| Identifikační kód |
RIV/00216224:14740/12:00057883 |
| Název v anglickém jazyce |
Simulations of A-RNA Duplexes. The Effect of Sequence, Solute Force Field, Water Model, and Salt Concentration |
| Druh |
J - Recenzovaný odborný článek (Jimp, Jsc a Jost) |
| Poddruh |
- |
| Jazyk |
eng - angličtina |
| Obor - skupina |
B - Fyzika a matematika |
| Obor |
BO - Biofyzika |
| Rok uplatnění |
2012 |
| Kód důvěrnosti údajů |
S - Úplné a pravdivé údaje o výsledku nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů. |
| Počet výskytů výsledku |
6 |
| Počet tvůrců celkem |
6 |
| Počet domácích tvůrců |
1 |
| Výčet všech uvedených jednotlivých tvůrců |
Jiří Šponer (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 3223779)
Pavel Banáš (státní příslušnost: CZ - Česká republika, vedidk: 1878220)
Ivana Beššeová (státní příslušnost: SK - Slovenská republika, vedidk: 6620450)
Pavlina Kosinova (státní příslušnost: CZ - Česká republika)
Petra Kuehrova (státní příslušnost: CZ - Česká republika)
Michal Otyepka (státní příslušnost: CZ - Česká republika, vedidk: 3151948) |
| Popis výsledku v anglickém jazyce |
We have carried out an extended reference set of explicit solvent molecular dynamics simulations (63 simulations with 8.4 mu s of simulation data) of canonical A-RNA duplexes. Most of the simulations were done using the latest variant of the Cornell et al. AMBER RNA force field bsc0 chi(OL3), while several other RNA force fields have been tested. The calculations show that the A-RNA helix compactness, described mainly by geometrical parameters inclination, base pair roll, and helical rise, is sequence-dependent. In the calculated set of structures, the inclination varies from 10 degrees to 24 degrees. On the basis of simulations with modified bases (inosine and 2,6-diaminopurine), we suggest that the sequence-dependence of purely canonical A-RNA doublehelix is caused by the steric shape of the base pairs, i.e., the van der Waals interactions. The electrostatic part of stacking does not appear to affect the A-RNA shape. Especially visible is the role of the minor groove amino group of |
| Klíčová slova oddělená středníkem |
MOLECULAR-DYNAMICS SIMULATIONS; UNIQUE TETRANUCLEOTIDE SEQUENCES; PARTICLE MESH EWALD; METAL-ION BINDING; NUCLEIC-ACIDS; B-DNA; CRYSTAL-STRUCTURES; BASE SEQUENCE; LIQUID WATER; LOOP-E |
| Stránka www, na které se nachází výsledek |
http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/jp3014817 |
| DOI výsledku |
10.1021/jp3014817 |
| Odkaz na údaje z výzkumu |
- |