Zpět na hledání
| Identifikační kód | RIV/00216305:26210/21:PU140962 |
|---|---|
| Název v anglickém jazyce | Analyses of viral genomes for G-quadruplex forming sequences reveal their correlation with the type of infection |
| Druh | J - Recenzovaný odborný článek (Jimp, Jsc a Jost) |
| Poddruh | J/A - Článek v odborném periodiku je obsažen v databázi Web of Science společností Thomson Reuters s příznakem „Article“, „Review“ nebo „Letter“ (Jimp) |
| Jazyk | eng - angličtina |
| Vědní obor | 10201 - Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8) |
| Rok uplatnění | 2021 |
| Kód důvěrnosti údajů | S - Úplné a pravdivé údaje o výsledku nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů. |
| Počet výskytů výsledku | 7 |
| Počet tvůrců celkem | 9 |
| Počet domácích tvůrců | 2 |
| Výčet všech uvedených jednotlivých tvůrců | Patrik Kaura (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 3066776) Jiří Šťastný (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 1250019) Martin Bartas (státní příslušnost: CZ - Česká republika) Natália Bohálová (státní příslušnost: CZ - Česká republika) Václav Brázda (státní příslušnost: CZ - Česká republika) Alessio Cantara (státní příslušnost: CZ - Česká republika) Miroslav Fojta (státní příslušnost: CZ - Česká republika) Jean-Louis Mergny (státní příslušnost: CZ - Česká republika) Petr Pečinka (státní příslušnost: CZ - Česká republika) |
| Popis výsledku v anglickém jazyce | G-quadruplexes contribute to the regulation of key molecular processes. Their utilization for antiviral therapy is an emerging field of contemporary research. Here we present comprehensive analyses of the presence and localization of putative G-quadruplex forming sequences (PQS) in all viral genomes currently available in the NCBI database (including subviral agents). The G4Hunter algorithm was applied to a pool of 11,000 accessible viral genomes representing 350 Mbp in total. PQS frequencies differ across evolutionary groups of viruses, and are enriched in repeats, replication origins, 5′UTRs and 3′UTRs. Importantly, PQS presence and localization is connected to viral lifecycles and corresponds to the type of viral infection rather than to nucleic acid type; while viruses routinely causing persistent infections in Metazoa hosts are enriched for PQS, viruses causing acute infections are significantly depleted for PQS. The unique localization of PQS identifies the importance of G-quadruplex-based regulation of viral replication and life cycle, providing a tool for potential therapeutic targeting. |
| Klíčová slova oddělená středníkem | Acute infection, Bioinformatics, G-quadruplex, G4Hunter, Persistent infection, Viral genome |
| Stránka www, na které se nachází výsledek | https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0300908421000961 |
| DOI výsledku | https://doi.org/10.1016/j.biochi.2021.03.017 |
| Odkaz na údaje z výzkumu | - |
Údaje o výsledku v závislosti na druhu výsledku
| Název periodika | BIOCHIMIE |
|---|---|
| ISSN | 0300-9084 |
| e-ISSN | 1638-6183 |
| Svazek periodika | 186 |
| Číslo periodika v rámci uvedeného svazku | 1 |
| Stát vydavatele periodika | FR - Francouzská republika |
| Počet stran výsledku | 15 |
| Strana od-do | 13-27 |
| Kód UT WoS článku podle Web of Science | 000662667800002 |
| EID výsledku v databázi Scopus | 2-s2.0-85104058471 |
| Způsob publikování výsledku | A - Open Access |
| Předpokládaný termín zveřejnění plného textu výsledku | - |
Ostatní informace o výsledku
| Předkladatel | Vysoké učení technické v Brně / Fakulta strojního inženýrství |
|---|---|
| Dodavatel | MSM - Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy (MŠMT) |
| Rok sběru | 2021 |
| Specifikace | RIV/00216305:26210/21:PU140962!RIV21-MSM-26210___ |
| Datum poslední aktualizace výsledku | 18.05.2022 |
| Kontrolní číslo | 192384057 ( v2.0 ) |
Informace o dalších výskytech výsledku dodaného ostatními předkladateli
| Dodáno AV ČR v roce 2022 | RIV/68081707:_____/21:00554894 v dodávce dat RIV22-AV0-68081707 předkladatelem Biofyzikální ústav AV ČR, v. v. i. |
|---|---|
| Dodáno GA ČR v roce 2022 | RIV/68081707:_____/21:00554894 v dodávce dat RIV22-GA0-68081707 předkladatelem Biofyzikální ústav AV ČR, v. v. i. |
| Dodáno MŠMT v roce 2022 | RIV/68081707:_____/21:00554894 v dodávce dat RIV22-MSM-68081707 předkladatelem Biofyzikální ústav AV ČR, v. v. i. |
| Dodáno MŠMT v roce 2022 | RIV/00216224:14310/21:00121411 v dodávce dat RIV22-MSM-14310___ předkladatelem Masarykova univerzita / Přírodovědecká fakulta |
| Dodáno MŠMT v roce 2022 | RIV/62156489:43110/21:43919672 v dodávce dat RIV22-MSM-43110___ předkladatelem Mendelova univerzita v Brně / Provozně ekonomická fakulta |
| Dodáno MŠMT v roce 2022 | RIV/61988987:17310/21:A2202A6K v dodávce dat RIV22-MSM-17310___ předkladatelem Ostravská univerzita / Přírodovědecká fakulta |
Odkazy na výzkumné aktivity, při jejichž řešení výsledek vznikl
| Podpora / návaznosti | Specifický výzkum na vysokých školách, poskytovatel MŠMT |
|---|