Zpět na hledání
| Identifikační kód | RIV/00216224:14310/22:00130114 |
|---|---|
| Název v anglickém jazyce | SoluProtMutDB: A manually curated database of protein solubility changes upon mutations |
| Druh | J - Recenzovaný odborný článek (Jimp, Jsc a Jost) |
| Poddruh | J/A - Článek v odborném periodiku je obsažen v databázi Web of Science společností Thomson Reuters s příznakem „Article“, „Review“ nebo „Letter“ (Jimp) |
| Jazyk | eng - angličtina |
| Vědní obor | 10608 - Biochemistry and molecular biology |
| Rok uplatnění | 2022 |
| Kód důvěrnosti údajů | S - Úplné a pravdivé údaje o výsledku nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů. |
| Počet výskytů výsledku | 6 |
| Počet tvůrců celkem | 7 |
| Počet domácích tvůrců | 7 |
| Výčet všech uvedených jednotlivých tvůrců | David Bednář (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 2652773) Jiří Damborský (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 1030175, orcid: 0000-0002-7848-8216, researcherid: H-3799-2012) Marie Hamšíková (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 8246844) Stanislav Mazurenko (státní příslušnost: RU - Ruská federace, domácí tvůrce: A, vedidk: 1535626, orcid: 0000-0003-3659-4819) Miloš Musil (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 9197703, orcid: 0000-0001-9373-7930, scopusid: 57189901014) Jan Štourač (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 2343738, orcid: 0000-0003-3139-3700, scopusid: 56079976100, researcherid: A-7068-2018) Jan Velecký (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 3257144) |
| Popis výsledku v anglickém jazyce | Protein solubility is an attractive engineering target primarily due to its relation to yields in protein production and manufacturing. Moreover, better knowledge of the mutational effects on protein solubility could connect several serious human diseases with protein aggregation. However, we have limited understanding of the protein structural determinants of solubility, and the available data have mostly been scattered in the literature. Here, we present SoluProtMutDB – the first database containing data on protein solubility changes upon mutations. Our database accommodates 33 000 measurements of 17 000 protein variants in 103 different proteins. The database can serve as an essential source of information for the researchers designing improved protein variants or those developing machine learning tools to predict the effects of mutations on solubility. The database comprises all the previously published solubility datasets and thousands of new data points from recent publications, including deep mutational scanning experiments. Moreover, it features many available experimental conditions known to affect protein solubility. The datasets have been manually curated with substantial corrections, improving suitability for machine learning applications. The database is available at loschmidt.chemi.muni.cz/soluprotmutdb. |
| Klíčová slova oddělená středníkem | Mutational database;Protein engineering;Soluble expression;Protein yield;Machine learning;Protein aggregation |
| Stránka www, na které se nachází výsledek | https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2001037022005025?via%3Dihub |
| DOI výsledku | 10.1016/j.csbj.2022.11.009 |
| Odkaz na údaje z výzkumu | - |
Údaje o výsledku v závislosti na druhu výsledku
| Název periodika | Computational and Structural Biotechnology Journal |
|---|---|
| ISSN | 2001-0370 |
| e-ISSN | - |
| Svazek periodika | 20 |
| Číslo periodika v rámci uvedeného svazku | November 2022 |
| Stát vydavatele periodika | NL - Nizozemsko |
| Počet stran výsledku | 9 |
| Strana od-do | 6339-6347 |
| Kód UT WoS článku podle Web of Science | 001043880900004 |
| EID výsledku v databázi Scopus | 2-s2.0-85142188313 |
| Způsob publikování výsledku | A - Open Access |
| Předpokládaný termín zveřejnění plného textu výsledku | - |
Ostatní informace o výsledku
| Předkladatel | Masarykova univerzita / Přírodovědecká fakulta |
|---|---|
| Dodavatel | GA0 - Grantová agentura České republiky (GA ČR) |
| Rok sběru | 2024 |
| Specifikace | RIV/00216224:14310/22:00130114!RIV24-GA0-14310___ |
| Datum poslední aktualizace výsledku | 29.05.2024 |
| Kontrolní číslo | 192552774 ( v1.0 ) |
Informace o dalších výskytech výsledku dodaného stejným předkladatelem
| Dodáno TA ČR v roce 2024 | RIV/00216224:14310/22:00130114 v dodávce dat RIV24-TA0-14310___ |
|---|---|
| Dodáno MŠMT v roce 2024 | RIV/00216224:14310/22:00130114 v dodávce dat RIV24-MSM-14310___ |
Informace o dalších výskytech výsledku dodaného ostatními předkladateli
| Dodáno MŠMT v roce 2023 | RIV/00216305:26230/22:PU146770 v dodávce dat RIV23-MSM-26230___ předkladatelem Vysoké učení technické v Brně / Fakulta informačních technologií |
|---|---|
| Dodáno MŠMT v roce 2024 | RIV/00159816:_____/22:00078809 v dodávce dat RIV24-MSM-00159816 předkladatelem Fakultní nemocnice u sv. Anny v Brně |
| Dodáno MZ v roce 2024 | RIV/00159816:_____/22:00078809 v dodávce dat RIV24-MZ0-00159816 předkladatelem Fakultní nemocnice u sv. Anny v Brně |
Odkazy na výzkumné aktivity, při jejichž řešení výsledek vznikl
| Projekt podporovaný MŠMT v programu EF | EF15_003/0000469 - Cetocoen Plus (2016 - 2022) |
|---|---|
| Projekt podporovaný MŠMT v programu EF | EF17_043/0009632 - CETOCOEN Excellence (2020 - 2023) |
| Projekt podporovaný TA ČR v programu FW | FW03010208 - Stabilizace aplikačně atraktivních FGF proteinů pomocí pokročilých automatizovaných metod proteinového inženýrství (2021 - 2024) |
| Projekt podporovaný GA ČR v programu GJ | GJ20-15915Y - Studium molekulováho rozpoznávání a vývoj nových softwarových nástrojů pro identifikaci a design přístupových cest v proteinech (2020 - 2022) |
| Projekt podporovaný MŠMT v programu LM | LM2018121 - Výzkumná infrastruktura RECETOX (2020 - 2022) |
| Projekt podporovaný MŠMT v programu LM | LM2018131 - Česká národní infrastruktura pro biologická data (2020 - 2022) |
| Projekt podporovaný MŠMT v programu LX | LX22NPO5102 - Národní ústav pro výzkum rakoviny (2022 - 2025) |