Zpět na hledáníImplicit Neural Representations for Generative Modeling of Living Cell Shapes (2022)výskyt výsledku
| Identifikační kód | RIV/00216224:14330/22:00125774 |
|---|---|
| Název v anglickém jazyce | Implicit Neural Representations for Generative Modeling of Living Cell Shapes |
| Druh | D - Stať ve sborníku |
| Jazyk | eng - angličtina |
| Vědní obor | 10201 - Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8) |
| Rok uplatnění | 2022 |
| Kód důvěrnosti údajů | S - Úplné a pravdivé údaje o výsledku nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů. |
| Počet výskytů výsledku | 1 |
| Počet tvůrců celkem | 5 |
| Počet domácích tvůrců | 2 |
| Výčet všech uvedených jednotlivých tvůrců | David Svoboda (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 6056229, orcid: 0000-0001-6074-0164, researcherid: D-3739-2013) David Wiesner (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 2540179, orcid: 0000-0002-6720-6287) Sven Dummer (státní příslušnost: NL - Nizozemsko) Julian Suk (státní příslušnost: NL - Nizozemsko) Jelmer Wolterink (státní příslušnost: CZ - Česká republika) |
| Popis výsledku v anglickém jazyce | Methods allowing the synthesis of realistic cell shapes could help generate training data sets to improve cell tracking and segmentation in biomedical images. Deep generative models for cell shape synthesis require a light-weight and flexible representation of the cell shape. However, commonly used voxel-based representations are unsuitable for high-resolution shape synthesis, and polygon meshes have limitations when modeling topology changes such as cell growth or mitosis. In this work, we propose to use level sets of signed distance functions (SDFs) to represent cell shapes. We optimize a neural network as an implicit neural representation of the SDF value at any point in a 3D+time domain. The model is conditioned on a latent code, thus allowing the synthesis of new and unseen shape sequences. We validate our approach quantitatively and qualitatively on C. elegans cells that grow and divide, and lung cancer cells with growing complex filopodial protrusions. Our results show that shape descriptors of synthetic cells resemble those of real cells, and that our model is able to generate topologically plausible sequences of complex cell shapes in 3D+time. |
| Klíčová slova oddělená středníkem | cell shape modeling;neural networks;implicit neural representations;signed distance function;generative model;interpolation |
| Stránka www, na které se nachází výsledek | http://dx.doi.org/10.1007/978-3-031-16440-8_6 |
| DOI výsledku | 10.1007/978-3-031-16440-8_6 |
| Odkaz na údaje z výzkumu | - |
Údaje o výsledku v závislosti na druhu výsledku
| Název sborníku | International Conference on Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention |
|---|---|
| ISBN | 9783031164392 |
| ISSN | 0302-9743 |
| e-ISSN | - |
| Počet stran výsledku | 10 |
| Strana od-do | 58-67 |
| Název nakladatele | Springer Nature Switzerland |
| Místo vydání | Switzerland |
| Místo konání akce | Singapore |
| Datum konání akce | 2022 |
| Typ akce podle státní příslušnosti účastníků | WRD - Celosvětová |
| Kód UT WoS článku podle Web of Science | 000867306400006 |
| EID výsledku v databázi Scopus | 2-s2.0-85139005480 |
Ostatní informace o výsledku
| Předkladatel | Masarykova univerzita / Fakulta informatiky |
|---|---|
| Dodavatel | MSM - Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy (MŠMT) |
| Rok sběru | 2023 |
| Specifikace | RIV/00216224:14330/22:00125774!RIV23-MSM-14330___ |
| Datum poslední aktualizace výsledku | 28.05.2023 |
| Kontrolní číslo | 192481383 ( v1.0 ) |
Odkazy na výzkumné aktivity, při jejichž řešení výsledek vznikl
| Projekt podporovaný MŠMT v programu EF | EF18_046/0016045 - Modernizace národní infrastruktury pro biologické a medicínské zobrazování Czech-BioImaging (2020 - 2023) |
|---|---|
| Projekt podporovaný MŠMT v programu LM | LM2018129 - Národní infrastruktura pro biologické a medicínské zobrazování Czech-BioImaging (2020 - 2022) |
| Podpora / návaznosti | Specifický výzkum na vysokých školách, poskytovatel MŠMT |