| Identifikační kód |
RIV/00216224:14740/11:00049962 |
| Název v anglickém jazyce |
Three-Dimensional Potential Energy Surface of Selected Carbohydrates' CH/p Dispersion Interactions Calculated by High-Level Quantum Mechanical Methods |
| Druh |
J - Recenzovaný odborný článek (Jimp, Jsc a Jost) |
| Poddruh |
- |
| Jazyk |
eng - angličtina |
| Obor - skupina |
C - Chemie |
| Obor |
CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie |
| Rok uplatnění |
2011 |
| Kód důvěrnosti údajů |
S - Úplné a pravdivé údaje o výsledku nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů. |
| Počet výskytů výsledku |
2 |
| Počet tvůrců celkem |
4 |
| Počet domácích tvůrců |
3 |
| Výčet všech uvedených jednotlivých tvůrců |
Jaroslav Koča (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 4347374)
Stanislav Kozmon (státní příslušnost: SK - Slovenská republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 8988250)
Radek Matuška (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 8499896)
Vojtěch Spiwok (státní příslušnost: CZ - Česká republika) |
| Popis výsledku v anglickém jazyce |
In this study we present the first systematic computational three-dimensional scan of carbohydrate hydrophobic patches for the ability to interact through CH/pi dispersion interactions. The carbohydrates beta-D-glucopyranose, beta-D-mannopyranose and alpha-l-fucopyranose were studied in a complex with a benzene molecule, which served as a model of the CH/pi interaction in carbohydrate/protein complexes. The 3D relaxed scans were performed at the SCC-DFTB-D level with 3 757 grid points for both carbohydrate hydrophobic sides. The interaction energy of all grid points was recalculated at the DFT-D BP/def2-TZVPP level. The results obtained clearly show highly delimited and separated areas around each CH group, with an interaction energy up to -5.40 kcal mol(-1). The results also show that with increasing H center dot center dot center dot pi distance these delimited areas merge and form one larger region, which covers all hydrogen atoms on that specific carbohydrate side. |
| Klíčová slova oddělená středníkem |
carbohydrates; CH/pi interactions; DFT calculations; dispersion interactions; molecular recognition |
| Stránka www, na které se nachází výsledek |
- |
| DOI výsledku |
10.1002/chem.201002876 |
| Odkaz na údaje z výzkumu |
- |