Zpět na hledání
| Identifikační kód | RIV/00216224:14310/22:00127528 |
|---|---|
| Název v anglickém jazyce | Fully automated virtual screening pipeline of FDA-approved drugs using Caver Web |
| Druh | J - Recenzovaný odborný článek (Jimp, Jsc a Jost) |
| Poddruh | J/A - Článek v odborném periodiku je obsažen v databázi Web of Science společností Thomson Reuters s příznakem „Article“, „Review“ nebo „Letter“ (Jimp) |
| Jazyk | eng - angličtina |
| Vědní obor | 10608 - Biochemistry and molecular biology |
| Rok uplatnění | 2022 |
| Kód důvěrnosti údajů | S - Úplné a pravdivé údaje o výsledku nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů. |
| Počet výskytů výsledku | 8 |
| Počet tvůrců celkem | 9 |
| Počet domácích tvůrců | 6 |
| Výčet všech uvedených jednotlivých tvůrců | David Bednář (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 2652773) Jiří Damborský (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 1030175, orcid: 0000-0002-7848-8216, researcherid: H-3799-2012) Saltuk Mustafa Eyrilmez (státní příslušnost: TR - Turecká republika, domácí tvůrce: A) Marie Hamšíková (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 8246844) Miloš Musil (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 9197703, orcid: 0000-0001-9373-7930, scopusid: 57189901014) Jan Štourač (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 2343738, orcid: 0000-0003-3139-3700, scopusid: 56079976100, researcherid: A-7068-2018) Jakub Galgonek (státní příslušnost: CZ - Česká republika) Andrej Ježík (státní příslušnost: CZ - Česká republika) Jiri Vondrasek (státní příslušnost: CZ - Česká republika) |
| Popis výsledku v anglickém jazyce | Protein tunnels are essential in transporting small molecules into the active sites of enzymes. Tunnels' geometrical and physico-chemical properties influence the transport process. The tunnels are attractive hot spots for protein engineering and drug development. However, studying the ligand binding and unbinding using experimental techniques is challenging, while in silico methods come with their limitations, especially in the case of resource-demanding virtual screening pipelines. Caver Web 1.2 is a new version of the web server combining the capabilities for the detection of protein tunnels with the calculation of the ligand trajectories. The new version of the Caver Web server was expanded with the ability to fetch novel ligands from the Integrated Database of Small Molecules and with the fully automated virtual screening pipeline allowing for the fast evaluation of the predefined set of over 4,300 currently approved drugs. The virtual screening pipeline is accompanied by a comprehensive user interface, making it a viable service for the broader spectrum of companies and the academic user community. The web server is freely available for academic use at https://loschmidt.chemi.muni.cz/caverweb. |
| Klíčová slova oddělená středníkem | Caver;CaverDock;FDA-approved drug;Channel;Tunnel;Virtual screening;Web |
| Stránka www, na které se nachází výsledek | https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2001037022005244?via%3Dihub |
| DOI výsledku | 10.1016/j.csbj.2022.11.031 |
| Odkaz na údaje z výzkumu | - |
Údaje o výsledku v závislosti na druhu výsledku
| Název periodika | Computational and Structural Biotechnology Journal |
|---|---|
| ISSN | 2001-0370 |
| e-ISSN | 2001-0370 |
| Svazek periodika | 20 |
| Číslo periodika v rámci uvedeného svazku | November 2022 |
| Stát vydavatele periodika | NL - Nizozemsko |
| Počet stran výsledku | 7 |
| Strana od-do | 6512-6518 |
| Kód UT WoS článku podle Web of Science | 000913258100011 |
| EID výsledku v databázi Scopus | 2-s2.0-85142724459 |
| Způsob publikování výsledku | A - Open Access |
| Předpokládaný termín zveřejnění plného textu výsledku | - |
Ostatní informace o výsledku
| Předkladatel | Masarykova univerzita / Přírodovědecká fakulta |
|---|---|
| Dodavatel | MSM - Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy (MŠMT) |
| Rok sběru | 2023 |
| Specifikace | RIV/00216224:14310/22:00127528!RIV23-MSM-14310___ |
| Datum poslední aktualizace výsledku | 28.05.2023 |
| Kontrolní číslo | 192480006 ( v1.0 ) |
Informace o dalších výskytech výsledku dodaného stejným předkladatelem
| Dodáno TA ČR v roce 2023 | RIV/00216224:14310/22:00127528 v dodávce dat RIV23-TA0-14310___ |
|---|---|
| Dodáno GA ČR v roce 2023 | RIV/00216224:14310/22:00127528 v dodávce dat RIV23-GA0-14310___ |
Informace o dalších výskytech výsledku dodaného ostatními předkladateli
| Dodáno AV ČR v roce 2023 | RIV/61388963:_____/22:00565346 v dodávce dat RIV23-AV0-61388963 předkladatelem Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i. |
|---|---|
| Dodáno MŠMT v roce 2023 | RIV/00159816:_____/22:00077766 v dodávce dat RIV23-MSM-00159816 předkladatelem Fakultní nemocnice u sv. Anny v Brně |
| Dodáno MŠMT v roce 2023 | RIV/61388963:_____/22:00565346 v dodávce dat RIV23-MSM-61388963 předkladatelem Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i. |
| Dodáno MŠMT v roce 2023 | RIV/00216305:26230/22:PU146769 v dodávce dat RIV23-MSM-26230___ předkladatelem Vysoké učení technické v Brně / Fakulta informačních technologií |
| Dodáno MZ v roce 2023 | RIV/00159816:_____/22:00077766 v dodávce dat RIV23-MZ0-00159816 předkladatelem Fakultní nemocnice u sv. Anny v Brně |
Odkazy na výzkumné aktivity, při jejichž řešení výsledek vznikl
| Projekt podporovaný MŠMT v programu EF | EF17_043/0009632 - CETOCOEN Excellence (2020 - 2023) |
|---|---|
| Projekt podporovaný TA ČR v programu FW | FW03010208 - Stabilizace aplikačně atraktivních FGF proteinů pomocí pokročilých automatizovaných metod proteinového inženýrství (2021 - 2024) |
| Projekt podporovaný GA ČR v programu GJ | GJ20-15915Y - Studium molekulováho rozpoznávání a vývoj nových softwarových nástrojů pro identifikaci a design přístupových cest v proteinech (2020 - 2022) |
| Projekt podporovaný MŠMT v programu LM | LM2018131 - Česká národní infrastruktura pro biologická data (2020 - 2022) |
| Projekt podporovaný MŠMT v programu LM | LM2018140 - e-Infrastruktura CZ (2020 - 2022) |
| Projekt podporovaný MŠMT v programu LX | LX22NPO5102 - Národní ústav pro výzkum rakoviny (2022 - 2025) |