Zpět na hledání
| Identifikační kód | RIV/00216224:14740/21:00120994 |
|---|---|
| Název v anglickém jazyce | CATH: increased structural coverage of functional space |
| Druh | J - Recenzovaný odborný článek (Jimp, Jsc a Jost) |
| Poddruh | J/A - Článek v odborném periodiku je obsažen v databázi Web of Science společností Thomson Reuters s příznakem „Article“, „Review“ nebo „Letter“ (Jimp) |
| Jazyk | eng - angličtina |
| Vědní obor | 10608 - Biochemistry and molecular biology |
| Rok uplatnění | 2021 |
| Kód důvěrnosti údajů | S - Úplné a pravdivé údaje o výsledku nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů. |
| Počet výskytů výsledku | 2 |
| Počet tvůrců celkem | 18 |
| Počet domácích tvůrců | 2 |
| Výčet všech uvedených jednotlivých tvůrců | Ivana Hutařová Vařeková (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 7198736) Radka Svobodová (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 3876500, orcid: 0000-0002-3840-8760, scopusid: 16235290700, researcherid: E-2867-2012) Mahnaz Abbasian (státní příslušnost: CZ - Česká republika) Paul Ashford (státní příslušnost: CZ - Česká republika) Karel Berka (státní příslušnost: CZ - Česká republika) Nicola Bordin (státní příslušnost: CZ - Česká republika) Natalie Dawson (státní příslušnost: CZ - Česká republika) Su Datt Lam (státní příslušnost: CZ - Česká republika) Sean Le Cornu (státní příslušnost: CZ - Česká republika) Jon Lees (státní příslušnost: CZ - Česká republika) Christine A. Orengo (státní příslušnost: CZ - Česká republika) Camilla S.M. Pang (státní příslušnost: CZ - Česká republika) Clemens Rauer (státní příslušnost: CZ - Česká republika) Neeladri Sen (státní příslušnost: CZ - Česká republika) Harry M. Scholes (státní příslušnost: CZ - Česká republika) Ian Sillitoe (státní příslušnost: CZ - Česká republika) Vaishali P. Waman (státní příslušnost: CZ - Česká republika) Laurel Woodridge (státní příslušnost: CZ - Česká republika) |
| Popis výsledku v anglickém jazyce | CATH (https://www.cathdb.info) identifies domains in protein structures from wwPDB and classifies these into evolutionary superfamilies, thereby providing structural and functional annotations. There are two levels: CATH-B, a daily snapshot of the latest domain structures and superfamily assignments, and CATH+, with additional derived data, such as predicted sequence domains, and functionally coherent sequence subsets (Functional Families or FunFams). The latest CATH+ release, version 4.3, significantly increases coverage of structural and sequence data, with an addition of 65,351 fully-classified domains structures (+15%), providing 500 238 structural domains, and 151 million predicted sequence domains (+59%) assigned to 5481 superfamilies. The FunFam generation pipeline has been re-engineered to cope with the increased influx of data. Three times more sequences are captured in FunFams, with a concomitant increase in functional purity, information content and structural coverage. FunFam expansion increases the structural annotations provided for experimental GO terms (+59%). We also present CATH-FunVar web-pages displaying variations in protein sequences and their proximity to known or predicted functional sites. We present two case studies (1) putative cancer drivers and (2) SARS-CoV-2 proteins. Finally, we have improved links to and from CATH including SCOP, InterPro, Aquaria and 2DProt. |
| Klíčová slova oddělená středníkem | protein structures;CATH |
| Stránka www, na které se nachází výsledek | https://doi.org/10.1093/nar/gkaa1079 |
| DOI výsledku | 10.1093/nar/gkaa1079 |
| Odkaz na údaje z výzkumu | - |
Údaje o výsledku v závislosti na druhu výsledku
| Název periodika | Nucleic Acids Research |
|---|---|
| ISSN | 0305-1048 |
| e-ISSN | 1362-4962 |
| Svazek periodika | 49 |
| Číslo periodika v rámci uvedeného svazku | D1 |
| Stát vydavatele periodika | GB - Spojené království Velké Británie a Severního Irska |
| Počet stran výsledku | 8 |
| Strana od-do | „D266“-„D273“ |
| Kód UT WoS článku podle Web of Science | 000608437800035 |
| EID výsledku v databázi Scopus | 2-s2.0-85099427458 |
| Způsob publikování výsledku | A - Open Access |
| Předpokládaný termín zveřejnění plného textu výsledku | - |
Ostatní informace o výsledku
| Předkladatel | Masarykova univerzita / Středoevropský technologický institut |
|---|---|
| Dodavatel | MSM - Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy (MŠMT) |
| Rok sběru | 2022 |
| Specifikace | RIV/00216224:14740/21:00120994!RIV22-MSM-14740___ |
| Datum poslední aktualizace výsledku | 27.05.2022 |
| Kontrolní číslo | 192409783 ( v1.0 ) |
Informace o dalších výskytech výsledku dodaného ostatními předkladateli
| Dodáno MŠMT v roce 2022 | RIV/61989592:15310/21:73609387 v dodávce dat RIV22-MSM-15310___ předkladatelem Univerzita Palackého v Olomouci / Přírodovědecká fakulta |
|---|
Odkazy na výzkumné aktivity, při jejichž řešení výsledek vznikl
| Projekt podporovaný MŠMT v programu EF | EF16_013/0001777 - ELIXIR-CZ: Budování kapacit (2017 - 2021) |
|---|---|
| Projekt podporovaný MŠMT v programu LM | LM2018131 - Česká národní infrastruktura pro biologická data (2020 - 2022) |