Zpět na hledání
| Identifikační kód | RIV/00216305:26210/21:PU140956 |
|---|---|
| Název v anglickém jazyce | Tracing dsDNA Virus–Host Coevolution through Correlation of Their G-Quadruplex-Forming Sequences |
| Druh | J - Recenzovaný odborný článek (Jimp, Jsc a Jost) |
| Poddruh | J/A - Článek v odborném periodiku je obsažen v databázi Web of Science společností Thomson Reuters s příznakem „Article“, „Review“ nebo „Letter“ (Jimp) |
| Jazyk | eng - angličtina |
| Vědní obor | 10201 - Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8) |
| Rok uplatnění | 2021 |
| Kód důvěrnosti údajů | S - Úplné a pravdivé údaje o výsledku nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů. |
| Počet výskytů výsledku | 5 |
| Počet tvůrců celkem | 8 |
| Počet domácích tvůrců | 2 |
| Výčet všech uvedených jednotlivých tvůrců | Patrik Kaura (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 3066776) Jiří Šťastný (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 1250019) Martin Bartas (státní příslušnost: CZ - Česká republika) Natália Bohálová (státní příslušnost: CZ - Česká republika) Václav Brázda (státní příslušnost: CZ - Česká republika) Alessio Cantara (státní příslušnost: CZ - Česká republika) Miroslav Fojta (státní příslušnost: CZ - Česká republika) Petr Pečinka (státní příslušnost: CZ - Česká republika) |
| Popis výsledku v anglickém jazyce | The importance of gene expression regulation in viruses based upon G-quadruplex may point to its potential utilization in therapeutic targeting. Here, we present analyses as to the occurrence of putative G-quadruplex-forming sequences (PQS) in all reference viral dsDNA genomes and evaluate their dependence on PQS occurrence in host organisms using the G4Hunter tool. PQS frequencies differ across host taxa without regard to GC content. The overlay of PQS with annotated regions reveals the localization of PQS in specific regions. While abundance in some, such as repeat regions, is shared by all groups, others are unique. There is abundance within introns of Eukaryota-infecting viruses, but depletion of PQS in introns of bacteria-infecting viruses. We reveal a significant positive correlation between PQS frequencies in dsDNA viruses and corresponding hosts from archaea, bacteria, and eukaryotes. A strong relationship between PQS in a virus and its host indicates their close coevolution and evolutionarily reciprocal mimicking of genome organization. |
| Klíčová slova oddělená středníkem | Bioinformatics, Coevolution, DsDNA, G-quadruplex, G4Hunter, Host, Virus |
| Stránka www, na které se nachází výsledek | https://www.mdpi.com/1422-0067/22/7/3433 |
| DOI výsledku | https://doi.org/10.3390/ijms22073433 |
| Odkaz na údaje z výzkumu | - |
Údaje o výsledku v závislosti na druhu výsledku
| Název periodika | International Journal of Molecular Sciences |
|---|---|
| ISSN | 1422-0067 |
| e-ISSN | - |
| Svazek periodika | 22 |
| Číslo periodika v rámci uvedeného svazku | 7 |
| Stát vydavatele periodika | CH - Švýcarská konfederace |
| Počet stran výsledku | 12 |
| Strana od-do | 1-12 |
| Kód UT WoS článku podle Web of Science | 000638616100001 |
| EID výsledku v databázi Scopus | 2-s2.0-85103058094 |
| Způsob publikování výsledku | A - Open Access |
| Předpokládaný termín zveřejnění plného textu výsledku | - |
Ostatní informace o výsledku
| Předkladatel | Vysoké učení technické v Brně / Fakulta strojního inženýrství |
|---|---|
| Dodavatel | MSM - Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy (MŠMT) |
| Rok sběru | 2021 |
| Specifikace | RIV/00216305:26210/21:PU140956!RIV21-MSM-26210___ |
| Datum poslední aktualizace výsledku | 18.05.2022 |
| Kontrolní číslo | 192384054 ( v2.0 ) |
Informace o dalších výskytech výsledku dodaného ostatními předkladateli
| Dodáno AV ČR v roce 2022 | RIV/68081707:_____/21:00542171 v dodávce dat RIV22-AV0-68081707 předkladatelem Biofyzikální ústav AV ČR, v. v. i. |
|---|---|
| Dodáno GA ČR v roce 2022 | RIV/68081707:_____/21:00542171 v dodávce dat RIV22-GA0-68081707 předkladatelem Biofyzikální ústav AV ČR, v. v. i. |
| Dodáno MŠMT v roce 2022 | RIV/68081707:_____/21:00542171 v dodávce dat RIV22-MSM-68081707 předkladatelem Biofyzikální ústav AV ČR, v. v. i. |
| Dodáno MŠMT v roce 2022 | RIV/00216224:14310/21:00121350 v dodávce dat RIV22-MSM-14310___ předkladatelem Masarykova univerzita / Přírodovědecká fakulta |
Odkazy na výzkumné aktivity, při jejichž řešení výsledek vznikl
| Podpora / návaznosti | Specifický výzkum na vysokých školách, poskytovatel MŠMT |
|---|