Zpět na hledáníPMFLib ? A TOOLKIT FOR FREE ENERGY CALCULATIONS II (2011)výskyt výsledku
| Identifikační kód | RIV/00216224:14740/11:00050026 |
|---|---|
| Název v anglickém jazyce | PMFLib ? A TOOLKIT FOR FREE ENERGY CALCULATIONS II |
| Druh | O - Ostatní výsledky, které nelze zařadit do žádného z definovaných druhů výsledků |
| Jazyk | eng - angličtina |
| Obor - skupina | C - Chemie |
| Obor | CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie |
| Rok uplatnění | 2011 |
| Kód důvěrnosti údajů | S - Úplné a pravdivé údaje o výsledku nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů. |
| Počet výskytů výsledku | 2 |
| Počet tvůrců celkem | 6 |
| Počet domácích tvůrců | 3 |
| Výčet všech uvedených jednotlivých tvůrců | Jaroslav Koča (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 4347374) Petr Kulhánek (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 3466272) Zora Střelcová (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 4161459) Monika Fuxreiter (státní příslušnost: HU - Maďarsko) Letif Mones (státní příslušnost: HU - Maďarsko) Istvan Simon (státní příslušnost: HU - Maďarsko) |
| Popis výsledku v anglickém jazyce | The majority of chemical and biochemical processes can be described by underlying free energy behavior. One of the most commonly used simulation technique providing the free energy is the calculation of potential of mean force (PMF). PMF represents the free energy along a prescribed reaction coordinate and thus provides information about kinetics and thermodynamics of the studied (bio)chemical events. We have implemented five well established PMF methods into a single suite of programs, which we call PMFLib. Implemented methods are as follows: adaptive biasing force, constrained dynamics, metadynamics, umbrella sampling, and string method. Currently, interfaces to AMBER, CPMD, and XdynBP molecular dynamics codes are available. PMFLib also offers multiple-walkers extension of MTD and ABF methods. Another implemented method improving sampling is replica-exchange molecular dynamics. |
| Klíčová slova oddělená středníkem | free energy; potential of mean force |
| Stránka www, na které se nachází výsledek | - |
| Odkaz na údaje z výzkumu | - |
Ostatní informace o výsledku
| Předkladatel | Masarykova univerzita / Středoevropský technologický institut |
|---|---|
| Dodavatel | MSM - Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy (MŠMT) |
| Rok sběru | 2012 |
| Specifikace | RIV/00216224:14740/11:00050026!RIV12-MSM-14740___ |
| Datum poslední aktualizace výsledku | 07.05.2012 |
| Kontrolní číslo | 13275958 |
Informace o dalších výskytech výsledku dodaného stejným předkladatelem
| Dodáno GA ČR v roce 2012 | RIV/00216224:14740/11:00050026 v dodávce dat RIV12-GA0-14740___/02:1 |
|---|
Odkazy na výzkumné aktivity, při jejichž řešení výsledek vznikl
| Projekt podporovaný GA ČR v programu GD | GD301/09/H004 - Molekulární a strukturní biologie vybraných cytostatik. Od mechanistických studií k chemoterapii rakoviny (2009 - 2012) |
|---|---|
| Projekt podporovaný MŠMT v programu LC | LC06030 - Biomolekulární centrum (2006 - 2010) |
| Výzkumný záměr podporovaný MŠMT | MSM0021622413 - Proteiny v metabolismu a při interakci organismů s prostředím (2005 - 2011) |