| EID výsledku v databázi Scopus | 2-s2.0-85142188313 |
| Způsob publikování výsledku | A - Open Access |
| Předpokládaný termín zveřejnění plného textu výsledku | - |
Ostatní informace o výsledku
| Předkladatel | Vysoké učení technické v Brně / Fakulta informačních technologií |
|---|---|
| Dodavatel | MSM - Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy (MŠMT) |
| Rok sběru | 2023 |
| Specifikace | RIV/00216305:26230/22:PU146770!RIV23-MSM-26230___ |
| Datum poslední aktualizace výsledku | 10.05.2023 |
| Kontrolní číslo | 192446153 ( v1.0 ) |
Informace o dalších výskytech výsledku dodaného ostatními předkladateli
| Dodáno GA ČR v roce 2024 | RIV/00216224:14310/22:00130114 v dodávce dat RIV24-GA0-14310___ předkladatelem Masarykova univerzita / Přírodovědecká fakulta |
|---|---|
| Dodáno MŠMT v roce 2024 | RIV/00159816:_____/22:00078809 v dodávce dat RIV24-MSM-00159816 předkladatelem Fakultní nemocnice u sv. Anny v Brně |
| Dodáno MŠMT v roce 2024 | RIV/00216224:14310/22:00130114 v dodávce dat RIV24-MSM-14310___ předkladatelem Masarykova univerzita / Přírodovědecká fakulta |
| Dodáno MZ v roce 2024 | RIV/00159816:_____/22:00078809 v dodávce dat RIV24-MZ0-00159816 předkladatelem Fakultní nemocnice u sv. Anny v Brně |
| Dodáno TA ČR v roce 2024 | RIV/00216224:14310/22:00130114 v dodávce dat RIV24-TA0-14310___ předkladatelem Masarykova univerzita / Přírodovědecká fakulta |
Odkazy na výzkumné aktivity, při jejichž řešení výsledek vznikl
| Podpora / návaznosti | Specifický výzkum na vysokých školách, poskytovatel MŠMT |
|---|