| Identifikační kód |
RIV/00216224:14740/19:00107672 |
| Název v anglickém jazyce |
Comparative Dissection of Three Giant Genomes: Allium cepa, Allium sativum, and Allium ursinum |
| Druh |
J - Recenzovaný odborný článek (Jimp, Jsc a Jost) |
| Poddruh |
J/A - Článek v odborném periodiku je obsažen v databázi Web of Science společností Thomson Reuters s příznakem „Article“, „Review“ nebo „Letter“ (Jimp) |
| Jazyk |
eng - angličtina |
| Vědní obor |
10611 - Plant sciences, botany |
| Rok uplatnění |
2019 |
| Kód důvěrnosti údajů |
S - Úplné a pravdivé údaje o výsledku nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů. |
| Počet výskytů výsledku |
5 |
| Počet tvůrců celkem |
4 |
| Počet domácích tvůrců |
3 |
| Výčet všech uvedených jednotlivých tvůrců |
Jiří Fajkus (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 8202575, researcherid: D-2499-2012)
Veronika Ihradská (státní příslušnost: SK - Slovenská republika, domácí tvůrce: A)
Terezie Mandáková (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 1629239)
Vratislav Peška (státní příslušnost: CZ - Česká republika, vedidk: 4812131) |
| Popis výsledku v anglickém jazyce |
Knowledge of the fascinating world of DNA repeats is continuously being enriched by newly identified elements and their hypothetical or well-established biological relevance. Genomic approaches can be used for comparative studies of major repeats in any group of genomes, regardless of their size and complexity. Such studies are particularly fruitful in large genomes, and useful mainly in crop plants where they provide a rich source of molecular markers or information on indispensable genomic components (e.g., telomeres, centromeres, or ribosomal RNA genes). Surprisingly, in Allium species, a comprehensive comparative study of repeats is lacking. Here we provide such a study of two economically important species, Allium cepa (onion), and A. sativum (garlic), and their distantly related A. ursinum (wild garlic). We present an overview and classification of major repeats in these species and have paid specific attention to sequence conservation and copy numbers of major representatives in each type of repeat, including retrotransposons, rDNA, or newly identified satellite sequences. Prevailing repeats in all three studied species belonged to Ty3/gypsy elements, however they significantly diverged and we did not detect them in common clusters in comparative analysis. Actually, only a low number of clusters was shared by all three species. Such conserved repeats were for example 5S and 45S rDNA genes and surprisingly a specific and quite rare Ty1/copia lineage. Species-specific long satellites were found mainly in A. cepa and A. sativum. We also show in situ localization of selected repeats that could potentially be applicable as chromosomal markers, e.g., in interspecific breeding. |
| Klíčová slova oddělená středníkem |
Allium;plant genome;repeats;retrotransposon;satellite;telomere;rDNA;RepeatExplorer;TAREAN |
| Stránka www, na které se nachází výsledek |
https://www.mdpi.com/1422-0067/20/3/733 |
| DOI výsledku |
10.3390/ijms20030733 |
| Odkaz na údaje z výzkumu |
- |