Zpět na hledání
| Identifikační kód | RIV/00216224:14740/21:00122676 |
|---|---|
| Název v anglickém jazyce | 2DProts: database of family-wide protein secondary structure diagrams |
| Druh | J - Recenzovaný odborný článek (Jimp, Jsc a Jost) |
| Poddruh | J/A - Článek v odborném periodiku je obsažen v databázi Web of Science společností Thomson Reuters s příznakem „Article“, „Review“ nebo „Letter“ (Jimp) |
| Jazyk | eng - angličtina |
| Vědní obor | 10608 - Biochemistry and molecular biology |
| Rok uplatnění | 2021 |
| Kód důvěrnosti údajů | S - Úplné a pravdivé údaje o výsledku nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů. |
| Počet výskytů výsledku | 2 |
| Počet tvůrců celkem | 7 |
| Počet domácích tvůrců | 6 |
| Výčet všech uvedených jednotlivých tvůrců | Eva Hladká (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 8090920) Vladimír Horský (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 9662936, orcid: 0000-0002-9252-5386, scopusid: 56512376200, researcherid: A-7537-2017) Jan Hutař (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 8248780) Ivana Hutařová Vařeková (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 7198736) Adam Midlik (státní příslušnost: SK - Slovenská republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 1804812) Radka Svobodová (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 3876500, orcid: 0000-0002-3840-8760, scopusid: 16235290700, researcherid: E-2867-2012) Karel Berka (státní příslušnost: CZ - Česká republika, vedidk: 4936094, orcid: 0000-0001-9472-2589) |
| Popis výsledku v anglickém jazyce | Secondary structures provide a deep insight into the protein architecture. They can serve for comparison between individual protein family members. The most straightforward way how to deal with protein secondary structure is its visualization using 2D diagrams. Several software tools for the generation of 2D diagrams were developed. Unfortunately, they create 2D diagrams based on only a single protein. Therefore, 2D diagrams of two proteins from one family markedly differ. For this reason, we developed the 2DProts database, which contains secondary structure 2D diagrams for all domains from the CATH and all proteins from PDB databases. These 2D diagrams are generated based on a whole protein family, and they also consider information about the 3D arrangement of secondary structure elements. Moreover, 2DProts database contains multiple 2D diagrams, which provide an overview of a whole protein family’s secondary structures. 2DProts is updated weekly and is integrated into CATH. |
| Klíčová slova oddělená středníkem | 2DProts database;2D diagram;proteins;database;ontologie |
| Stránka www, na které se nachází výsledek | https://academic.oup.com/bioinformatics/article/37/23/4599/6318387 |
| DOI výsledku | 10.1093/bioinformatics/btab505 |
| Odkaz na údaje z výzkumu | - |
Údaje o výsledku v závislosti na druhu výsledku
| Název periodika | Bioinformatics |
|---|---|
| ISSN | 1367-4803 |
| e-ISSN | - |
| Svazek periodika | 37 |
| Číslo periodika v rámci uvedeného svazku | 23 |
| Stát vydavatele periodika | GB - Spojené království Velké Británie a Severního Irska |
| Počet stran výsledku | 3 |
| Strana od-do | 4599-4601 |
| Kód UT WoS článku podle Web of Science | 000733374500050 |
| EID výsledku v databázi Scopus | 2-s2.0-85122184651 |
| Způsob publikování výsledku | A - Open Access |
| Předpokládaný termín zveřejnění plného textu výsledku | - |
Ostatní informace o výsledku
| Předkladatel | Masarykova univerzita / Středoevropský technologický institut |
|---|---|
| Dodavatel | MSM - Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy (MŠMT) |
| Rok sběru | 2022 |
| Specifikace | RIV/00216224:14740/21:00122676!RIV22-MSM-14740___ |
| Datum poslední aktualizace výsledku | 27.05.2022 |
| Kontrolní číslo | 192409812 ( v1.0 ) |
Informace o dalších výskytech výsledku dodaného ostatními předkladateli
| Dodáno MŠMT v roce 2022 | RIV/61989592:15310/21:73609294 v dodávce dat RIV22-MSM-15310___ předkladatelem Univerzita Palackého v Olomouci / Přírodovědecká fakulta |
|---|
Odkazy na výzkumné aktivity, při jejichž řešení výsledek vznikl
| Projekt podporovaný MŠMT v programu EF | EF16_013/0001777 - ELIXIR-CZ: Budování kapacit (2017 - 2021) |
|---|---|
| Projekt podporovaný MŠMT v programu LM | LM2018131 - Česká národní infrastruktura pro biologická data (2020 - 2022) |