| Identifikační kód |
RIV/00216224:14740/12:00057516 |
| Název v anglickém jazyce |
Computational prediction of monosaccharide binding free energies to lectins with linear interaction energy models |
| Druh |
J - Recenzovaný odborný článek (Jimp, Jsc a Jost) |
| Poddruh |
- |
| Jazyk |
eng - angličtina |
| Obor - skupina |
C - Chemie |
| Obor |
CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie |
| Rok uplatnění |
2012 |
| Kód důvěrnosti údajů |
S - Úplné a pravdivé údaje o výsledku nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů. |
| Počet výskytů výsledku |
2 |
| Počet tvůrců celkem |
4 |
| Počet domácích tvůrců |
2 |
| Výčet všech uvedených jednotlivých tvůrců |
Jaroslav Koča (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 4347374)
Sushil Kumar Mishra (státní příslušnost: IN - Indická republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 3897672)
Johan Aqvist (státní příslušnost: SE - Švédské království)
Johan Sund (státní příslušnost: SE - Švédské království) |
| Popis výsledku v anglickém jazyce |
The linear interaction energy (LIE) method to compute binding free energies is applied to lectin-monosaccharide complexes. Here, we calculate the binding free energies of monosaccharides to the Ralstonia solanacearum lectin (RSL) and the Pseudomonas aeruginosa lectin-II (PA-IIL). The standard LIE model performs very well for RSL, whereas the PA-IIL system, where ligand binding involves two calcium ions, presents a major challenge. To overcome this, we explore a new variant of the LIE model, where ligand?metal ion interactions are scaled separately. This model also predicts the saccharide binding preference of PA-IIL on mutation of the receptor, which may be useful for protein engineering of lectins. |
| Klíčová slova oddělená středníkem |
free energy; saccharides; linear interaction energy; molecular dynamics; Ralstonia solanacearum lectin; Pseudomonas aeruginosa lectin-II |
| Stránka www, na které se nachází výsledek |
http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/jcc.23081/abstract |
| DOI výsledku |
10.1002/jcc.23081 |
| Odkaz na údaje z výzkumu |
- |